More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4677 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4677  ribosomal protein S9  100 
 
 		 130 aa  265  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.278967  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5913  30S ribosomal protein S9  90.77 
 
 		 130 aa  244  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.208895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0626  30S ribosomal protein S9  87.69 
 
 		 130 aa  241  1.9999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0605  30S ribosomal protein S9  87.69 
 
 		 130 aa  241  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4052  30S ribosomal protein S9  89.23 
 
 		 130 aa  242  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.809908  normal  0.564948 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2639  30S ribosomal protein S9  85.38 
 
 		 130 aa  235  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.17438  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0501  30S ribosomal protein S9  85.38 
 
 		 130 aa  234  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4112  30S ribosomal protein S9  85.38 
 
 		 130 aa  234  4e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3451  30S ribosomal protein S9  83.85 
 
 		 130 aa  228  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0078135 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0722  ribosomal protein S9  83.85 
 
 		 130 aa  228  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3156  30S ribosomal protein S9  80.77 
 
 		 130 aa  221  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00359372 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0411  30S ribosomal protein S9  77.69 
 
 		 130 aa  212  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000014619  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0469  30S ribosomal protein S9  76.15 
 
 		 130 aa  207  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000193557  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2342  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  206  8e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2520  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  206  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3413  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  206  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0107857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3420  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  206  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000202027  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3377  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  206  8e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000325455  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1116  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  206  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0254  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  206  8e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2703  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  206  9e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.490029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1234  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  205  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000854245  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2563  30S ribosomal protein S9  74.62 
 
 		 130 aa  203  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714908  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0491  30S ribosomal protein S9  74.62 
 
 		 130 aa  202  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0372353  normal  0.193269 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3766  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  202  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.658387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0647  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  202  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00285977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0197  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  202  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202545  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0680  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  202  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000222538  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3353  30S ribosomal protein S9  74.62 
 
 		 130 aa  202  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000507288  hitchhiker  0.0000404008 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0608  30S ribosomal protein S9  74.62 
 
 		 130 aa  202  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000451686  normal  0.262066 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0382  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  201  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0184231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0454  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  201  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0255963  normal  0.796217 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0367  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 		 130 aa  201  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000448381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0600  30S ribosomal protein S9  74.62 
 
 		 130 aa  200  7e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000648007  normal  0.790405 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0574  30S ribosomal protein S9  74.62 
 
 		 130 aa  200  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00443027  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1885  ribosomal protein S9  75.78 
 
 		 133 aa  199  8e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000534939  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1589  ribosomal protein S9  75 
 
 		 133 aa  198  1.9999999999999998e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000582599  normal  0.735167 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0560  30S ribosomal protein S9  73.08 
 
 		 130 aa  195  1.0000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000599765  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0056  SSU ribosomal protein S9P  74.62 
 
 		 130 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0128063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0650  SSU ribosomal protein S9P  70.77 
 
 		 130 aa  191  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.4124e-16  normal  0.0939463 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1233  30S ribosomal protein S9  73.81 
 
 		 130 aa  185  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000147442  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3163  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 		 130 aa  173  6e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.247444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2471  ribosomal protein S9  64.8 
 
 		 130 aa  173  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0151898  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13050  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 		 130 aa  173  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0104  30S ribosomal protein S9  66.67 
 
 		 130 aa  173  8e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000569691  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2241  SSU ribosomal protein S9P  65.38 
 
 		 130 aa  172  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.201316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0797  30S ribosomal protein S9  64.57 
 
 		 128 aa  171  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000494469  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1316  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 		 130 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.428523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4408  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 		 130 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.40853 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4693  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 		 130 aa  170  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00380118  normal  0.0220476 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4533  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 		 130 aa  170  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0902  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 		 130 aa  170  7.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1566  30S ribosomal protein S9  65.35 
 
 		 128 aa  169  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000968491  normal  0.322438 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0923  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 		 130 aa  169  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3702  ribosomal protein S9  66.67 
 
 		 130 aa  169  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000244977  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0753  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 		 130 aa  168  2e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000116915  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1748  30S ribosomal protein S9  64.57 
 
 		 128 aa  167  4e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000973218  normal  0.252579 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4425  ribosomal protein S9  61.54 
 
 		 130 aa  166  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.146621  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4119  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 		 130 aa  166  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00882  30S ribosomal protein S9  66.67 
 
 		 130 aa  166  8e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3665  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  165  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0023412  normal  0.0755267 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03090  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000557445  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0476  ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000601039  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3713  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3525  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000016286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3419  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000112038  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3546  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000104404  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004510  SSU ribosomal protein S9p (S16e)  65.85 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4547  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000371086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03041  hypothetical protein  63.41 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000287646  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0476  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000111446  normal  0.163216 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2876  ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 129 aa  164  5e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0513337  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4442  ribosomal protein S9  65.04 
 
 		 130 aa  163  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3536  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000037617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3642  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000331692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3704  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00817033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3607  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000867127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3535  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  164  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000799314  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2399  ribosomal protein S9  63.41 
 
 		 130 aa  163  6.9999999999999995e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.696602  normal  0.066769 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0461  30S ribosomal protein S9  65.04 
 
 		 130 aa  163  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000140237  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1133  30S ribosomal protein S9  65.04 
 
 		 130 aa  163  9e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000113025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0525  30S ribosomal protein S9  65.04 
 
 		 130 aa  163  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000883336  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4348  30S ribosomal protein S9  62.6 
 
 		 130 aa  162  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000012665  hitchhiker  0.00291766 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3594  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 		 130 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000165532  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0293  ribosomal protein S9  62.6 
 
 		 130 aa  161  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000515876  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2043  ribosomal protein S9  64 
 
 		 130 aa  160  4.0000000000000004e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0300  30S ribosomal protein S9  62.6 
 
 		 130 aa  160  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00212654  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0725  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 		 130 aa  160  6e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.616344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3627  30S ribosomal protein S9  61.79 
 
 		 130 aa  159  9e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023775  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3638  ribosomal protein S9  60.98 
 
 		 130 aa  159  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00994207  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3796  ribosomal protein S9  60.98 
 
 		 130 aa  158  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000182281  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5004  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 		 130 aa  158  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00156716  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04011  30S ribosomal protein S9  68.8 
 
 		 130 aa  158  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57580  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 		 130 aa  158  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0154586  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0905  ribosomal protein S9  61.79 
 
 		 130 aa  157  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.122737  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01520  ribosomal protein S9  64.23 
 
 		 131 aa  157  4e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000216085  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02470  ribosomal protein S9  64.23 
 
 		 131 aa  157  4e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000158686  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0748  30S ribosomal protein S9  60 
 
 		 130 aa  157  5e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000172866  normal  0.041404 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4221  30S ribosomal protein S9  60 
 
 		 130 aa  157  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000135609  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3070  30S ribosomal protein S9  60 
 
 		 130 aa  157  6e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000352838  normal  0.198807 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>