37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3890 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3890  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 		 51 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0231845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1335  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 		 51 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4770  antenna complex alpha/beta subunit  98.04 
 
 		 51 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1678  antenna complex alpha/beta subunit  98.04 
 
 		 51 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3787  antenna complex, alpha/beta subunit  98.04 
 
 		 51 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0410146 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2400  antenna complex, alpha/beta subunit  98.04 
 
 		 51 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0700836 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4448  antenna complex, alpha/beta subunit  98 
 
 		 51 aa  104  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.600971 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4033  antenna complex, alpha/beta subunit  98 
 
 		 51 aa  104  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1238  antenna complex, alpha/beta subunit  96 
 
 		 51 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000000053381  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3789  antenna complex, alpha/beta subunit  92 
 
 		 51 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3783  antenna complex, alpha/beta subunit  92 
 
 		 51 aa  100  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.999475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4440  antenna complex, alpha/beta subunit  90.2 
 
 		 51 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.555045 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3422  antenna complex alpha/beta subunit  92.16 
 
 		 51 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.418252  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0219  antenna complex, alpha/beta subunit  92 
 
 		 51 aa  99  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00256874  decreased coverage  0.00258596 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2391  antenna complex, alpha/beta subunit  88.24 
 
 		 51 aa  97.8  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.112688 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3418  antenna complex alpha/beta subunit  90.2 
 
 		 51 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3081  light harvesting protein B-800-850  78.43 
 
 		 52 aa  90.5  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2927  antenna complex alpha/beta subunit  92.68 
 
 		 47 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1581  antenna complex, alpha/beta subunit  68 
 
 		 51 aa  81.3  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2610  antenna complex, alpha/beta subunit  90.24 
 
 		 47 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.202435  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2862  antenna complex, alpha/beta subunit  90.24 
 
 		 47 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0341881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0208  antenna complex, alpha/beta subunit  66 
 
 		 51 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1556  light-harvesting complex, beta subunit  66 
 
 		 51 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.234529  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3037  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1958  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0981  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 		 51 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0314  LHII beta, light-harvesting B800/850 protein  64 
 
 		 51 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2900  light-harvesting protein B-800/850 beta chain  64 
 
 		 51 aa  77  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1407  antenna complex, alpha/beta subunit  65.22 
 
 		 59 aa  72.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6433  light harvesting 1 beta subunit  49.02 
 
 		 77 aa  45.1  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2032  antenna complex, alpha/beta subunit  38.3 
 
 		 60 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.832687 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1902  antenna complex, alpha/beta subunit  38.3 
 
 		 49 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621384  normal  0.411147 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6108  LHI beta, light-harvesting B875 subunit  38.3 
 
 		 49 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.536338  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3701  antenna complex alpha/beta subunit  43.75 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.270474  hitchhiker  0.00274594 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1411  antenna complex, alpha/beta subunit  42 
 
 		 75 aa  41.6  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0175  antenna complex, alpha/beta subunit  38 
 
 		 60 aa  41.2  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3521  light-harvesting protein B-870 beta chain  34.04 
 
 		 49 aa  40.8  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.946391  normal  0.159593 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>