63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0009 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0009  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  100 
 
 
472 aa  929  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3014  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  56.96 
 
 
482 aa  512  1e-144  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1868  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  56.96 
 
 
482 aa  512  1e-144  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3229  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  56.96 
 
 
482 aa  512  1e-144  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0224  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  56.96 
 
 
482 aa  512  1e-144  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1826  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  54.22 
 
 
233 aa  243  5e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1096  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.84 
 
 
467 aa  214  2e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1606  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.59 
 
 
476 aa  159  7e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.77483  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1138  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.95 
 
 
442 aa  151  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4625  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.46 
 
 
464 aa  146  7e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5199  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  31.83 
 
 
471 aa  139  8e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6615  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  43.01 
 
 
561 aa  131  2e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3347  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.91 
 
 
236 aa  118  2e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3209  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.91 
 
 
236 aa  119  2e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.22349e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1544  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  39.23 
 
 
390 aa  115  1e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.170767 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1894  YgfB and YecA  46.04 
 
 
432 aa  111  2e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00737905  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1556  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  44.37 
 
 
181 aa  110  8e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.568333 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1501  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  43.51 
 
 
181 aa  106  9e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.124418  hitchhiker  0.00011346 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6856  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.66 
 
 
198 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424573  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1473  hypothetical protein  33.82 
 
 
224 aa  98.2  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0966536  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5534  plasmid pRiA4b ORF-3-like  34.57 
 
 
196 aa  97.8  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7408  hypothetical protein  33.82 
 
 
219 aa  97.8  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7311  hypothetical protein  33.82 
 
 
219 aa  97.8  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3332  hypothetical protein  33.82 
 
 
219 aa  97.8  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7710  hypothetical protein  33.82 
 
 
219 aa  97.8  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0533799 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0270  hypothetical protein  33.82 
 
 
219 aa  97.8  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2928  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.8 
 
 
197 aa  97.4  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4882  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  40 
 
 
207 aa  96.3  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2027  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.29 
 
 
522 aa  96.3  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000415443  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2989  plasmid pRiA4b ORF-3-like  31.58 
 
 
198 aa  94.7  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.176424  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1895  hypothetical protein  36.17 
 
 
198 aa  94.4  4e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.138614  normal  0.862724 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1348  hypothetical protein  29.03 
 
 
189 aa  94.4  5e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.244032  normal  0.420719 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1350  hypothetical protein  28.12 
 
 
188 aa  90.5  6e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0718153  normal  0.422526 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0186  hypothetical protein  34.72 
 
 
200 aa  90.5  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3157  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.84 
 
 
205 aa  90.5  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.660843  normal  0.490567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1222  hypothetical protein  34.72 
 
 
200 aa  90.5  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0351  hypothetical protein  38.3 
 
 
200 aa  90.1  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4094  hypothetical protein  35.21 
 
 
180 aa  90.1  8e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3350  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.93 
 
 
205 aa  90.1  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.579719 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1546  ORF-3 family protein  37.42 
 
 
205 aa  88.6  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0403553 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5189  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  33.33 
 
 
189 aa  86.7  8e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0165882  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0736  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.24 
 
 
200 aa  86.7  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4524  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  36.43 
 
 
192 aa  86.7  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7639  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.03 
 
 
198 aa  86.7  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.836556 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4396  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.24 
 
 
200 aa  85.5  2e-15  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3702  hypothetical protein  37.24 
 
 
200 aa  85.5  2e-15  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0745  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  36 
 
 
211 aa  84.3  4e-15  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2272  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  28.74 
 
 
383 aa  82.4  2e-14  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2884  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  30.89 
 
 
521 aa  80.5  6e-14  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04841  hypothetical protein  34.9 
 
 
196 aa  79.3  1e-13  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3173  hypothetical protein  33.33 
 
 
237 aa  79.3  1e-13  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158168  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1921  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  30.89 
 
 
196 aa  79.7  1e-13  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4604  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  39.47 
 
 
220 aa  79.7  1e-13  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5433  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.66 
 
 
231 aa  75.9  2e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4606  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  31.25 
 
 
205 aa  68.9  2e-10  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0299276  normal  0.248208 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3019  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  22.86 
 
 
230 aa  61.2  4e-08  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1853  hypothetical protein  28.26 
 
 
169 aa  52.8  1e-05  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5922  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  43.4 
 
 
114 aa  51.6  3e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6051  hypothetical protein  43.28 
 
 
280 aa  51.6  3e-05  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1254  hypothetical protein  26.38 
 
 
209 aa  48.9  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4150  hypothetical protein  38.81 
 
 
221 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.038459  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5295  hypothetical protein  40.68 
 
 
164 aa  45.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2506  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  24.56 
 
 
130 aa  43.1  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>