220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0007 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  98.18 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0911  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0732179  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0038  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0257046  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0037  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14043  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0938748  normal  0.536997 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237653  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0032  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0043  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0006  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.981742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309359  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309183  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.609025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309275  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0023  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.328599  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0010  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0048  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.153389  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0011  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.223913  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0729  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376557  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0046  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00070  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0206653  normal  0.0328512 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.500837  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0007  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.866395  normal  0.129572 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0009  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0063  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27060  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.14879  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0008  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56031  normal  0.0314068 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0037  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0070  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135947  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0050  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000344943  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0080  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0023  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.157994  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0007  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.818817  hitchhiker  0.0000144488 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0020  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0062  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0111  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0059  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.673271  normal  0.352289 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0061  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12800  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00502179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0006  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.436797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0006  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0073  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0334758  normal  0.0113407 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0063  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.257054  normal  0.817877 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0074  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.214945  normal  0.0186415 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0007  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0006  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0009  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0072  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0596228 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0057  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32045  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0005  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0006  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0056  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0061  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0005  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134244  hitchhiker  0.00821182 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0075  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0336588  normal  0.167118 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0054  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0057  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.783183  normal  0.0478454 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0007  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0055  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01900  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.952445 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26100  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000027529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0009  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00118273  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0006  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.652554  normal  0.867561 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0006  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0001  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0037  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000022611  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000884624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>