More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4107 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_4107  thioredoxin  100 
 
 
141 aa  289  9e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.94835e-07 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2362  thioredoxin  55.97 
 
 
144 aa  169  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1995  thioredoxin  55.97 
 
 
144 aa  169  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2401  thioredoxin  58.09 
 
 
142 aa  167  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.85345  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1332  thioredoxin  53.9 
 
 
159 aa  157  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.636016  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3369  thioredoxin  53.19 
 
 
145 aa  157  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0651  thioredoxin  50 
 
 
145 aa  156  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1582  thioredoxin  50 
 
 
145 aa  154  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.137556  normal  0.0376163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0556  thioredoxin  52.9 
 
 
144 aa  154  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  1.27919e-05 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0618  thioredoxin  49.63 
 
 
146 aa  153  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.300495 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0520  thioredoxin  48.92 
 
 
145 aa  151  3e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.609436  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2977  thioredoxin  50 
 
 
146 aa  151  3e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000101834  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2304  thioredoxin  46.43 
 
 
145 aa  151  3e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.258464  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3416  thioredoxin  46.43 
 
 
146 aa  150  5e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2347  thioredoxin  47.83 
 
 
147 aa  150  7e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0135047  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0504  thioredoxin  48.2 
 
 
145 aa  149  9e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0235096 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1789  thioredoxin  50 
 
 
144 aa  149  1e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0867  thioredoxin  44.53 
 
 
140 aa  149  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4857  thioredoxin  53.62 
 
 
149 aa  149  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0651815  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0452  thioredoxin 2  45.99 
 
 
140 aa  147  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1086  thioredoxin  42.86 
 
 
139 aa  147  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0403998  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02440  hypothetical protein  42.86 
 
 
139 aa  147  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.934703  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1095  thioredoxin 2  42.86 
 
 
139 aa  147  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0753217  normal  0.13577 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2735  thioredoxin 2  42.86 
 
 
139 aa  147  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0139217  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3819  thioredoxin 2  42.86 
 
 
139 aa  147  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00147303  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2869  thioredoxin 2  42.86 
 
 
139 aa  147  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.162737  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2739  thioredoxin 2  42.86 
 
 
139 aa  147  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.025352  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2954  thioredoxin 2  42.86 
 
 
139 aa  147  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0189312  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02476  thioredoxin 2  42.86 
 
 
139 aa  147  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.953967  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1161  thioredoxin  45 
 
 
146 aa  147  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.403386  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2066  thioredoxin  47.79 
 
 
144 aa  147  4e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0918718  normal  0.219337 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2759  thioredoxin 2  43.57 
 
 
139 aa  146  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00143779  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2977  thioredoxin 2  43.57 
 
 
139 aa  146  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0978039  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2843  thioredoxin 2  43.57 
 
 
139 aa  146  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2861  thioredoxin 2  43.57 
 
 
139 aa  146  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.350907  normal  0.503198 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2865  thioredoxin 2  43.57 
 
 
139 aa  146  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0216262  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1524  thioredoxin  44.29 
 
 
148 aa  146  1e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0659124 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3573  thioredoxin  45.26 
 
 
140 aa  145  2e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2231  thioredoxin  46.32 
 
 
145 aa  145  2e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0118387  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0456  thioredoxin  45.26 
 
 
140 aa  145  2e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3204  thioredoxin 2  45.71 
 
 
145 aa  145  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0102  thioredoxin  42.86 
 
 
140 aa  144  4e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3463  thioredoxin 2  45 
 
 
145 aa  143  6e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.305081  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3341  thioredoxin 2  45 
 
 
145 aa  143  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.142551  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0053  thioredoxin  45.93 
 
 
146 aa  143  6e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000803765  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0306  thioredoxin  47.86 
 
 
143 aa  143  7e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00417001  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3906  thioredoxin  42.34 
 
 
170 aa  143  8e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0428  thioredoxin  42.34 
 
 
170 aa  143  8e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4029  thioredoxin  42.34 
 
 
170 aa  143  8e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0377  thioredoxin  46.38 
 
 
145 aa  143  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655114  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0928  thioredoxin  45.71 
 
 
147 aa  142  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0452  thioredoxin  44.53 
 
 
140 aa  141  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.531645  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3335  thioredoxin 2  43.57 
 
 
139 aa  141  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3833  thioredoxin  41.61 
 
 
170 aa  140  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0054  thioredoxin, putative  45.26 
 
 
142 aa  140  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3067  thioredoxin 2  42.14 
 
 
139 aa  140  6e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110629 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3283  thioredoxin  46.43 
 
 
147 aa  140  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1123  thioredoxin  49.63 
 
 
145 aa  140  9e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3491  thioredoxin 2  42.14 
 
 
139 aa  139  2e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0335  thioredoxin  45 
 
 
140 aa  138  2e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3392  thioredoxin  41.18 
 
 
178 aa  139  2e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3746  thioredoxin 2  44.29 
 
 
139 aa  138  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0426418  normal  0.35545 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0854  thioredoxin 2  43.66 
 
 
141 aa  138  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.615191  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2134  thioredoxin  48.55 
 
 
139 aa  137  4e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.408487  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3723  thioredoxin  45.39 
 
 
146 aa  137  5e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.122043  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2259  thioredoxin  46.76 
 
 
148 aa  137  5e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4481  thioredoxin  45.86 
 
 
140 aa  137  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5119  thioredoxin  45.26 
 
 
144 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.402757  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7798  thioredoxin  43.7 
 
 
146 aa  135  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.449565  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0443  thioredoxin-like  47.45 
 
 
144 aa  135  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.478708  normal  0.838572 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5069  thioredoxin  45.99 
 
 
144 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0420  thioredoxin  45.39 
 
 
142 aa  135  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0448  thioredoxin  44.2 
 
 
145 aa  134  3e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.925505 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4942  thioredoxin  44.93 
 
 
144 aa  134  3e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2633  thioredoxin 2  42.34 
 
 
144 aa  134  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0747279  normal  0.647766 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0887  thioredoxin 2  42.96 
 
 
141 aa  133  7e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00834128  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0738  thioredoxin 2  41.3 
 
 
140 aa  133  7e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1254  thioredoxin  42.14 
 
 
144 aa  133  7e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45140  thioredoxin 2, TxrC  47.83 
 
 
144 aa  132  1e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0690  thioredoxin 2  40.71 
 
 
144 aa  132  2e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.555698  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3451  thioredoxin  46.43 
 
 
147 aa  130  7e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.560369  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0405  thioredoxin  38.57 
 
 
146 aa  129  1e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000083  thioredoxin 2  40.15 
 
 
144 aa  128  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.396729  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2236  thioredoxin  41.13 
 
 
144 aa  128  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.773662  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2099  thioredoxin  35.71 
 
 
140 aa  127  4e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2375  thioredoxin-related  48.57 
 
 
143 aa  127  5e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.316536  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6432  thioredoxin  44.93 
 
 
160 aa  127  5e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.432921 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0397  thioredoxin  43.07 
 
 
144 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05698  thioredoxin 2  38.97 
 
 
162 aa  126  8e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3742  thioredoxin  46.38 
 
 
147 aa  125  2e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1389  thioredoxin domain-containing protein  40.29 
 
 
148 aa  124  4e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.276518  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3583  thioredoxin  44.06 
 
 
149 aa  124  4e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.029416  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4209  thioredoxin  45.07 
 
 
151 aa  123  8e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.558513 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2645  thioredoxin  40.85 
 
 
150 aa  122  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.154957  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3727  Thioredoxin domain  38.35 
 
 
156 aa  120  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0456  thioredoxin  41.43 
 
 
165 aa  120  9e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1845  thioredoxin 2  38.97 
 
 
144 aa  117  6e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.227505  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5905  thioredoxin  41.01 
 
 
144 aa  116  1e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2478  thioredoxin domain-containing protein  42.86 
 
 
153 aa  115  2e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2292  thioredoxin  42.98 
 
 
120 aa  115  2e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.345169  normal  0.308955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>