More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3229 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3229  (2Fe-2S)-binding  100 
 
 
154 aa  318  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0849  (2Fe-2S)-binding domain protein  66 
 
 
151 aa  204  5e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.369182  normal  0.586703 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0874  (2Fe-2S)-binding domain protein  65.33 
 
 
151 aa  202  9e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.607116 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0913  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  65.33 
 
 
151 aa  202  9e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3776  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  63.16 
 
 
152 aa  201  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.544021 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1750  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  63.09 
 
 
151 aa  201  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1891  ferredoxin:(2Fe-2S)-binding  60 
 
 
152 aa  201  4e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2917  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  62.99 
 
 
153 aa  200  6e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4805  (2Fe-2S)-binding domain protein  62.67 
 
 
152 aa  199  9e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.875575 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3728  (2Fe-2S)-binding domain protein  62.67 
 
 
152 aa  199  9e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2930  isoquinoline 1-oxidoreductase, alpha subunit  60 
 
 
153 aa  199  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0797474  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05442  dehydrogenase, small chain oxidoreductase protein  62 
 
 
152 aa  197  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.094889  normal  0.0167614 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4819  (2Fe-2S)-binding domain protein  64.86 
 
 
151 aa  197  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.721772  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0594  (2Fe-2S)-binding  61.07 
 
 
152 aa  196  9e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98773  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0626  aldehyde dehydrogenase subunit III  61.33 
 
 
152 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1703  (2Fe-2S)-binding protein  59.6 
 
 
167 aa  192  9e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.281289  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2575  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  62.84 
 
 
151 aa  191  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2662  ferredoxin:(2Fe-2S)-binding  60.4 
 
 
152 aa  191  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.626504  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3977  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  62.99 
 
 
153 aa  191  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.156195  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1691  putative oxidoreductase alpha subunit  59.86 
 
 
151 aa  190  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.119824  normal  0.987612 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4959  (2Fe-2S)-binding domain protein  59.86 
 
 
151 aa  190  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333735  normal  0.14163 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4114  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  58 
 
 
152 aa  189  9e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2320  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  57.62 
 
 
152 aa  189  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2280  (2Fe-2S)-binding protein  60.53 
 
 
154 aa  187  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.938299  normal  0.793303 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0049  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  58.44 
 
 
188 aa  187  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0706173  normal  0.653074 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4888  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  56.58 
 
 
155 aa  187  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5480  (2Fe-2S)-binding  56.58 
 
 
155 aa  187  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5382  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  56.58 
 
 
155 aa  187  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0864  (2Fe-2S)-binding domain protein  63.82 
 
 
152 aa  186  9e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.383234 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3252  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  57.14 
 
 
151 aa  186  9e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.256088  normal  0.660124 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1416  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  57.14 
 
 
154 aa  186  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6356  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  57.33 
 
 
152 aa  185  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3173  (2Fe-2S)-binding  58.78 
 
 
151 aa  186  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6320  (2Fe-2S)-binding domain protein  59.09 
 
 
157 aa  186  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5082  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  58.78 
 
 
151 aa  186  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3950  (2Fe-2S)-binding domain protein  58.39 
 
 
164 aa  186  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.0539481 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5195  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  58.78 
 
 
151 aa  186  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4218  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  58.11 
 
 
151 aa  185  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1603  (2Fe-2S)-binding protein  58.78 
 
 
151 aa  185  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.356413  normal  0.202464 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5951  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  58.78 
 
 
151 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.588853  normal  0.695303 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3465  (2Fe-2S)-binding  58.55 
 
 
154 aa  185  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3961  (2Fe-2S)-binding  58.78 
 
 
151 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4406  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  58.78 
 
 
151 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.322434 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3557  (2Fe-2S)-binding  58.39 
 
 
152 aa  183  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.608806 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3164  ferredoxin like protein  58.94 
 
 
152 aa  183  9e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.758839  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3902  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  58.94 
 
 
152 aa  183  9e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7215  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  57.52 
 
 
153 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4140  (2Fe-2S)-binding domain protein  57.72 
 
 
157 aa  183  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.478107  normal  0.124056 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3827  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  57.43 
 
 
151 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.799959  normal  0.448884 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0806  (2Fe-2S)-binding protein  57.33 
 
 
153 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0756376  normal  0.191785 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6768  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  56.67 
 
 
152 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.723083  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4295  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  56.76 
 
 
151 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.969748 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5482  (2Fe-2S)-binding  56.67 
 
 
152 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.246902  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5426  (2Fe-2S)-binding domain protein  55.78 
 
 
187 aa  181  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3147  hypothetical protein  56.29 
 
 
152 aa  181  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.483124 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2620  (2Fe-2S)-binding  56.08 
 
 
153 aa  180  6e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4483  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  57.82 
 
 
152 aa  180  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0584  (2Fe-2S)-binding domain protein  56.29 
 
 
158 aa  179  9.000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00001317  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2477  isoquinoline 1-oxidoreductase, alpha subunit, putative  56.67 
 
 
153 aa  179  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.195637  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26060  oxidoreductase iron sulphur binding subunit  56.67 
 
 
152 aa  179  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.555573  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4547  (2Fe-2S)-binding domain protein  55.7 
 
 
152 aa  178  2.9999999999999997e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2461  (2Fe-2S)-binding domain protein  54.67 
 
 
159 aa  177  5.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3758  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  54.55 
 
 
153 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566675  normal  0.0134234 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2198  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  57.05 
 
 
177 aa  177  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.185555  hitchhiker  0.00320999 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2173  ferredoxin  58.67 
 
 
151 aa  176  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.634408  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2803  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  55.1 
 
 
163 aa  176  9e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.020197 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0863  (2Fe-2S)-binding protein  55.84 
 
 
153 aa  176  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.134679 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0905  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  57.93 
 
 
162 aa  176  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4167  (2Fe-2S)-binding  54.97 
 
 
152 aa  175  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4733  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  55.19 
 
 
153 aa  175  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211012  normal  0.305671 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3530  (2Fe-2S)-binding  55.19 
 
 
153 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0014  (2Fe-2S)-binding domain protein  55 
 
 
151 aa  175  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.652545 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40180  putative oxidoreductase  55.19 
 
 
153 aa  175  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.948778  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4836  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  55.19 
 
 
153 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00102836 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5448  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  54.55 
 
 
153 aa  174  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0179621 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4306  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  58.74 
 
 
157 aa  174  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1746  isoquinoline 1-oxidoreductase, alpha subunit  55.19 
 
 
153 aa  174  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.446262  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4210  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  55.19 
 
 
153 aa  174  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.465873  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3840  (2Fe-2S)-binding domain protein  51.28 
 
 
167 aa  174  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2250  isoquinoline 1-oxidoreductase, alpha subunit  54.55 
 
 
153 aa  173  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0922  putative oxidoreductase, iron-sulfur cluster-binding subunit  54.55 
 
 
153 aa  173  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0747581  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1007  putative oxidoreductase, iron-sulfur cluster-binding subunit  54.55 
 
 
153 aa  173  6e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.408478  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5042  (2Fe-2S)-binding domain protein  55.78 
 
 
159 aa  174  6e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179496  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5621  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  55.56 
 
 
157 aa  173  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.199065 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1831  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  58.5 
 
 
155 aa  173  9e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.672438 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3679  (2Fe-2S)-binding  56.64 
 
 
165 aa  173  9e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4529  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  55.1 
 
 
161 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0685018 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4989  (2Fe-2S)-binding domain protein  55.1 
 
 
161 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.824412 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1987  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  53.06 
 
 
155 aa  172  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4170  ferredoxin  52.32 
 
 
170 aa  171  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.373967  normal  0.177637 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0731  (2Fe-2S)-binding domain protein  51.35 
 
 
151 aa  172  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2950  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  50 
 
 
157 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0123  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  56 
 
 
155 aa  172  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.298276  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0086  isoquinoline 1-oxidoreductase, alpha subunit  53.9 
 
 
153 aa  171  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1154  isoquinoline 1-oxidoreductase, alpha subunit  53.9 
 
 
153 aa  171  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.669322  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1530  isoquinoline 1-oxidoreductase, alpha subunit  53.9 
 
 
153 aa  171  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2854  putative oxidoreductase  51.02 
 
 
155 aa  170  6.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3490  ferredoxin:(2Fe-2S)-binding protein  53.69 
 
 
153 aa  169  7.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6243  (2Fe-2S)-binding domain protein  53.38 
 
 
151 aa  170  7.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0177  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  51.32 
 
 
152 aa  169  9e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0550651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>