More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0043 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.10087e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  97.3 
 
 
74 bp  131  2e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  94.59 
 
 
74 bp  115  1e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  6.69742e-06 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  94.59 
 
 
74 bp  115  1e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  94.59 
 
 
74 bp  115  1e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  7.0019e-12  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.97964e-10  hitchhiker  8.95065e-06 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  94.12 
 
 
74 bp  103  5e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  5.71258e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  1.18359e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0032  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  5.07298e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0071  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  4.47795e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0032  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  4.35638e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0071  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  2.2788e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  1.0318e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0017  tRNA-Gly  91.55 
 
 
71 bp  93.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.162954  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  91.55 
 
 
71 bp  93.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  91.55 
 
 
71 bp  93.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  96.3 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  96.3 
 
 
71 bp  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0064  tRNA-Gly  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  96.3 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0086  tRNA-Gly  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.795168  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0052  tRNA-Gly  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000802106  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0007  tRNA-Gly  96.15 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.13428e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  90.28 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4287  tRNA-Gly  96.15 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.14711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0007  tRNA-Gly  96.15 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000568475  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  90.28 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0013  tRNA-Gly  96.15 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.81775e-06  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0007  tRNA-Gly  96.15 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  1.40906e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0082  tRNA-Gly  96.15 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000798848  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2801  tRNA-Gly  96.15 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.58752e-10  normal  0.102156 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0089  tRNA-Gly  96.15 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0045  tRNA-Gly  90.14 
 
 
71 bp  85.7  1e-15  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0153561 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0088  tRNA-Gly  90.14 
 
 
71 bp  85.7  1e-15  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0081  tRNA-Gly  90.14 
 
 
71 bp  85.7  1e-15  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0459508  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0062  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  94.44 
 
 
71 bp  83.8  5e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  2.14078e-07  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0011  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  6.24107e-07  normal  0.164759 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  97.83 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  3.18176e-05  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  97.83 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  97.83 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  4.57466e-05  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  97.83 
 
 
71 bp  83.8  5e-15  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  1.95442e-07 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0004  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0034  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  97.83 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.23228e-11  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0067  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.38974  normal  0.157236 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0033  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.170039 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  97.83 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0049  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000210611  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  97.83 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  1.11768e-07  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0056  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.661302  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0057  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0059  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  2.05536e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0318  tRNA-Gly  89.04 
 
 
75 bp  81.8  2e-14  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  2.03347e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1872  tRNA-Gly  89.04 
 
 
74 bp  81.8  2e-14  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0196085  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2577  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0744  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0024  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0781725  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3090  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20543  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2036  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3055  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379519  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1514  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0267785  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.555629  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0008  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0353733  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0025  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.633427  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0025  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.458906 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3118  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0061  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.944304  normal  0.76215 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0025  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1121t  tRNA-OTHER  100 
 
 
69 bp  79.8  8e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGlyVIMSS1309123  tRNA-Gly  88.73 
 
 
71 bp  77.8  3e-13  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.658382  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGlyVIMSS1309072  tRNA-Gly  88.73 
 
 
71 bp  77.8  3e-13  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0035  tRNA-Gly  88.73 
 
 
71 bp  77.8  3e-13  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  88.73 
 
 
71 bp  77.8  3e-13  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  89.33 
 
 
75 bp  77.8  3e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGlyVIMSS1309148  tRNA-Gly  88.73 
 
 
71 bp  77.8  3e-13  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0308  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>