96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0001 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.179964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0034  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0006  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 80 bp  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.893816  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0060  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0044  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.4333  hitchhiker  0.000000000614004 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2735  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152126  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2513  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0504098  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2217  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0055  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.763699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0045  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.732814 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>