76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_R0042 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0049  tRNA-Cys  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.414451  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0042  tRNA-Cys  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0049  tRNA-Cys  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00399086  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.785195  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0040  tRNA-Cys  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0040  tRNA-Cys  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.578047  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000388055  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0038  tRNA-Cys  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000123797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0084  tRNA-Cys  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0038  tRNA-Cys  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000114556  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4764  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000101548  hitchhiker  8.34658e-17 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5684  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0257731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0128228  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0091  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115005  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0650273  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0613  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000112744  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5719  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00287559  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0538  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.435960000000001e-32 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0459686  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000664876  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0004  tRNA-Cys  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10265 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0026  tRNA-Cys  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0036  tRNA-Cys  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0602009  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNACysVIMSS1309177  tRNA-Cys  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNACysVIMSS1309280  tRNA-Cys  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0041  tRNA-Cys  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000014718  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNACysVIMSS1309216  tRNA-Cys  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.126677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNACysVIMSS1309136  tRNA-Cys  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNACysVIMSS1309104  tRNA-Cys  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.200833  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNACysVIMSS1309369  tRNA-Cys  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0041  tRNA-Cys  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.73706  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0023  tRNA-Cys  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0013  tRNA-Cys  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.279847 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0069  tRNA-Cys  91.07 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0087  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000500213  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0031  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0030  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000038111  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0093  tRNA-Cys  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139562  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0018  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0037  tRNA-Cys  86.36 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0056  tRNA-Cys  86.36 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000403241  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0014  tRNA-Cys  86.36 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000913003  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0045  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.364336  normal  0.716985 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0026  tRNA-Cys  91.11 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0029  tRNA-Cys  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000761826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0051  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0037  tRNA-Cys  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0008  tRNA-Cys  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0104  tRNA-Cys  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.916479  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0002  tRNA-Cys  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.150631  unclonable  0.0000119825 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0040  tRNA-Cys  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0026  tRNA-Cys  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000374248  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0013  tRNA-Cys  90.48 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201212  normal  0.568033 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0027  tRNA-Cys  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000465456  normal  0.0215874 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0027  tRNA-Cys  90.48 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt026  tRNA-Cys  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00197554  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0015  tRNA-Cys  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000242975  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2454  tRNA-Cys  84.85 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2153  tRNA-Cys  84.85 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.332579  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2769  tRNA-Cys  84.85 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1864  tRNA-Cys  84.85 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0037  tRNA-Cys  90.48 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0024  tRNA-Cys  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.882342 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0011  tRNA-Cys  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.192028 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0020  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979137  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0032  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.492449 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0070  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00415694  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0029  tRNA-Cys  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0047  tRNA-Cys  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000253552  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07200  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.867766 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0048  tRNA-Cys  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.151356  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0059  tRNA-Cys  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000068081  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1591  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0177863  normal  0.766163 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0042  tRNA-Cys  88.1 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0027  tRNA-Cys  85.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0065  tRNA-Cys  88.1 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000051222  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>