More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2401 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2401  thioredoxin  100 
 
 		 142 aa  291  2e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.85345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1995  thioredoxin  56.12 
 
 		 144 aa  173  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2362  thioredoxin  56.12 
 
 		 144 aa  173  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2347  thioredoxin  55.63 
 
 		 147 aa  168  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0135047  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4107  thioredoxin  58.09 
 
 		 141 aa  167  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000794835 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2304  thioredoxin  52.52 
 
 		 145 aa  166  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.258464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1161  thioredoxin  51.8 
 
 		 146 aa  164  4e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.403386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4481  thioredoxin  57.14 
 
 		 140 aa  163  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3416  thioredoxin  51.08 
 
 		 146 aa  162  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0618  thioredoxin  50.36 
 
 		 146 aa  160  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.300495 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0928  thioredoxin  52.21 
 
 		 147 aa  160  7e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0053  thioredoxin  48.94 
 
 		 146 aa  159  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000803765  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0651  thioredoxin  52.52 
 
 		 145 aa  157  6e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2977  thioredoxin  51.77 
 
 		 146 aa  155  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000101834  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0520  thioredoxin  52.21 
 
 		 145 aa  155  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.609436  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0504  thioredoxin  51.47 
 
 		 145 aa  154  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0235096 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0102  thioredoxin  44.2 
 
 		 140 aa  153  7e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0556  thioredoxin  50.36 
 
 		 144 aa  152  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000127919 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3369  thioredoxin  48.2 
 
 		 145 aa  148  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0405  thioredoxin  46.04 
 
 		 146 aa  148  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0377  thioredoxin  49.25 
 
 		 145 aa  147  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655114  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0306  thioredoxin  51.85 
 
 		 143 aa  144  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00417001  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1582  thioredoxin  48.53 
 
 		 145 aa  144  3e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.137556  normal  0.0376163 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0443  thioredoxin-like  50.36 
 
 		 144 aa  144  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.478708  normal  0.838572 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2099  thioredoxin  47.52 
 
 		 140 aa  144  6e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3727  Thioredoxin domain  47.69 
 
 		 156 aa  143  9e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0867  thioredoxin  44.2 
 
 		 140 aa  143  9e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0448  thioredoxin  48.51 
 
 		 145 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.925505 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3283  thioredoxin  49.25 
 
 		 147 aa  142  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2134  thioredoxin  47.79 
 
 		 139 aa  141  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.408487  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0452  thioredoxin 2  45.59 
 
 		 140 aa  142  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0335  thioredoxin  47.79 
 
 		 140 aa  142  2e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45140  thioredoxin 2, TxrC  48.94 
 
 		 144 aa  142  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4857  thioredoxin  48.23 
 
 		 149 aa  141  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0651815  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3746  thioredoxin 2  48.53 
 
 		 139 aa  141  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0426418  normal  0.35545 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1254  thioredoxin  44.85 
 
 		 144 aa  140  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5119  thioredoxin  45.99 
 
 		 144 aa  140  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.402757  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5069  thioredoxin  46.04 
 
 		 144 aa  140  8e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0738  thioredoxin 2  44.85 
 
 		 140 aa  140  9e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1332  thioredoxin  45.32 
 
 		 159 aa  139  9e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.636016  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0054  thioredoxin, putative  44.12 
 
 		 142 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7798  thioredoxin  41.01 
 
 		 146 aa  139  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.449565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0428  thioredoxin  42.14 
 
 		 170 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4029  thioredoxin  42.14 
 
 		 170 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3906  thioredoxin  42.14 
 
 		 170 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2259  thioredoxin  48.51 
 
 		 148 aa  138  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3742  thioredoxin  50.75 
 
 		 147 aa  137  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0420  thioredoxin  47.06 
 
 		 142 aa  137  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3341  thioredoxin 2  43.17 
 
 		 145 aa  136  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.142551  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3463  thioredoxin 2  43.17 
 
 		 145 aa  136  7.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.305081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3392  thioredoxin  40.58 
 
 		 178 aa  136  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1524  thioredoxin  43.38 
 
 		 148 aa  135  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659124 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3204  thioredoxin 2  43.17 
 
 		 145 aa  136  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4942  thioredoxin  44.6 
 
 		 144 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3833  thioredoxin  41.43 
 
 		 170 aa  135  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02476  thioredoxin 2  41.91 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.953967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1086  thioredoxin  41.91 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0403998  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1095  thioredoxin 2  41.91 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0753217  normal  0.13577 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2236  thioredoxin  42.34 
 
 		 144 aa  135  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.773662  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2869  thioredoxin 2  41.91 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.162737  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02440  hypothetical protein  41.91 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.934703  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2739  thioredoxin 2  41.91 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.025352  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2735  thioredoxin 2  41.91 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0139217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0456  thioredoxin  43.48 
 
 		 140 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3573  thioredoxin  43.48 
 
 		 140 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3819  thioredoxin 2  41.91 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00147303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2954  thioredoxin 2  41.91 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0189312  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1789  thioredoxin  42.34 
 
 		 144 aa  135  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1123  thioredoxin  46.81 
 
 		 145 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0452  thioredoxin  44.12 
 
 		 140 aa  134  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.531645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0397  thioredoxin  43.17 
 
 		 144 aa  134  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2759  thioredoxin 2  41.91 
 
 		 139 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00143779  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2843  thioredoxin 2  41.91 
 
 		 139 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2865  thioredoxin 2  41.91 
 
 		 139 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0216262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2977  thioredoxin 2  41.91 
 
 		 139 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0978039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2861  thioredoxin 2  41.91 
 
 		 139 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.350907  normal  0.503198 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2066  thioredoxin  41.61 
 
 		 144 aa  133  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0918718  normal  0.219337 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3451  thioredoxin  49.63 
 
 		 147 aa  131  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.560369  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3067  thioredoxin 2  40.44 
 
 		 139 aa  128  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110629 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3723  thioredoxin  42.22 
 
 		 146 aa  127  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.122043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05698  thioredoxin 2  42.42 
 
 		 162 aa  127  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000083  thioredoxin 2  43.18 
 
 		 144 aa  127  7.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.396729  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2231  thioredoxin  40.88 
 
 		 145 aa  126  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2633  thioredoxin 2  42.11 
 
 		 144 aa  126  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0747279  normal  0.647766 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0690  thioredoxin 2  41.67 
 
 		 144 aa  125  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.555698  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0854  thioredoxin 2  43.48 
 
 		 141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.615191  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0887  thioredoxin 2  42.03 
 
 		 141 aa  124  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00834128  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3491  thioredoxin 2  40.44 
 
 		 139 aa  124  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1389  thioredoxin domain-containing protein  41.84 
 
 		 148 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.276518  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3335  thioredoxin 2  41.18 
 
 		 139 aa  124  6e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4209  thioredoxin  44.14 
 
 		 151 aa  122  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.558513 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2375  thioredoxin-related  43.38 
 
 		 143 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.316536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6432  thioredoxin  39.39 
 
 		 160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.432921 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1845  thioredoxin 2  39.39 
 
 		 144 aa  111  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.227505  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2478  thioredoxin domain-containing protein  40 
 
 		 153 aa  111  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0888  thioredoxin  41.22 
 
 		 141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.747507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0335  thioredoxin domain-containing protein  38.97 
 
 		 150 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  47.12 
 
 		 108 aa  107  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  47.12 
 
 		 108 aa  107  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  47.12 
 
 		 108 aa  107  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>