More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3506 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  100 
 
 
58 aa  117  4e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  7.5211e-08 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  89.09 
 
 
60 aa  105  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.91615e-05  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  84.21 
 
 
58 aa  103  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.99402e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  84.21 
 
 
58 aa  103  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  82.46 
 
 
58 aa  103  9e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  8.60316e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  89.09 
 
 
59 aa  103  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.64159e-09  unclonable  7.31174e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  87.27 
 
 
60 aa  102  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.99433e-10  hitchhiker  9.56055e-10 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  87.27 
 
 
60 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  1.26926e-11 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  85.45 
 
 
61 aa  103  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  85.45 
 
 
60 aa  102  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  83.93 
 
 
60 aa  101  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.58011e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4038  50S ribosomal protein L30  85.45 
 
 
60 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000117775  unclonable  2.00607e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  85.45 
 
 
60 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.15518e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  85.45 
 
 
60 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.14653e-05  hitchhiker  9.35583e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  85.45 
 
 
60 aa  101  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4152  50S ribosomal protein L30  85.45 
 
 
60 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.26837e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  83.64 
 
 
62 aa  101  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.87774e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  85.45 
 
 
60 aa  101  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  7.17278e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  83.64 
 
 
60 aa  100  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.04117e-05  unclonable  8.20737e-09 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  78.57 
 
 
59 aa  96.7  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  80 
 
 
60 aa  95.1  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0338  50S ribosomal protein L30  80 
 
 
59 aa  94.4  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00211446  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  81.82 
 
 
59 aa  94.4  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  81.82 
 
 
61 aa  94.4  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  81.82 
 
 
59 aa  94.4  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0977  50S ribosomal protein L30P  76.79 
 
 
61 aa  94  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00293682  hitchhiker  0.00137611 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  80 
 
 
59 aa  94  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  83.64 
 
 
59 aa  94  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  8.79323e-06  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3896  50S ribosomal protein L30  83.64 
 
 
59 aa  94  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.09135e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0301  50S ribosomal protein L30  83.64 
 
 
59 aa  94  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.35954e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  80 
 
 
59 aa  93.6  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  80 
 
 
59 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  80 
 
 
59 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  80 
 
 
59 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  80 
 
 
59 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  80 
 
 
59 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0439  50S ribosomal protein L30P  78.95 
 
 
61 aa  92.4  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.188702  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  76.36 
 
 
59 aa  92  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.35964e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  76.36 
 
 
59 aa  92  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  76.36 
 
 
59 aa  92  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  76.36 
 
 
59 aa  92  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.88891e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  76.36 
 
 
59 aa  92  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  76.36 
 
 
59 aa  92  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  2.43699e-06 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  76.36 
 
 
59 aa  92  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  76.36 
 
 
59 aa  92  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.4288e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  76.36 
 
 
59 aa  92  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.58772e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1007  50S ribosomal protein L30  77.36 
 
 
62 aa  88.2  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00128687  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06430  50S ribosomal protein L30  67.24 
 
 
58 aa  85.9  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340792  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0472  50S ribosomal protein L30  65.52 
 
 
58 aa  84.7  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291193  hitchhiker  2.69713e-06 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0505  50S ribosomal protein L30  65.52 
 
 
58 aa  84.7  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00113735  normal  0.0573997 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0502  50S ribosomal protein L30  65.52 
 
 
58 aa  84.7  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  1.22641e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0855  50S ribosomal protein L30  65.52 
 
 
58 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.342105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09030  50S ribosomal protein L30  65.52 
 
 
58 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0258453  normal  0.264293 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0444  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
59 aa  83.2  1e-15  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.47564e-07  hitchhiker  9.3478e-05 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4731  50S ribosomal protein L30  62.07 
 
 
58 aa  82.4  2e-15  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000152085  normal  0.600234 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4530  50S ribosomal protein L30  65.52 
 
 
58 aa  82.8  2e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0070404  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5061  50S ribosomal protein L30  62.07 
 
 
58 aa  82.8  2e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  9.319e-08  normal  0.126935 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0644  ribosomal protein L30  65.52 
 
 
58 aa  82.8  2e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104733  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  70.91 
 
 
60 aa  82  3e-15  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4258  ribosomal protein L30  69.64 
 
 
61 aa  81.3  4e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  3.21281e-06  unclonable  2.08218e-12 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0297  50S ribosomal protein L30P  63.64 
 
 
65 aa  79.3  1e-14  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  8.59668e-12  hitchhiker  2.07421e-06 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0507  50S ribosomal protein L30  64.91 
 
 
59 aa  79.3  2e-14  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0161189  hitchhiker  0.00326303 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0502  50S ribosomal protein L30  63.16 
 
 
59 aa  78.2  4e-14  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000181767  normal  0.0669565 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0346  ribosomal protein L30  60 
 
 
60 aa  77.4  6e-14  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0149627  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0737  50S ribosomal protein L30  61.82 
 
 
62 aa  77.4  6e-14  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  4.91198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3891  50S ribosomal protein L30  62.5 
 
 
59 aa  76.6  9e-14  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  2.9695e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1942  50S ribosomal protein L30  66.07 
 
 
60 aa  76.3  1e-13  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428807  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3151  50S ribosomal protein L30  66.07 
 
 
60 aa  76.3  1e-13  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0153482  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3786  50S ribosomal protein L30  66.07 
 
 
60 aa  76.3  1e-13  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2821  50S ribosomal protein L30  66.07 
 
 
60 aa  76.3  1e-13  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238696  normal  0.243188 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3728  50S ribosomal protein L30  66.07 
 
 
60 aa  76.3  1e-13  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00881974  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3496  50S ribosomal protein L30  66.07 
 
 
60 aa  76.3  1e-13  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943573  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2614  50S ribosomal protein L30  66.07 
 
 
60 aa  76.3  1e-13  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177274  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3050  50S ribosomal protein L30  66.07 
 
 
60 aa  76.3  1e-13  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0897802  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0337  50S ribosomal protein L30  67.27 
 
 
60 aa  76.6  1e-13  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.64675e-07  unclonable  3.8279e-08 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3758  50S ribosomal protein L30  66.07 
 
 
60 aa  76.3  1e-13  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0279178  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0267  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
63 aa  75.5  2e-13  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.16996  hitchhiker  0.00743529 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0366  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  75.5  2e-13  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139804  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0285  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  75.5  2e-13  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.104363  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0294  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  75.5  2e-13  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  4.87608e-06  normal  0.0630356 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2741  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  75.5  2e-13  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0301719  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0345  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  75.5  2e-13  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123094  normal  0.0645299 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3465  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  75.5  2e-13  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155512  normal  0.071059 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3161  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  75.1  3e-13  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158521  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3626  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  74.7  4e-13  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  5.85179e-05  hitchhiker  1.33791e-11 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0332  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
60 aa  74.7  4e-13  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00936849  decreased coverage  0.00323406 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3279  50S ribosomal protein L30  64.29 
 
 
60 aa  74.7  4e-13  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0271147  hitchhiker  0.00015076 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2932  50S ribosomal protein L30  64.29 
 
 
60 aa  74.7  4e-13  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  4.05636e-06 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3299  50S ribosomal protein L30  64.81 
 
 
60 aa  74.3  5e-13  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3001  50S ribosomal protein L30  63.64 
 
 
60 aa  73.2  1e-12  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  0.0504923 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0785  ribosomal protein L30  64.81 
 
 
62 aa  72.8  1e-12  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000912341  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5052  50S ribosomal protein L30  62.96 
 
 
61 aa  73.2  1e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0476  50S ribosomal protein L30P  57.41 
 
 
62 aa  72.4  2e-12  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2984  ribosomal protein L30  62.5 
 
 
61 aa  72.4  2e-12  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368791  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0068  50S ribosomal protein L30  61.4 
 
 
62 aa  72  3e-12  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.02253  hitchhiker  6.13726e-13 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1040  50S ribosomal protein L30  61.11 
 
 
60 aa  72  3e-12  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127741  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0071  50S ribosomal protein L30  63.64 
 
 
62 aa  71.2  5e-12  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.230621  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  59.65 
 
 
60 aa  70.9  6e-12  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0341  ribosomal protein L30  53.57 
 
 
63 aa  70.9  6e-12  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  2.60811e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0313  ribosomal protein L30  59.26 
 
 
65 aa  70.9  6e-12  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00845621  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>