81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5975 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5975    100 
 
 
895 bp  1774    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.100438  normal  0.316362 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4494    85.49 
 
 
234 bp  161  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.556214  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1266  transposase, IS4  78.91 
 
 
1023 bp  143  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0419  transposase, IS4 family protein  87.91 
 
 
1095 bp  93.7  8e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7153  transposase  90.32 
 
 
1110 bp  75.8  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6919  transposase  90.32 
 
 
1110 bp  75.8  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3911  transposase  90.32 
 
 
1110 bp  75.8  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.664589  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1814    90.32 
 
 
456 bp  75.8  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.628479  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5660  transposase IS4 family protein  93.48 
 
 
1098 bp  67.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.633118  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2609  hypothetical protein  87.88 
 
 
621 bp  67.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.763724  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2160  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.591575  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0096  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1380    86.96 
 
 
428 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1473  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.282239  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1498  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1653  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891331  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1692  transposase, IS4  86.96 
 
 
408 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.263222  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1821  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3654  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.258841  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3552  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2500  transposase, IS4  86.96 
 
 
726 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2596  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3113  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3140  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3290  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3391  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.401653  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3414  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3440  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0308754  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1095  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1197  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1177  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1090  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0980  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0723  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.619399  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0307  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0227  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0751226  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0050  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1135  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.064838  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1312  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1514  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.332926  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1517  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1956  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.725664  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0701  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0512  transposase, IS4  86.96 
 
 
1110 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.692808  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0246  transposase, IS4  86.96 
 
 
726 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261546  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0014  transposase, IS4  86.96 
 
 
726 bp  65.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0462942  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2964  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.223724  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2810  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2687  prophage LambdaMc01, ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.765288  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2556  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.186429  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2511  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.229212  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2178  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1580  ISMca1, transposase  95.12 
 
 
1101 bp  65.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0222  transposase IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0686  transposase IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.278758  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1336    93.02 
 
 
3842 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1337  transposase IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2015  transposase IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3918  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3703  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.757011  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3613  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3410  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3331  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.343471  normal  0.0435671 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2866  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.953499  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2105  transposase, IS4  91.49 
 
 
1101 bp  61.9  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2168  transposase, IS4  91.49 
 
 
1101 bp  61.9  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.238923  normal  0.543726 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0089  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0576  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78227  normal  0.0868679 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0754  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0806  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1230  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.678836  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1431  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.771105 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1519  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1871  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.85058  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1916  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.176419  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2122  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.973511  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2685  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235088  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3184  transposase, IS4 family protein  93.02 
 
 
1089 bp  61.9  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3903  hypothetical protein  85.9 
 
 
297 bp  60  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.762031  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2291    93.94 
 
 
478 bp  50.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4713    93.75 
 
 
1102 bp  48.1  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0412243  normal  0.806779 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>