37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3521 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3521  light-harvesting protein B-870 beta chain  100 
 
 		 49 aa  101  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.946391  normal  0.159593 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6108  LHI beta, light-harvesting B875 subunit  89.8 
 
 		 49 aa  96.3  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.536338  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1902  antenna complex, alpha/beta subunit  89.8 
 
 		 49 aa  96.3  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621384  normal  0.411147 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2032  antenna complex, alpha/beta subunit  89.8 
 
 		 60 aa  95.9  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.832687 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0175  antenna complex, alpha/beta subunit  85.71 
 
 		 60 aa  91.3  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1411  antenna complex, alpha/beta subunit  53.06 
 
 		 75 aa  57.8  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1297  antenna complex, alpha/beta subunit  45.83 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.724705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3752  antenna complex, alpha/beta subunit  44.9 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.348717  hitchhiker  0.00126234 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6433  light harvesting 1 beta subunit  45.24 
 
 		 77 aa  51.6  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1714  antenna complex alpha/beta subunit  47.73 
 
 		 65 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3997  antenna complex, alpha/beta subunit  46.67 
 
 		 65 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35271  normal  0.0140077 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2734  antenna complex alpha/beta subunit  42.86 
 
 		 76 aa  50.8  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2961  antenna complex alpha/beta subunit  42.86 
 
 		 76 aa  50.8  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.403153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2856  antenna complex alpha/beta subunit  42.86 
 
 		 76 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2814  antenna complex alpha/beta subunit  42.86 
 
 		 78 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474258  normal  0.461077 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3701  antenna complex alpha/beta subunit  42 
 
 		 76 aa  50.4  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.270474  hitchhiker  0.00274594 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2927  antenna complex alpha/beta subunit  42.86 
 
 		 47 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2056  antenna complex alpha/beta subunit  38.1 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0173941 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2977  antenna complex, alpha/beta subunit  41.67 
 
 		 69 aa  48.1  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.478718  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2862  antenna complex, alpha/beta subunit  38.78 
 
 		 47 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0341881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2610  antenna complex, alpha/beta subunit  38.78 
 
 		 47 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.202435  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4770  antenna complex alpha/beta subunit  36.17 
 
 		 51 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3787  antenna complex, alpha/beta subunit  36.17 
 
 		 51 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0410146 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2400  antenna complex, alpha/beta subunit  36.17 
 
 		 51 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0700836 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3789  antenna complex, alpha/beta subunit  36.17 
 
 		 51 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1238  antenna complex, alpha/beta subunit  36.17 
 
 		 51 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000000053381  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4448  antenna complex, alpha/beta subunit  36.17 
 
 		 51 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.600971 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1678  antenna complex alpha/beta subunit  36.17 
 
 		 51 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4033  antenna complex, alpha/beta subunit  36.17 
 
 		 51 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2391  antenna complex, alpha/beta subunit  34.04 
 
 		 51 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.112688 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0219  antenna complex, alpha/beta subunit  40 
 
 		 51 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00256874  decreased coverage  0.00258596 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1335  antenna complex, alpha/beta subunit  34.04 
 
 		 51 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3890  antenna complex, alpha/beta subunit  34.04 
 
 		 51 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0231845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1607  antenna complex, alpha/beta subunit  36.73 
 
 		 74 aa  40.8  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1407  antenna complex, alpha/beta subunit  45 
 
 		 59 aa  40.8  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4440  antenna complex, alpha/beta subunit  37.5 
 
 		 51 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.555045 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3422  antenna complex alpha/beta subunit  36.17 
 
 		 51 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.418252  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>