More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0293 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0293  ribosomal protein S9  100 
 
 
130 aa  261  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000515876  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3535  30S ribosomal protein S9  99.23 
 
 
130 aa  258  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000799314  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3536  30S ribosomal protein S9  99.23 
 
 
130 aa  258  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000037617  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3642  30S ribosomal protein S9  99.23 
 
 
130 aa  258  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000331692  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3607  30S ribosomal protein S9  99.23 
 
 
130 aa  258  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000867127  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3704  30S ribosomal protein S9  99.23 
 
 
130 aa  258  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00817033  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03090  30S ribosomal protein S9  98.46 
 
 
130 aa  257  4e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000557445  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0476  ribosomal protein S9  98.46 
 
 
130 aa  257  4e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000601039  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3546  30S ribosomal protein S9  98.46 
 
 
130 aa  257  4e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000104404  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03041  hypothetical protein  98.46 
 
 
130 aa  257  4e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000287646  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4547  30S ribosomal protein S9  98.46 
 
 
130 aa  257  4e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000371086  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3713  30S ribosomal protein S9  98.46 
 
 
130 aa  257  4e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3419  30S ribosomal protein S9  98.46 
 
 
130 aa  257  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000112038  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3525  30S ribosomal protein S9  98.46 
 
 
130 aa  257  4e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000016286  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0476  30S ribosomal protein S9  98.46 
 
 
130 aa  257  4e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000111446  normal  0.163216 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0300  30S ribosomal protein S9  98.46 
 
 
130 aa  256  6e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00212654  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3665  30S ribosomal protein S9  97.69 
 
 
130 aa  255  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0023412  normal  0.0755267 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4348  30S ribosomal protein S9  96.15 
 
 
130 aa  252  1.0000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000012665  hitchhiker  0.00291766 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3796  ribosomal protein S9  96.15 
 
 
130 aa  252  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000182281  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3638  ribosomal protein S9  94.62 
 
 
130 aa  250  6e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00994207  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0461  30S ribosomal protein S9  92.31 
 
 
130 aa  244  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000140237  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0525  30S ribosomal protein S9  92.31 
 
 
130 aa  244  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000883336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1133  30S ribosomal protein S9  92.31 
 
 
130 aa  244  4e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000113025  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0104  30S ribosomal protein S9  90.77 
 
 
130 aa  238  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000569691  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00882  30S ribosomal protein S9  87.69 
 
 
130 aa  234  3e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004510  SSU ribosomal protein S9p (S16e)  86.92 
 
 
130 aa  233  9e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2663  30S ribosomal protein S9  84.62 
 
 
130 aa  226  6e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00134428  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2399  ribosomal protein S9  82.31 
 
 
130 aa  223  5.0000000000000005e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.696602  normal  0.066769 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0753  30S ribosomal protein S9  82.31 
 
 
130 aa  222  1e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000116915  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0745  30S ribosomal protein S9  81.54 
 
 
130 aa  222  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000051972  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0733  30S ribosomal protein S9  81.54 
 
 
130 aa  222  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000589004  hitchhiker  0.00344758 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3939  30S ribosomal protein S9  81.54 
 
 
130 aa  222  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3651  30S ribosomal protein S9  81.54 
 
 
130 aa  222  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456747  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0724  30S ribosomal protein S9  81.54 
 
 
130 aa  222  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00489418  hitchhiker  0.0000321207 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0703  30S ribosomal protein S9  81.54 
 
 
130 aa  222  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000775692  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3268  30S ribosomal protein S9  81.54 
 
 
130 aa  222  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222713  hitchhiker  0.0000090404 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0679  30S ribosomal protein S9  81.54 
 
 
130 aa  222  2e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000564509  hitchhiker  0.00025421 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3070  30S ribosomal protein S9  83.08 
 
 
130 aa  221  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000352838  normal  0.198807 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0693  30S ribosomal protein S9  81.54 
 
 
130 aa  222  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000579549  decreased coverage  0.00000193008 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3702  ribosomal protein S9  80 
 
 
130 aa  221  3e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000244977  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3293  30S ribosomal protein S9  81.54 
 
 
130 aa  220  4e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000148641  hitchhiker  0.00108393 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4442  ribosomal protein S9  80.77 
 
 
130 aa  218  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4221  30S ribosomal protein S9  80 
 
 
130 aa  215  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000135609  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4425  ribosomal protein S9  77.69 
 
 
130 aa  215  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.146621  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4119  30S ribosomal protein S9  77.69 
 
 
130 aa  215  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0748  30S ribosomal protein S9  80 
 
 
130 aa  215  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000172866  normal  0.041404 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0032  ribosomal protein S9  80.15 
 
 
132 aa  214  2e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4533  30S ribosomal protein S9  76.92 
 
 
130 aa  213  5e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848049  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1316  30S ribosomal protein S9  76.92 
 
 
130 aa  213  7e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.428523  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4408  30S ribosomal protein S9  76.92 
 
 
130 aa  213  7e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.40853 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4693  30S ribosomal protein S9  76.92 
 
 
130 aa  213  7e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00380118  normal  0.0220476 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3594  30S ribosomal protein S9  78.46 
 
 
130 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000165532  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0923  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 
130 aa  210  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0902  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 
130 aa  209  7.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13050  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 
130 aa  208  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2876  ribosomal protein S9  76.38 
 
 
129 aa  202  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0513337  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2043  ribosomal protein S9  73.85 
 
 
130 aa  200  4e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2241  SSU ribosomal protein S9P  73.08 
 
 
130 aa  200  6e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.201316  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2471  ribosomal protein S9  73.85 
 
 
130 aa  198  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0151898  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3163  30S ribosomal protein S9  70.77 
 
 
130 aa  194  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.247444  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0797  30S ribosomal protein S9  74.19 
 
 
128 aa  194  3e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000494469  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0507  30S ribosomal protein S9  78.46 
 
 
130 aa  194  4.0000000000000005e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000732186  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3359  30S ribosomal protein S9  78.46 
 
 
130 aa  194  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000301087  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1748  30S ribosomal protein S9  74.19 
 
 
128 aa  189  8e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000973218  normal  0.252579 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57580  30S ribosomal protein S9  74.62 
 
 
130 aa  187  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0154586  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5004  30S ribosomal protein S9  74.62 
 
 
130 aa  187  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00156716  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1566  30S ribosomal protein S9  72.58 
 
 
128 aa  185  2e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000968491  normal  0.322438 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0607  30S ribosomal protein S9  66.92 
 
 
130 aa  184  5e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000206629  hitchhiker  0.00149279 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0905  ribosomal protein S9  68.46 
 
 
130 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.122737  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0650  SSU ribosomal protein S9P  66.15 
 
 
130 aa  177  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.4124e-16  normal  0.0939463 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2875  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  177  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0195834  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1233  30S ribosomal protein S9  66.15 
 
 
130 aa  177  5.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000147442  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3156  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  176  8e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00359372 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3085  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  176  9e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000996861  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1050  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  176  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000126027  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0469  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  175  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000193557  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3353  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  174  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000507288  hitchhiker  0.0000404008 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1899  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  174  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  3.1303899999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0608  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  174  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000451686  normal  0.262066 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0411  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  174  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000014619  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2076  ribosomal protein S9  69.23 
 
 
130 aa  174  3e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0056  SSU ribosomal protein S9P  66.94 
 
 
130 aa  173  6e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0128063  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0913  ribosomal protein S9  64.29 
 
 
129 aa  173  9e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0367  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000448381  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3190  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  172  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000452354  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0382  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0184231  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0560  30S ribosomal protein S9  65.32 
 
 
130 aa  172  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000599765  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0254  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2342  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3413  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0107857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3420  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000202027  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1116  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2563  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714908  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2678  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000125135  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2363  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000350135  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2520  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3348  ribosomal protein S9  64.29 
 
 
129 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0614997 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3377  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000325455  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1234  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000854245  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0680  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000222538  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>