295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03610 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03610  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00247  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 		 117 bp  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06827  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 		 117 bp  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03612  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 		 117 bp  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00193  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 		 117 bp  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01013  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 		 117 bp  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00326  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 		 117 bp  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03717  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 		 117 bp  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00374  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 		 117 bp  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna054  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 		 121 bp  190  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000122961  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna077  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 		 121 bp  190  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000940353  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna082  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 		 121 bp  190  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00472  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 		 117 bp  190  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna010  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 		 121 bp  190  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00199  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 		 117 bp  190  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna046  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 121 bp  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna035  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 121 bp  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna042  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 121 bp  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna089  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 121 bp  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.011168  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna154  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 121 bp  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna023  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 121 bp  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna060  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 121 bp  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna091  5S ribosomal RNA  93.97 
 
 		 121 bp  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.010484  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2547  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 121 bp  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2805  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 121 bp  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.143607  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2712  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 121 bp  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000024444  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2069a  5S ribosomal RNA  94.78 
 
 		 124 bp  172  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0246  5S ribosomal RNA  93.97 
 
 		 121 bp  167  8e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.25142  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2071  5S ribosomal RNA  93.97 
 
 		 124 bp  167  8e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2334  5S ribosomal RNA  93.97 
 
 		 124 bp  167  8e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000925408  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2325  5S ribosomal RNA  93.97 
 
 		 123 bp  167  8e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2456  5S ribosomal RNA  93.97 
 
 		 124 bp  167  8e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3139r  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 120 bp  135  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3182r  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 120 bp  135  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.175468  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3094r  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 120 bp  135  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3073r  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 120 bp  135  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000752328  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3114r  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 120 bp  135  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3091r  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 120 bp  135  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211097  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3186r  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 120 bp  135  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.713865  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3210r  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 121 bp  135  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3084r  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 120 bp  135  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000384102  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3109r  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 120 bp  135  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0264558  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3078r  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000647094  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1115r  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.155986  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0029  5S ribosomal RNA  91.18 
 
 		 115 bp  123  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3096r  5S ribosomal RNA  89.81 
 
 		 121 bp  119  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0009  5S ribosomal RNA  91.4 
 
 		 122 bp  113  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0303882  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0018  5S ribosomal RNA  91.4 
 
 		 122 bp  113  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00138845  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0052  5S ribosomal RNA  91.4 
 
 		 122 bp  113  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.137017  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0003  5S ribosomal RNA  91.4 
 
 		 122 bp  113  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.491574  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0022  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 122 bp  109  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0120854  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0094  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0100  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0074  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.201415  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0084  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0076  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0004  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0280909  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0013  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.843481  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0064  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.050836  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0081  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.874244  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0073  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0092  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0097  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0031  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.693332  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0075  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 115 bp  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0130  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0054  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA17  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  103  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0237431 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA48  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  103  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.929438  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA70  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  103  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA79  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  103  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0223502 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA8  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  103  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R16  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  103  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.14569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R45  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  103  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.161753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R5  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  103  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378855  normal  0.842536 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R56  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  103  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R6  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  103  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.305961  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R77  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  103  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R90  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  103  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000508356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0003  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.701681  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0009  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.10388  hitchhiker  0.000696036 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0021  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0045  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 118 bp  101  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.367607  normal  0.064154 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0109  5S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 116 bp  99.6  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00459637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0027  5S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 116 bp  99.6  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.905353  unclonable  0.00000755245 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0039  5S ribosomal RNA  92.86 
 
 		 116 bp  99.6  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0004  5S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 115 bp  99.6  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.843382  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0012  5S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 115 bp  99.6  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0017  5S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 116 bp  99.6  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0111845  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0115  5S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 116 bp  97.6  6e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0125  5S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 116 bp  97.6  6e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SA  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000806285  hitchhiker  0.0000506665 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SB  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000511207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SC  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.176964  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SD  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.948307 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r06  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r09  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r10  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0337949  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r13  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA78  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 115 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0234553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>