113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Cys-1 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000388055  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0038  tRNA-Cys  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000123797  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.785195  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0056  tRNA-Cys  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000403241  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0040  tRNA-Cys  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0037  tRNA-Cys  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0040  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0040  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.578047  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0014  tRNA-Cys  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000913003  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5684  tRNA-Cys  93.06 
 
 		 71 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0257731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  93.06 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0128228  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  93.06 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0650273  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  93.06 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0459686  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  93.06 
 
 		 71 bp  95.6  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000664876  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0613  tRNA-Cys  93.06 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000112744  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5719  tRNA-Cys  93.06 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00287559  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4764  tRNA-Cys  93.06 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000101548  hitchhiker  8.34658e-17 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0538  tRNA-Cys  93.06 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.435960000000001e-32 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2153  tRNA-Cys  96.3 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.332579  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2769  tRNA-Cys  96.3 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1864  tRNA-Cys  96.3 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2454  tRNA-Cys  96.3 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0026  tRNA-Cys  96.3 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000374248  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0091  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 71 bp  87.7  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115005  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0004  tRNA-Cys  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10265 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0059  tRNA-Cys  94.44 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000068081  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0011  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.192028 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0087  tRNA-Cys  90.28 
 
 		 71 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000500213  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0052  tRNA-Cys  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0042  tRNA-Cys  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.815028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0049  tRNA-Cys  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.414451  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0065  tRNA-Cys  94.12 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000051222  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0104  tRNA-Cys  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.916479  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0042  tRNA-Cys  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0002  tRNA-Cys  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.150631  unclonable  0.0000119825 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0069  tRNA-Cys  94.34 
 
 		 71 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0029  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000761826  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0001  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0872733  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0049  tRNA-Cys  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00399086  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0051  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0015  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000242975  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0093  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139562  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0008  tRNA-Cys  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0037  tRNA-Cys  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Cys-2  tRNA-Cys  92.59 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0013  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201212  normal  0.568033 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0037  tRNA-Cys  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.21352e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0050  tRNA-Cys  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000040729  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0037  tRNA-Cys  93.18 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0042  tRNA-Cys  97.22 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0027  tRNA-Cys  93.18 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000669045  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0047  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000253552  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1223  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0426798  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0041  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000014718  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0042  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.220787  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0030  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000038111  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0031  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07200  tRNA-Cys  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.867766 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0029  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0070  tRNA-Cys  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00415694  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0024  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.882342 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0026  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 71 bp  60  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0020  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0214186 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0065  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.758195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0017  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0020  tRNA-Cys  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979137  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0027  tRNA-Cys  96.88 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0032  tRNA-Cys  96.88 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0539898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0045  tRNA-Cys  86.67 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.364336  normal  0.716985 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1591  tRNA-Cys  86.11 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0177863  normal  0.766163 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0030  tRNA-Cys  96.88 
 
 		 72 bp  56  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.512325  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0010  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0535  tRNA-Cys  96.77 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0018  tRNA-Cys  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0061  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000162989  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0026  tRNA-Cys  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0032  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.492449 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0010  tRNA-Cys  85.96 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0038  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000114556  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0009  tRNA-Cys  85.96 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0028  tRNA-Cys  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0011  tRNA-Cys  85.96 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.23607  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0011  tRNA-Cys  85.96 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.606624  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0065  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.877098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0034  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000528755  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0022  tRNA-Cys  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000266732  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0007  tRNA-Cys  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0824294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0027  tRNA-Cys  84 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000465456  normal  0.0215874 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0084  tRNA-Cys  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0018  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>