48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2888 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2888  NADH dehydrogenase  100 
 
 		 136 aa  278  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000596666  normal  0.0493854 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2418  NADH dehydrogenase  85.07 
 
 		 140 aa  239  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.211184  normal  0.0219307 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3032  NADH dehydrogenase  84.33 
 
 		 136 aa  236  8e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.219473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2699  NADH dehydrogenase  81.34 
 
 		 136 aa  231  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0192711  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1760  NADH dehydrogenase  76.12 
 
 		 163 aa  221  4e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00569729  normal  0.0708647 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1809  NADH dehydrogenase  74.63 
 
 		 145 aa  218  3e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4231  NADH dehydrogenase  75.37 
 
 		 136 aa  216  8.999999999999998e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.794715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3494  NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit  67.65 
 
 		 149 aa  194  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18453  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0296  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit  64.18 
 
 		 138 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  decreased coverage  0.000705293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6039  NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit  64.18 
 
 		 138 aa  179  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0258957  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1952  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit  64.39 
 
 		 133 aa  172  9e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0186  NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit  64.39 
 
 		 133 aa  171  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.339741 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3297  NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit  62.96 
 
 		 132 aa  171  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.223243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1719  NADH dehydrogenase  64.93 
 
 		 132 aa  171  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.89803  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1784  NADH dehydrogenase  58.09 
 
 		 132 aa  169  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.795414  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1036  NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit  59.7 
 
 		 138 aa  167  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1101  NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit  58.96 
 
 		 170 aa  166  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.887481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1230  NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit  58.96 
 
 		 138 aa  165  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.168014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0304  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit  58.21 
 
 		 138 aa  165  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.889907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1726  NADH dehydrogenase  55.64 
 
 		 132 aa  157  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0317452  normal  0.177978 
 
 
-
 
NC_004310  BR0902  NADH dehydrogenase  57.14 
 
 		 136 aa  155  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.188118  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0898  NADH dehydrogenase  57.14 
 
 		 136 aa  155  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2277  NADH dehydrogenase  56.43 
 
 		 136 aa  155  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.68706  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0948  NADH dehydrogenase  57.35 
 
 		 131 aa  154  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15048 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1531  NADH dehydrogenase  54.14 
 
 		 132 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.91354  normal  0.684838 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0555  NADH dehydrogenase  47.41 
 
 		 132 aa  133  8e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000087567  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1262  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit  50 
 
 		 138 aa  131  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0898564  hitchhiker  0.00141784 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1267  NADH dehydrogenase  49.24 
 
 		 124 aa  130  9e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1390  NADH dehydrogenase  51.49 
 
 		 144 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.450326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2293  NADH dehydrogenase  49.62 
 
 		 128 aa  127  5.0000000000000004e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2561  NADH dehydrogenase  48.48 
 
 		 136 aa  127  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2440  NADH dehydrogenase  55.37 
 
 		 118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.201822  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1828  NADH dehydrogenase  50.76 
 
 		 124 aa  124  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.840151 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0195  NADH dehydrogenase  50.76 
 
 		 124 aa  124  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.2391  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2555  NADH dehydrogenase  49.24 
 
 		 127 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.645895  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1450  NADH dehydrogenase  49.24 
 
 		 124 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0824  NADH dehydrogenase  47.01 
 
 		 137 aa  119  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1522  NADH dehydrogenase  46.56 
 
 		 128 aa  117  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.417533 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2720  NADH dehydrogenase  42.96 
 
 		 125 aa  114  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.318843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0170  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit  52.1 
 
 		 162 aa  111  4.0000000000000004e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1111  NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit  43.65 
 
 		 122 aa  90.5  8e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.142047  normal  0.22432 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0184  NADH:ubiquinone oxidoreductase family protein  43.43 
 
 		 97 aa  80.9  0.000000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0124  putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2kD subunit  39.81 
 
 		 99 aa  80.5  0.000000000000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.571219  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1106  hypothetical protein  35.71 
 
 		 104 aa  70.5  0.000000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.247743  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03960  conserved hypothetical protein  33.67 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02260  NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B17.2, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G06540)  29.9 
 
 		 136 aa  53.9  0.0000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.634001 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40699  predicted protein  35.29 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.323307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_44890  NADH:ubiquinone oxidoreductase, B17.2 subunit  34.04 
 
 		 142 aa  45.8  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.237867  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>