More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_R0052 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_R0003  16S ribosomal RNA  85.33 
 
 
1538 bp  1122  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  1.1323e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4124  16S ribosomal RNA  86.12 
 
 
1539 bp  1088  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000182185  normal  0.0751772 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3574  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 
1542 bp  1118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  2.22235e-08  normal  0.32573 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2745  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 
1542 bp  1118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00756142  normal  0.760694 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0130  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1534 bp  1150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000346154  decreased coverage  0.00328015 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0120  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1534 bp  1150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000197743  hitchhiker  2.21827e-05 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0113  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 
1534 bp  1118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.018093  hitchhiker  0.0039811 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0105  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 
1534 bp  1118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.58574  normal  0.0914989 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0091  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1534 bp  1150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  6.96463e-06  normal  0.921174 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0031  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 
1534 bp  1118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00290684  decreased coverage  4.18388e-07 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0005  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1534 bp  1158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000862102  normal  0.0446057 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0091  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 
1535 bp  1076  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.4845e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0090  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 
1535 bp  1076  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  1.90898e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0089  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 
1535 bp  1076  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.6806e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0088  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 
1535 bp  1076  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000392149  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0087  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 
1535 bp  1076  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.7488e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0086  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 
1535 bp  1076  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  2.58346e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4232  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 
1542 bp  1118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  9.88906e-05  normal  0.0512293 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4415  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 
1542 bp  1118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  3.49497e-06  hitchhiker  0.00516676 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4457  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 
1542 bp  1118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00048564  hitchhiker  0.00449395 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_R0085  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 
1526 bp  1102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  2.82865e-09  normal  0.149509 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0067  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 
1526 bp  1102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  2.39405e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0017  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 
1526 bp  1102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  5.07425e-09  normal  0.678442 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0007  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 
1526 bp  1102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  7.38872e-08  normal  0.0157445 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0003  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 
1526 bp  1102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  5.82304e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0165  16S ribosomal RNA  85.39 
 
 
1536 bp  1164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000549767  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0161  16S ribosomal RNA  85.33 
 
 
1534 bp  1158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  8.19693e-05  normal  0.0630894 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0153  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 
1535 bp  1152  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  4.98568e-05  normal  0.055805 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0150  16S ribosomal RNA  85.13 
 
 
1535 bp  1128  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000455239  unclonable  3.46665e-08 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0143  16S ribosomal RNA  85.27 
 
 
1535 bp  1144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.248981  hitchhiker  0.000614072 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0132  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 
1535 bp  1152  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00464665  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0099  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 
1535 bp  1160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00481483  normal  0.962166 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0010  16S ribosomal RNA  85.04 
 
 
1536 bp  1124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.32909  normal  0.0213506 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0007  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 
1535 bp  1152  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0401026  hitchhiker  7.22089e-07 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0001  16S ribosomal RNA  85.33 
 
 
1537 bp  1150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00194646  normal  0.199035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0013  16S ribosomal RNA  87.55 
 
 
1529 bp  1023  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  8.82287e-05  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0085  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 
1535 bp  1084  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  3.51585e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_R0079  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 
1526 bp  1102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  2.32909e-09  normal  0.0762445 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0072  16S ribosomal RNA  85.8 
 
 
1526 bp  1110  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  6.72312e-10  normal  0.125016 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0149  16S ribosomal RNA  84.56 
 
 
1535 bp  1053  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.071936  normal  0.0509525 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0138  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 
1537 bp  1061  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242297  hitchhiker  0.00220141 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0050  16S ribosomal RNA  84.68 
 
 
1535 bp  1067  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.78151e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0020  16S ribosomal RNA  84.56 
 
 
1535 bp  1053  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00279939  hitchhiker  0.00693289 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0015  16S ribosomal RNA  84.56 
 
 
1535 bp  1053  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  7.18595e-07  hitchhiker  0.0010461 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0010  16S ribosomal RNA  84.56 
 
 
1535 bp  1053  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0022303  hitchhiker  0.000320852 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0007  16S ribosomal RNA  84.56 
 
 
1535 bp  1053  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000169782  hitchhiker  4.6317e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0004  16S ribosomal RNA  84.56 
 
 
1535 bp  1053  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0846799  hitchhiker  4.08163e-09 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0001  16S ribosomal RNA  84.56 
 
 
1535 bp  1053  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0810962  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5104  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1542 bp  1150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000547269  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5096  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 
1542 bp  1126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.72248e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5091  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1541 bp  1142  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  3.18785e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5081  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 
1542 bp  1126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  9.10172e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5078  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 
1542 bp  1126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.53603e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5003  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1542 bp  1158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.94795e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4805  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1542 bp  1158  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.22595e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0158  16S ribosomal RNA  84.56 
 
 
1535 bp  1053  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000510494  hitchhiker  2.47002e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0162  16S ribosomal RNA  84.56 
 
 
1535 bp  1053  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00604242  hitchhiker  6.81639e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0165  16S ribosomal RNA  84.75 
 
 
1535 bp  1074  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000523059  hitchhiker  6.88054e-08 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0069  16S ribosomal RNA  85.8 
 
 
1526 bp  1110  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  2.48353e-07  normal  0.741458 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0019  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 
1526 bp  1102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  unclonable  9.89523e-11  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0004  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 
1526 bp  1102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  4.23503e-07  hitchhiker  0.00389756 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0180  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 
1535 bp  1055  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00832211  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0176  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 
1535 bp  1055  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00122609  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0164  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 
1535 bp  1055  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000116469  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0086  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 
1535 bp  1055  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00429371  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0035  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 
1535 bp  1055  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00917467  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0029  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 
1535 bp  1055  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00104315  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0019  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 
1535 bp  1055  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.23634e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0016  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 
1535 bp  1055  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0663603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0007  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 
1535 bp  1055  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.66744e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0004  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 
1535 bp  1055  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0208562  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0001  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 
1535 bp  1055  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000171195  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0109  16S ribosomal RNA  85.35 
 
 
1535 bp  1031  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0776267  unclonable  6.13003e-08 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0007  16S ribosomal RNA  85.35 
 
 
1535 bp  1031  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0155933  normal  0.0169668 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4800  16S ribosomal RNA  86.59 
 
 
1543 bp  1144  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.5563e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0052  16S ribosomal RNA  86.03 
 
 
1525 bp  1197  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00180214  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0052  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1459 bp  2892  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000233456  normal  0.528995 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0009  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1459 bp  2892  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000834644  hitchhiker  0.00771881 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4585  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 
1534 bp  1130  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000198793  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4538  16S ribosomal RNA  86.25 
 
 
1534 bp  1146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00104444  hitchhiker  2.60436e-11 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4374  16S ribosomal RNA  86.25 
 
 
1534 bp  1146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00157273  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4281  16S ribosomal RNA  86.25 
 
 
1534 bp  1146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00173765  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3763  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 
1534 bp  1130  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00234274  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2988  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 
1534 bp  1130  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000444401  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0272  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 
1534 bp  1130  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0079312  normal  0.924618 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4422  16S ribosomal RNA  86.56 
 
 
1534 bp  1178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.98898e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4374  16S ribosomal RNA  86.56 
 
 
1534 bp  1178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  6.10581e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4218  16S ribosomal RNA  86.56 
 
 
1534 bp  1178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000122042  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4116  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 
1534 bp  1130  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00638866  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3592  16S ribosomal RNA  86.56 
 
 
1533 bp  1178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  4.22776e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2770  16S ribosomal RNA  86.33 
 
 
1534 bp  1154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00496575  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0291  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 
1532 bp  1138  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  8.59505e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0212  16S ribosomal RNA  86.2 
 
 
1542 bp  1110  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.1627e-06  normal  0.79203 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3831  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1542 bp  1150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000202971  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4601  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 
1542 bp  1118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  2.89022e-08  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0016  16S ribosomal RNA  85.96 
 
 
1525 bp  1189  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.70161  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0103  16S ribosomal RNA  85.45 
 
 
1530 bp  1045  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.460408  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0098  16S ribosomal RNA  85.45 
 
 
1530 bp  1045  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0530086  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0087  16S ribosomal RNA  85.45 
 
 
1530 bp  1045  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.038848  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0080  16S ribosomal RNA  85.45 
 
 
1528 bp  1045  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0329076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>