116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0037 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_R0056  tRNA-Cys  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000403241  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0037  tRNA-Cys  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0014  tRNA-Cys  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000913003  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000669045  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1223  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0426798  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0042  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.220787  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000388055  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0038  tRNA-Cys  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000123797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2153  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.332579  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2769  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1864  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2454  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0026  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000374248  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0052  tRNA-Cys  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0042  tRNA-Cys  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.815028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0059  tRNA-Cys  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000068081  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0002  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.150631  unclonable  0.0000119825 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  92.65 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.785195  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0040  tRNA-Cys  92.65 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0040  tRNA-Cys  92.65 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.578047  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5684  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0257731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0128228  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0650273  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0459686  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000664876  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0040  tRNA-Cys  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0069  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0613  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000112744  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5719  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00287559  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4764  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000101548  hitchhiker  8.34658e-17 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0538  tRNA-Cys  96.36 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.435960000000001e-32 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0028  tRNA-Cys  90.67 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0011  tRNA-Cys  89.86 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.192028 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0042  tRNA-Cys  97.78 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0065  tRNA-Cys  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000051222  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0030  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.512325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0091  tRNA-Cys  94.55 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115005  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0004  tRNA-Cys  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10265 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0015  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000242975  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0013  tRNA-Cys  100 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201212  normal  0.568033 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0104  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.916479  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0070  tRNA-Cys  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00415694  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0051  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0087  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000500213  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0037  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0027  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0029  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000761826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t26  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.286394  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0026  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0032  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0539898  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0024  tRNA-Cys  100 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.882342 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0093  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139562  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07200  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.867766 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0020  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979137  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0022  tRNA-Cys  95.65 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0008  tRNA-Cys  100 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0030  tRNA-Cys  87.67 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.581991  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0035  tRNA-Cys  87.67 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.497187  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0061  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000162989  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0037  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.21352e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0027  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0041  tRNA-Cys  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000014718  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0022  tRNA-Cys  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000266732  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0050  tRNA-Cys  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000040729  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0065  tRNA-Cys  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.758195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0010  tRNA-Cys  97.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0037  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0049  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00399086  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0047  tRNA-Cys  97.06 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000253552  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0032  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.352047  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0049  tRNA-Cys  86.36 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.414451  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0042  tRNA-Cys  86.36 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0029  tRNA-Cys  97.06 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0027  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000465456  normal  0.0215874 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0035  tRNA-Cys  90.57 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.247742 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0001  tRNA-Cys  86.11 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0872733  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1591  tRNA-Cys  89.29 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0177863  normal  0.766163 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0038  tRNA-Cys  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000114556  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0036  tRNA-Cys  90.38 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.793802 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0013  tRNA-Cys  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00140288  normal  0.708888 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0032  tRNA-Cys  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.492449 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Cys-2  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0031  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0010  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0535  tRNA-Cys  94.12 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0084  tRNA-Cys  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0009  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0014  tRNA-Cys  84.42 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000003248  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0004  tRNA-Cys  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.120043  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0011  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.23607  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0011  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.606624  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0026  tRNA-Cys  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0030  tRNA-Cys  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000038111  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0023  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0036  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0602009  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNACysVIMSS1309136  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNACysVIMSS1309280  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNACysVIMSS1309177  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNACysVIMSS1309369  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>