29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_1958 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1958  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 
51 aa  104  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0314  LHII beta, light-harvesting B800/850 protein  100 
 
 
51 aa  104  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0981  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 
51 aa  104  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1556  light-harvesting complex, beta subunit  94.12 
 
 
51 aa  99.4  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.234529  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0208  antenna complex, alpha/beta subunit  94.12 
 
 
51 aa  99.4  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3037  antenna complex, alpha/beta subunit  96.08 
 
 
51 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1581  antenna complex, alpha/beta subunit  72.55 
 
 
51 aa  81.6  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2900  light-harvesting protein B-800/850 beta chain  74.51 
 
 
51 aa  80.5  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4440  antenna complex, alpha/beta subunit  68 
 
 
51 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.555045 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0219  antenna complex, alpha/beta subunit  66 
 
 
51 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00256874  decreased coverage  0.00258596 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3783  antenna complex, alpha/beta subunit  66 
 
 
51 aa  77.8  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.999475  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3890  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 
51 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0231845  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1335  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 
51 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3789  antenna complex, alpha/beta subunit  66 
 
 
51 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1238  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 
51 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000000053381  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4448  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 
51 aa  77  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.600971 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4033  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 
51 aa  77  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634064  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1678  antenna complex alpha/beta subunit  64 
 
 
51 aa  77  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4770  antenna complex alpha/beta subunit  64 
 
 
51 aa  77  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3787  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 
51 aa  77  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0410146 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2400  antenna complex, alpha/beta subunit  64 
 
 
51 aa  77  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0700836 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2391  antenna complex, alpha/beta subunit  66 
 
 
51 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.112688 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3422  antenna complex alpha/beta subunit  60 
 
 
51 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.418252  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3418  antenna complex alpha/beta subunit  58 
 
 
51 aa  71.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3081  light harvesting protein B-800-850  56 
 
 
52 aa  65.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1407  antenna complex, alpha/beta subunit  58.7 
 
 
59 aa  63.2  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2927  antenna complex alpha/beta subunit  60 
 
 
47 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2610  antenna complex, alpha/beta subunit  57.5 
 
 
47 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.202435  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2862  antenna complex, alpha/beta subunit  57.5 
 
 
47 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0341881  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>