41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_1407 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008789  Hhal_1407  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 
59 aa  121  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3081  light harvesting protein B-800-850  75 
 
 
52 aa  84.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3422  antenna complex alpha/beta subunit  68.75 
 
 
51 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.418252  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4033  antenna complex, alpha/beta subunit  68.75 
 
 
51 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634064  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4448  antenna complex, alpha/beta subunit  68.75 
 
 
51 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.600971 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1238  antenna complex, alpha/beta subunit  68.75 
 
 
51 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000000053381  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4770  antenna complex alpha/beta subunit  68.75 
 
 
51 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3787  antenna complex, alpha/beta subunit  68.75 
 
 
51 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0410146 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2400  antenna complex, alpha/beta subunit  68.75 
 
 
51 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0700836 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3783  antenna complex, alpha/beta subunit  66.67 
 
 
51 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.999475  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1678  antenna complex alpha/beta subunit  68.75 
 
 
51 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3789  antenna complex, alpha/beta subunit  64.58 
 
 
51 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1335  antenna complex, alpha/beta subunit  66.67 
 
 
51 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3890  antenna complex, alpha/beta subunit  66.67 
 
 
51 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0231845  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3418  antenna complex alpha/beta subunit  64.58 
 
 
51 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1581  antenna complex, alpha/beta subunit  65.31 
 
 
51 aa  74.7  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0219  antenna complex, alpha/beta subunit  62.5 
 
 
51 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00256874  decreased coverage  0.00258596 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4440  antenna complex, alpha/beta subunit  60.42 
 
 
51 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.555045 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2391  antenna complex, alpha/beta subunit  58.33 
 
 
51 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.112688 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2900  light-harvesting protein B-800/850 beta chain  61.22 
 
 
51 aa  68.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1556  light-harvesting complex, beta subunit  59.18 
 
 
51 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.234529  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3037  antenna complex, alpha/beta subunit  59.18 
 
 
51 aa  68.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0208  antenna complex, alpha/beta subunit  59.18 
 
 
51 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1958  antenna complex, alpha/beta subunit  59.18 
 
 
51 aa  67.4  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0981  antenna complex, alpha/beta subunit  59.18 
 
 
51 aa  67.4  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0314  LHII beta, light-harvesting B800/850 protein  59.18 
 
 
51 aa  67.4  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2927  antenna complex alpha/beta subunit  65 
 
 
47 aa  60.1  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2862  antenna complex, alpha/beta subunit  62.5 
 
 
47 aa  58.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0341881  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2610  antenna complex, alpha/beta subunit  62.5 
 
 
47 aa  58.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.202435  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2814  antenna complex alpha/beta subunit  47.06 
 
 
78 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474258  normal  0.461077 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2734  antenna complex alpha/beta subunit  55 
 
 
76 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2856  antenna complex alpha/beta subunit  55 
 
 
76 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2961  antenna complex alpha/beta subunit  55 
 
 
76 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.403153 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6433  light harvesting 1 beta subunit  46.94 
 
 
77 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3521  light-harvesting protein B-870 beta chain  46.15 
 
 
49 aa  41.2  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.946391  normal  0.159593 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3997  antenna complex, alpha/beta subunit  47.5 
 
 
65 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35271  normal  0.0140077 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3752  antenna complex, alpha/beta subunit  47.5 
 
 
70 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.348717  hitchhiker  0.00126234 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2056  antenna complex alpha/beta subunit  45 
 
 
76 aa  40.4  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0173941 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1297  antenna complex, alpha/beta subunit  46.34 
 
 
70 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.724705  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1714  antenna complex alpha/beta subunit  47.5 
 
 
65 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1411  antenna complex, alpha/beta subunit  47.5 
 
 
75 aa  40  0.01  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>