94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0072 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0072  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0596228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0075  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0336588  normal  0.167118 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0074  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.214945  normal  0.0186415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0073  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0334758  normal  0.0113407 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0066  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.352817  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg01  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 80 bp  81.8  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0080  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237653  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0070  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135947  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0050  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000344943  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0023  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.157994  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0111  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0062  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0020  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0063  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.257054  normal  0.817877 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0047  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376557  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0008  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56031  normal  0.0314068 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0007  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.866395  normal  0.129572 
 
 
-
 
NC_002950  PGt25  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.552192 
 
 
-
 
NC_002950  PGt26  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.546843 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01900  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.952445 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0006  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26100  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0006  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0009  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1390  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0061  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0059  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.673271  normal  0.352289 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0063  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0007  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0009  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0005  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134244  hitchhiker  0.00821182 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0007  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.818817  hitchhiker  0.0000144488 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0006  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0057  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32045  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0006  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.652554  normal  0.867561 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0057  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.783183  normal  0.0478454 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0009  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00118273  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14043  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0938748  normal  0.536997 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0055  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0007  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0056  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0054  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0061  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0006  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0037  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000022611  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0038  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.427754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27060  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.14879  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0041  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0011  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.836815 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0005  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0020  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000027529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155557  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t32  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0011176  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000324571  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0043  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0006  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.981742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0032  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309183  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.609025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309275  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309359  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0040  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000753452  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000884624  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0007  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0847038  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0911  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0732179  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0008  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.119735  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0009  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.190028  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0001  tRNA-Arg  85 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.383152  normal  0.0513953 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0001  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000193558  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0045  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000178577  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0011  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.223913  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0004  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.468205  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1576  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1611  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0026  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0044  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>