37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5147 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5147  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaF  100 
 
 
257 aa  488  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0391  Poly granule associated  70.16 
 
 
230 aa  301  5e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0390  Poly granule associated  73.57 
 
 
292 aa  215  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.210715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5057  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  67.12 
 
 
258 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5007  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  66.44 
 
 
261 aa  197  1e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.508327  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0457  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  68.53 
 
 
254 aa  197  1e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.868468  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5799  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  75 
 
 
322 aa  196  2e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4881  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  65.75 
 
 
261 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66875  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  74.26 
 
 
309 aa  195  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0526  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  68.57 
 
 
284 aa  190  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170611  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66880  hypothetical protein  42.96 
 
 
138 aa  112  8e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5800  hypothetical protein  43.9 
 
 
138 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1492  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.7 
 
 
139 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5148  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaI  36.69 
 
 
148 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0552  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  38.06 
 
 
157 aa  99.8  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0389  Poly granule associated  39.69 
 
 
140 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0536  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  40.71 
 
 
157 aa  98.6  9e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.326611  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3495  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  39.86 
 
 
194 aa  97.8  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.827909 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0456  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  39.2 
 
 
139 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.891613  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5058  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  39.69 
 
 
139 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3527  poly granule associated  37.5 
 
 
200 aa  93.2  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.219058  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4024  poly granule associated  37.82 
 
 
168 aa  93.2  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4882  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.67 
 
 
139 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5008  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.67 
 
 
139 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0350  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  35.33 
 
 
167 aa  87.4  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0525  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  33.33 
 
 
148 aa  82.8  5e-15  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.233444  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0490  polygranule-associated protein  34.75 
 
 
182 aa  79.7  4e-14  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394794  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2170  poly granule associated family protein  35.96 
 
 
183 aa  75.5  7e-13  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.940571  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00722  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  31.78 
 
 
187 aa  74.3  2e-12  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176303  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2543  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  28.66 
 
 
163 aa  72  9e-12  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00882865  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0559  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  25.19 
 
 
168 aa  67.4  2e-10  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0604  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  22.73 
 
 
168 aa  65.9  7e-10  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2415  hypothetical protein  40.43 
 
 
177 aa  63.5  3e-09  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01151  hypothetical protein  29.1 
 
 
119 aa  52  9e-06  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0063  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  30.22 
 
 
159 aa  45.8  0.0007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.436738 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1549  hypothetical protein  30.47 
 
 
245 aa  44.7  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  6.40295e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1550  hypothetical protein  27.68 
 
 
131 aa  42.4  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00170451  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>