69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2173 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2173  hypothetical protein  100 
 
 
552 aa  1146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.819375  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02406  hypothetical protein  52.09 
 
 
551 aa  607  1e-172  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122562  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3684  hypothetical protein  31.43 
 
 
562 aa  265  1e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4141  hypothetical protein  29.79 
 
 
556 aa  229  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.5265 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0568  hypothetical protein  31.73 
 
 
556 aa  226  6e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.235837 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3231  hypothetical protein  29.25 
 
 
556 aa  224  5e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1695  hypothetical protein  27.34 
 
 
562 aa  221  2e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3979  hypothetical protein  27.49 
 
 
556 aa  221  4e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0596  hypothetical protein  29.51 
 
 
554 aa  215  2e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3273  hypothetical protein  27.26 
 
 
563 aa  214  5e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00316716 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0674  hypothetical protein  27.26 
 
 
563 aa  213  6e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0199689 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3451  hypothetical protein  27.26 
 
 
563 aa  212  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0113855 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2978  hypothetical protein  30.7 
 
 
555 aa  209  8e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0837  hypothetical protein  27.07 
 
 
562 aa  206  9e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0830  protein of unknown function DUF342  27.07 
 
 
562 aa  206  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.04321e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0805  hypothetical protein  27.07 
 
 
562 aa  206  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3165  hypothetical protein  27.48 
 
 
562 aa  206  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3531  hypothetical protein  26.7 
 
 
562 aa  204  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0539  hypothetical protein  28.68 
 
 
555 aa  201  4e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0826  hypothetical protein  27.26 
 
 
563 aa  196  6e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000996  predicted polymerase  28.4 
 
 
559 aa  193  8e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.717686  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0010  hypothetical protein  28.09 
 
 
547 aa  191  3e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.736924  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07053  hypothetical protein  30.56 
 
 
566 aa  185  2e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0158  hypothetical protein  27 
 
 
556 aa  184  4e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0512  hypothetical protein  25.41 
 
 
546 aa  164  4e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3025  hypothetical protein  26.05 
 
 
546 aa  161  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.487513  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3642  hypothetical protein  27.22 
 
 
544 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  3.93022e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0090  protein of unknown function DUF342  25.54 
 
 
565 aa  149  1e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1709  hypothetical protein  22.77 
 
 
534 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0671  protein of unknown function DUF342  25.29 
 
 
545 aa  143  8e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.38243e-32 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2455  hypothetical protein  24.95 
 
 
538 aa  134  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0872  hypothetical protein  28.33 
 
 
541 aa  132  1e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0262539  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16620  predicted polymerase, contains PALM domain, HD hydrolase domain and Zn-ribbon domain  24.32 
 
 
611 aa  112  2e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2682  hypothetical protein  24.3 
 
 
656 aa  109  1e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.254687  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2684  hypothetical protein  25.45 
 
 
532 aa  108  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1305  protein of unknown function DUF342  27.25 
 
 
530 aa  105  1e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.431943  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0219  protein of unknown function DUF342  24.09 
 
 
501 aa  103  8e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.102298  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0823  hypothetical protein  26.3 
 
 
691 aa  96.7  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00604121  normal  0.0176105 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2143  protein of unknown function DUF342  23.58 
 
 
461 aa  96.3  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0160634  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0879  hypothetical protein  29.18 
 
 
467 aa  94  7e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00425584  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0028  protein of unknown function DUF342  26.39 
 
 
525 aa  90.9  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0498  hypothetical protein  28.66 
 
 
542 aa  90.5  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.578621  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2234  hypothetical protein  25.6 
 
 
484 aa  90.5  7e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.260747  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0176  protein of unknown function DUF342  26.92 
 
 
660 aa  89.7  1e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.13292e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1423  protein of unknown function DUF342  24.18 
 
 
622 aa  86.7  1e-15  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  5.79847e-05  normal  0.370296 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2410  hypothetical protein  21.6 
 
 
530 aa  85.1  3e-15  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1511  hypothetical protein  29.15 
 
 
527 aa  84.7  4e-15  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0394  hypothetical protein  31.76 
 
 
543 aa  83.2  1e-14  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000249945  normal  0.153411 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2021  protein of unknown function DUF342  25.86 
 
 
463 aa  82.4  2e-14  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0194  hypothetical protein  23.67 
 
 
455 aa  81.6  3e-14  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0273  hypothetical protein  21.46 
 
 
634 aa  80.5  6e-14  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1361  polymerase  22.1 
 
 
653 aa  80.5  8e-14  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0881  hypothetical protein  23.57 
 
 
462 aa  79  2e-13  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000540176  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1663  hypothetical protein  23.33 
 
 
459 aa  78.6  3e-13  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.75912e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0192  hypothetical protein  26.56 
 
 
455 aa  76.3  1e-12  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1231  hypothetical protein  28.65 
 
 
462 aa  75.9  2e-12  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0657  hypothetical protein  26.56 
 
 
509 aa  75.1  3e-12  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2246  protein of unknown function DUF342  24.18 
 
 
520 aa  74.3  5e-12  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1534  hypothetical protein  21.76 
 
 
456 aa  73.6  1e-11  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.196772  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0452  protein of unknown function DUF342  27.35 
 
 
603 aa  73.2  1e-11  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1859  hypothetical protein  26.48 
 
 
603 aa  67.4  6e-10  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1534  polymerase  21.99 
 
 
629 aa  65.9  2e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.451593  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0473  hypothetical protein  21.84 
 
 
467 aa  66.2  2e-09  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3178  hypothetical protein  22.14 
 
 
529 aa  65.1  4e-09  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4099  protein of unknown function DUF342  23.08 
 
 
598 aa  52  3e-05  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  3.08473e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0389  protein of unknown function DUF342  23.81 
 
 
578 aa  52  3e-05  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0251  protein of unknown function DUF342  21.77 
 
 
381 aa  51.6  4e-05  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0226778 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1256  protein of unknown function DUF342  21.94 
 
 
378 aa  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.912515  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1631  hypothetical protein  22.07 
 
 
378 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.83823  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>