132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_R0043 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_R0043  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  1.94529e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0061  tRNA-Glu  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0034  tRNA-Glu  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0629823  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0032  tRNA-Glu  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.449659  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0060  tRNA-Glu  94.44 
 
 
76 bp  111  2e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0062  tRNA-Glu  93.06 
 
 
73 bp  103  6e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.427189  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  91.55 
 
 
73 bp  93.7  5e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  91.55 
 
 
73 bp  93.7  5e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0041  tRNA-Glu  92.42 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  1.19319e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0083  tRNA-Glu  90.28 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0014  tRNA-Glu  90.28 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178243  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25080  tRNA-Glu  90.14 
 
 
73 bp  85.7  1e-15  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0010  tRNA-Glu  88.89 
 
 
73 bp  79.8  8e-14  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0002  tRNA-Glu  90 
 
 
75 bp  77.8  3e-13  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  2.40355e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0007  tRNA-Glu  89.86 
 
 
74 bp  73.8  5e-12  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0056  tRNA-Glu  87.5 
 
 
73 bp  71.9  2e-11  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116328  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0046  tRNA-Glu  86.84 
 
 
76 bp  71.9  2e-11  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000283736  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  87.5 
 
 
73 bp  71.9  2e-11  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0052  tRNA-Glu  86.84 
 
 
76 bp  71.9  2e-11  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0053  tRNA-Glu  87.32 
 
 
73 bp  69.9  8e-11  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.526279 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34010  tRNA-Glu  87.32 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284833  normal  0.536737 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0084  tRNA-Glu  87.32 
 
 
73 bp  69.9  8e-11  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0055  tRNA-Glu  87.32 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01850  tRNA-Glu  87.32 
 
 
73 bp  69.9  8e-11  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  87.32 
 
 
73 bp  69.9  8e-11  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0059  tRNA-Glu  87.32 
 
 
73 bp  69.9  8e-11  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.872199  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06180  tRNA-Glu  86.76 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.75789  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0060  tRNA-Glu  86.11 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.790027  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  86.76 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0062  tRNA-Glu  86.11 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.216976  normal  0.206697 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0011  tRNA-Glu  88.24 
 
 
75 bp  63.9  5e-09  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.406571 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0059  tRNA-Glu  86.11 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.327246  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0002  tRNA-Glu  86.11 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.509318 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0015  tRNA-Glu  85.92 
 
 
73 bp  61.9  2e-08  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.652261  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0054  tRNA-Glu  85.92 
 
 
73 bp  61.9  2e-08  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.208215 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0023  tRNA-Glu  90.2 
 
 
75 bp  61.9  2e-08  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0038  tRNA-Glu  87.14 
 
 
78 bp  61.9  2e-08  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000513604  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0052  tRNA-Glu  85.92 
 
 
73 bp  61.9  2e-08  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0056  tRNA-Glu  85.92 
 
 
76 bp  61.9  2e-08  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0072  tRNA-Glu  85.92 
 
 
73 bp  61.9  2e-08  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.514054 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0003  tRNA-Glu  86.67 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0048  tRNA-Glu  85.92 
 
 
76 bp  61.9  2e-08  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0061  tRNA-Glu  85.92 
 
 
73 bp  61.9  2e-08  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180901  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37130  tRNA-Glu  86.36 
 
 
73 bp  60  8e-08  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.179999  normal  0.0419324 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  85.14 
 
 
76 bp  60  8e-08  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1163  tRNA-Glu  86.15 
 
 
79 bp  58  3e-07  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77096  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0052  tRNA-Glu  85.53 
 
 
78 bp  58  3e-07  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0058  tRNA-Glu  85.53 
 
 
78 bp  58  3e-07  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0077  tRNA-Glu  85.51 
 
 
73 bp  58  3e-07  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0010  tRNA-Glu  86.76 
 
 
75 bp  56  1e-06  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0004  tRNA-Glu  86.76 
 
 
75 bp  56  1e-06  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0050  tRNA-Glu  84.51 
 
 
73 bp  54  5e-06  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141779  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  84.51 
 
 
73 bp  54  5e-06  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0019  tRNA-Glu  84.51 
 
 
73 bp  54  5e-06  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0039  tRNA-Glu  96.77 
 
 
76 bp  54  5e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0289268  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2359  tRNA-Glu  96.77 
 
 
78 bp  54  5e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.337885  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0046  tRNA-Glu  84.51 
 
 
73 bp  54  5e-06  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0047  tRNA-Glu  84.51 
 
 
73 bp  54  5e-06  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.877641  normal  0.62194 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0037  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0038  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000180021  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0039  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000141026  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0002  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00548293  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0010  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.373505  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0077  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.155911  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0094  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.453938  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0012  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  2.89432e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0009  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000494179  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0036  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0894618  normal  0.0649973 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  84.85 
 
 
76 bp  52  2e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0008  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.114306  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4284  tRNA-Glu  83.78 
 
 
78 bp  52  2e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.89125e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4216  tRNA-Glu  83.78 
 
 
78 bp  52  2e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.33179e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4194  tRNA-Glu  83.78 
 
 
78 bp  52  2e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.3379e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4190  tRNA-Glu  83.78 
 
 
78 bp  52  2e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00029698  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  84.85 
 
 
76 bp  52  2e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  84.85 
 
 
76 bp  52  2e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0097  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.37842e-06  hitchhiker  0.00043068 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0027  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.624035  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3401  tRNA-Glu  83.78 
 
 
78 bp  52  2e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0670786  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3472  tRNA-Glu  83.78 
 
 
78 bp  52  2e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00023531  normal  0.785224 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1919  tRNA-Glu  83.78 
 
 
78 bp  52  2e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00151409  normal  0.292752 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0014  tRNA-Glu  83.78 
 
 
78 bp  52  2e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.70587e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0022  tRNA-Glu  84.85 
 
 
76 bp  52  2e-05  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.845779 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0108  tRNA-Glu  83.78 
 
 
76 bp  52  2e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0206919  unclonable  2.63061e-08 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0003  tRNA-Glu  96.55 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0763147  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0057  tRNA-Glu  96.55 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0058  tRNA-Glu  84.21 
 
 
78 bp  50.1  7e-05  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000216318  unclonable  6.08893e-06 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0012  tRNA-Glu  85.29 
 
 
72 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  1.3239e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t37  tRNA-Glu  100 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  6.28629e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  83.82 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0061  tRNA-Glu  83.82 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0001  tRNA-Glu  83.82 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0096405  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0022  tRNA-Glu  85.29 
 
 
72 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  6.92994e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0039  tRNA-Glu  83.82 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0044  tRNA-Glu  100 
 
 
72 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  7.72538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0043  tRNA-Glu  100 
 
 
72 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  3.74465e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11080  tRNA-Glu  83.1 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>