23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3997 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3997  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 		 65 aa  133  8e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35271  normal  0.0140077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1714  antenna complex alpha/beta subunit  98.46 
 
 		 65 aa  131  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3752  antenna complex, alpha/beta subunit  88.06 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.348717  hitchhiker  0.00126234 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1297  antenna complex, alpha/beta subunit  77.61 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.724705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6433  light harvesting 1 beta subunit  62.5 
 
 		 77 aa  87.8  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2961  antenna complex alpha/beta subunit  56.92 
 
 		 76 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.403153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2856  antenna complex alpha/beta subunit  56.92 
 
 		 76 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2734  antenna complex alpha/beta subunit  56.92 
 
 		 76 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2814  antenna complex alpha/beta subunit  56.92 
 
 		 78 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474258  normal  0.461077 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1411  antenna complex, alpha/beta subunit  55.88 
 
 		 75 aa  80.1  0.000000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2056  antenna complex alpha/beta subunit  65.31 
 
 		 76 aa  78.2  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0173941 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3701  antenna complex alpha/beta subunit  65.31 
 
 		 76 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.270474  hitchhiker  0.00274594 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2977  antenna complex, alpha/beta subunit  48.39 
 
 		 69 aa  68.2  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.478718  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1607  antenna complex, alpha/beta subunit  43.08 
 
 		 74 aa  62.8  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3521  light-harvesting protein B-870 beta chain  46.67 
 
 		 49 aa  51.6  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.946391  normal  0.159593 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2032  antenna complex, alpha/beta subunit  42.22 
 
 		 60 aa  50.4  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.832687 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6108  LHI beta, light-harvesting B875 subunit  43.18 
 
 		 49 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.536338  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1902  antenna complex, alpha/beta subunit  43.18 
 
 		 49 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621384  normal  0.411147 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0175  antenna complex, alpha/beta subunit  42.22 
 
 		 60 aa  47.8  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2927  antenna complex alpha/beta subunit  36.96 
 
 		 47 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2610  antenna complex, alpha/beta subunit  36.96 
 
 		 47 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.202435  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2862  antenna complex, alpha/beta subunit  36.96 
 
 		 47 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0341881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2629  antenna complex alpha/beta subunit  51.61 
 
 		 53 aa  40.8  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.27908  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>