27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3815 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3815  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 201 aa  402  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2514  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  62.29 
 
 		 207 aa  230  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.377652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4858  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  56.25 
 
 		 205 aa  224  5.0000000000000005e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3710  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  41.86 
 
 		 189 aa  129  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.74701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1449  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  44.74 
 
 		 182 aa  129  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.415474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1590  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  42.29 
 
 		 179 aa  121  9e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.84 
 
 		 174 aa  64.3  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3318  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.25 
 
 		 175 aa  52  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00300706  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1732  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.93 
 
 		 155 aa  49.3  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00171017  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3117  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.03 
 
 		 184 aa  48.5  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.573948  hitchhiker  0.000638451 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1289  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.25 
 
 		 187 aa  47.8  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.895715 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1646  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.53 
 
 		 186 aa  46.6  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1833  putative TRAP transporter  25.84 
 
 		 188 aa  47  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.860518 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1068  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.84 
 
 		 177 aa  46.6  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.261575  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3705  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.83 
 
 		 165 aa  46.2  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.914236 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.66 
 
 		 164 aa  44.7  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2862  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.37 
 
 		 183 aa  43.5  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.779712  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.81 
 
 		 151 aa  43.9  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2907  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 166 aa  43.9  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00582886  normal  0.053927 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1794  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30 
 
 		 175 aa  43.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1723  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.01 
 
 		 164 aa  43.9  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0475394  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0485  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  26.88 
 
 		 181 aa  42.7  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.598438  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.53 
 
 		 170 aa  42.4  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0560  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  26.43 
 
 		 625 aa  42.4  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.582105 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0822  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  28.57 
 
 		 628 aa  41.6  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1823  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.01 
 
 		 224 aa  42  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000404138  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2137  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.81 
 
 		 181 aa  41.6  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103028  normal  0.59177 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>