22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1297 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1297  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 		 70 aa  143  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.724705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3752  antenna complex, alpha/beta subunit  87.14 
 
 		 70 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.348717  hitchhiker  0.00126234 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1714  antenna complex alpha/beta subunit  77.61 
 
 		 65 aa  103  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3997  antenna complex, alpha/beta subunit  77.61 
 
 		 65 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35271  normal  0.0140077 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6433  light harvesting 1 beta subunit  66.13 
 
 		 77 aa  88.6  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2056  antenna complex alpha/beta subunit  54.41 
 
 		 76 aa  79  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0173941 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3701  antenna complex alpha/beta subunit  55.93 
 
 		 76 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.270474  hitchhiker  0.00274594 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2961  antenna complex alpha/beta subunit  59.32 
 
 		 76 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.403153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2856  antenna complex alpha/beta subunit  59.32 
 
 		 76 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2734  antenna complex alpha/beta subunit  59.32 
 
 		 76 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1411  antenna complex, alpha/beta subunit  50 
 
 		 75 aa  73.6  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2814  antenna complex alpha/beta subunit  56.45 
 
 		 78 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474258  normal  0.461077 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2977  antenna complex, alpha/beta subunit  47.14 
 
 		 69 aa  70.9  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.478718  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1607  antenna complex, alpha/beta subunit  50 
 
 		 74 aa  60.1  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3521  light-harvesting protein B-870 beta chain  45.83 
 
 		 49 aa  52.4  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.946391  normal  0.159593 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2032  antenna complex, alpha/beta subunit  41.67 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.832687 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1902  antenna complex, alpha/beta subunit  41.67 
 
 		 49 aa  50.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621384  normal  0.411147 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6108  LHI beta, light-harvesting B875 subunit  41.67 
 
 		 49 aa  50.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.536338  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0175  antenna complex, alpha/beta subunit  41.67 
 
 		 60 aa  48.1  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2927  antenna complex alpha/beta subunit  36.96 
 
 		 47 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2610  antenna complex, alpha/beta subunit  36.96 
 
 		 47 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.202435  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2862  antenna complex, alpha/beta subunit  36.96 
 
 		 47 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0341881  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>