137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0536 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_0536  phosphoribulokinase  100 
 
 
290 aa  598  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00207145  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0693  Phosphoribulokinase  100 
 
 
290 aa  598  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  1.30691e-09  unclonable  1.21362e-10 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2826  phosphoribulokinase  68.66 
 
 
290 aa  405  1e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  4.54104e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3240  Phosphoribulokinase  67.81 
 
 
296 aa  400  1e-110  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  9.13358e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2833  phosphoribulokinase  66.78 
 
 
292 aa  398  1e-110  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.313018  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0562  phosphoribulokinase  68.21 
 
 
290 aa  397  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  2.47732e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0561  Phosphoribulokinase  65.87 
 
 
297 aa  394  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  6.38489e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2566  Phosphoribulokinase  67.47 
 
 
296 aa  397  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  1.9145e-07  hitchhiker  0.00547345 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2447  phosphoribulokinase  65.41 
 
 
295 aa  394  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  1.90521e-09  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3051  phosphoribulokinase  65.97 
 
 
292 aa  388  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3754  phosphoribulokinase  64.56 
 
 
294 aa  384  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1049  phosphoribulokinase  65.03 
 
 
295 aa  385  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  3.81881e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1498  Phosphoribulokinase  62.94 
 
 
291 aa  381  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09761  phosphoribulokinase  62.37 
 
 
300 aa  379  1e-104  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0122412 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17331  phosphoribulokinase  63.3 
 
 
300 aa  380  1e-104  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1864  phosphoribulokinase  64.07 
 
 
300 aa  379  1e-104  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.712466  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2693  phosphoribulokinase/uridine kinase  62.81 
 
 
290 aa  378  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.091078  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2898  phosphoribulokinase  62.46 
 
 
291 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.40634  normal  0.065685 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1482  phosphoribulokinase  62.32 
 
 
291 aa  377  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.793248 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1051  phosphoribulokinase  62.81 
 
 
291 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.382948  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3025  Phosphoribulokinase  62.11 
 
 
292 aa  375  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0147784  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0789  phosphoribulokinase  62.71 
 
 
300 aa  374  1e-103  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0104023  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6493  phosphoribulokinase  63.25 
 
 
290 aa  376  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0819827 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0793  phosphoribulokinase  61.36 
 
 
299 aa  372  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4047  phosphoribulokinase/uridine kinase  61.4 
 
 
290 aa  371  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.762728  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3753  phosphoribulokinase  61.4 
 
 
290 aa  371  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.917457  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08491  phosphoribulokinase  61.36 
 
 
298 aa  372  1e-102  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.314125  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5125  Phosphoribulokinase  61.75 
 
 
291 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08251  phosphoribulokinase  62.37 
 
 
300 aa  373  1e-102  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.298725  normal  0.584517 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2449  phosphoribulokinase  62.46 
 
 
290 aa  371  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.671024  normal  0.517835 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08461  phosphoribulokinase  61.36 
 
 
298 aa  372  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07961  phosphoribulokinase  61.36 
 
 
299 aa  370  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6400  phosphoribulokinase  59.45 
 
 
291 aa  368  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0193  phosphoribulokinase  62.03 
 
 
300 aa  370  1e-101  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0908262  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2404  phosphoribulokinase  62.11 
 
 
292 aa  368  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.154071  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1696  phosphoribulokinase  60.92 
 
 
290 aa  365  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.197903  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1983  phosphoribulokinase  61.05 
 
 
294 aa  367  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5952  phosphoribulokinase  60.92 
 
 
290 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0178204 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1512  phosphoribulokinase/uridine kinase  61.4 
 
 
294 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  8.7167e-07  decreased coverage  7.73868e-05 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0948  phosphoribulokinase  60.7 
 
 
291 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2789  phosphoribulokinase  62.11 
 
 
292 aa  367  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.23487  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3627  phosphoribulokinase/uridine kinase  59.65 
 
 
290 aa  362  3e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.694975  normal  0.715068 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0224  phosphoribulokinase  61.05 
 
 
300 aa  362  4e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.881816  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0822  phosphoribulokinase  60.35 
 
 
291 aa  362  4e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1392  phosphoribulokinase  62.46 
 
 
292 aa  362  5e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1914  phosphoribulokinase  60.35 
 
 
291 aa  361  7e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.469914 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2943  phosphoribulokinase  59.44 
 
 
290 aa  358  4e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1284  phosphoribulokinase  59.44 
 
 
290 aa  358  4e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3921  phosphoribulokinase  59.23 
 
 
289 aa  357  1e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3661  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  62.68 
 
 
289 aa  357  1e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.276567  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3735  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  62.68 
 
 
289 aa  357  1e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.075518 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2714  phosphoribulokinase  59.09 
 
 
290 aa  357  1e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3832  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  62.68 
 
 
289 aa  357  1e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3660  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  62.68 
 
 
289 aa  357  1e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3769  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  62.68 
 
 
289 aa  357  1e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.331887 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4000  phosphoribulokinase  59.09 
 
 
292 aa  356  2e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.286911  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3267  phosphoribulokinase  59.09 
 
 
292 aa  356  2e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3552  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  61.97 
 
 
289 aa  355  7e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3637  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  61.97 
 
 
289 aa  355  7e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  7.84787e-05 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0357  phosphoribulokinase  61.97 
 
 
289 aa  355  7e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.556787  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03158  hypothetical protein  61.97 
 
 
289 aa  355  7e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0642242  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3825  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  61.97 
 
 
289 aa  355  7e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0698789  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03206  predicted phosphoribulokinase  61.97 
 
 
289 aa  355  7e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0660711  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0357  Phosphoribulokinase  61.97 
 
 
289 aa  355  7e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.198732  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4578  phosphoribulokinase  61.97 
 
 
289 aa  354  8e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0260853  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4016  hypothetical protein  59.44 
 
 
292 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4665  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  61.62 
 
 
289 aa  353  2e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.014  normal  0.177771 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3730  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  61.62 
 
 
289 aa  352  4e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3782  phosphoribulokinase  60.92 
 
 
289 aa  352  5e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.161348  normal  0.0134674 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00074  phosphoribulokinase  59.15 
 
 
289 aa  351  9e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0294  phosphoribulokinase  59.86 
 
 
289 aa  350  1e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0254  phosphoribulokinase  61.97 
 
 
289 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3942  putative phosphoribulokinase  61.97 
 
 
289 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3699  phosphoribulokinase 1  61.97 
 
 
289 aa  350  2e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2190  phosphoribulokinase  59.15 
 
 
289 aa  350  2e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002280  Phosphoribulokinase  58.8 
 
 
289 aa  349  4e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4030  Phosphoribulokinase  60.56 
 
 
289 aa  348  8e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0320  phosphoribulokinase/uridine kinase  58.1 
 
 
286 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562289  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1192  Phosphoribulokinase  58.6 
 
 
304 aa  347  2e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0642635 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03945  phosphoribulokinase  64.08 
 
 
301 aa  345  4e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3851  Phosphoribulokinase  60.56 
 
 
289 aa  345  4e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.392591  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2281  phosphoribulokinase  57.75 
 
 
286 aa  345  5e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00866934  normal  0.0119473 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0295  Phosphoribulokinase  60.56 
 
 
289 aa  345  5e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.810338  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0628  phosphoribulokinase  59.86 
 
 
299 aa  344  1e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470735  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0371  Phosphoribulokinase  59.72 
 
 
289 aa  344  1e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0446  phosphoribulokinase  55.79 
 
 
295 aa  341  7e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  0.0634362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0920  Phosphoribulokinase  58.1 
 
 
286 aa  339  3e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0944  Phosphoribulokinase  58.45 
 
 
286 aa  339  3e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.373427  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0980  phosphoribulokinase  57.75 
 
 
286 aa  336  2e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.231179 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3558  phosphoribulokinase  57.04 
 
 
286 aa  335  5e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0910  phosphoribulokinase  56.49 
 
 
290 aa  332  5e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0668  phosphoribulokinase  59.51 
 
 
295 aa  329  4e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3554  phosphoribulokinase  56.94 
 
 
288 aa  328  9e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0878  phosphoribulokinase  59.15 
 
 
295 aa  326  3e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3867  phosphoribulokinase  59.51 
 
 
295 aa  325  8e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3400  phosphoribulokinase/uridine kinase  58.8 
 
 
295 aa  324  9e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3288  phosphoribulokinase  58.8 
 
 
295 aa  324  9e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.679184  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0734  phosphoribulokinase  58.8 
 
 
295 aa  324  9e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0888  phosphoribulokinase  58.45 
 
 
295 aa  322  4e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.255062  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0876  Phosphoribulokinase  58.45 
 
 
295 aa  322  4e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>