19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3543 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3543  hypothetical protein  100 
 
 		 243 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3000  hypothetical protein  73.56 
 
 		 211 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.117873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2983  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  54.92 
 
 		 217 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0110  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  36.84 
 
 		 244 aa  119  3.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1802  hypothetical protein  29.12 
 
 		 173 aa  70.5  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000113595  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.03 
 
 		 755 aa  52.4  0.000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00890  gluconate dehydrogenase small subunit  25 
 
 		 236 aa  45.8  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1794  hypothetical protein  24.06 
 
 		 262 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.653349  normal  0.180185 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0228  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.17 
 
 		 239 aa  44.3  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4143  hypothetical protein  24.88 
 
 		 263 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00393741  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3294  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.88 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.973305 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4223  hypothetical protein  24.88 
 
 		 263 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.15123 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1597  hypothetical protein  25.37 
 
 		 242 aa  43.5  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.247179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0086  hypothetical protein  21.86 
 
 		 248 aa  43.5  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2976  hypothetical protein  26.83 
 
 		 238 aa  43.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.522308  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3609  hypothetical protein  23.94 
 
 		 233 aa  42.7  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35300  hypothetical protein  25.37 
 
 		 238 aa  42.4  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462474  normal  0.381438 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2136  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.87 
 
 		 245 aa  42  0.008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.517564 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2504  hypothetical protein  24.2 
 
 		 273 aa  42  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>