60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4858 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4858  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 205 aa  409  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2514  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  63.48 
 
 		 207 aa  226  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.377652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3815  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  56.25 
 
 		 201 aa  210  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1449  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  44.37 
 
 		 182 aa  133  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.415474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1590  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  40.11 
 
 		 179 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3710  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  39.31 
 
 		 189 aa  123  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.74701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.68 
 
 		 174 aa  60.1  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2136  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.53 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.35 
 
 		 151 aa  54.7  0.0000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.97 
 
 		 192 aa  52.4  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3385  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  37.23 
 
 		 186 aa  50.1  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1068  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.61 
 
 		 177 aa  49.7  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.261575  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2559  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.93 
 
 		 152 aa  49.3  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000186717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3949  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  38.55 
 
 		 157 aa  49.3  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3994  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  38.55 
 
 		 157 aa  49.3  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3869  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  38.55 
 
 		 157 aa  49.3  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3885  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  38.55 
 
 		 157 aa  49.3  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4056  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  38.55 
 
 		 157 aa  49.3  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.202302  normal  0.682013 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1289  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.89 
 
 		 187 aa  49.3  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.895715 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4074  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  37.04 
 
 		 157 aa  48.5  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3945  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  37.04 
 
 		 157 aa  48.5  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3900  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  37.04 
 
 		 157 aa  48.5  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0133  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  37.04 
 
 		 157 aa  48.5  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03380  hypothetical protein  37.04 
 
 		 157 aa  48.5  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3781  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  37.04 
 
 		 157 aa  48.5  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3705  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.79 
 
 		 165 aa  48.9  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.914236 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03429  predicted transporter  37.04 
 
 		 157 aa  48.5  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3247  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.02 
 
 		 174 aa  47  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.178122  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1382  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  21.02 
 
 		 183 aa  46.6  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000585397  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1646  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.57 
 
 		 186 aa  47  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1575  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.14 
 
 		 222 aa  46.6  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1723  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.1 
 
 		 164 aa  46.2  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0475394  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3318  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35 
 
 		 175 aa  45.1  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00300706  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1090  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  34.15 
 
 		 165 aa  45.1  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0890905  normal  0.431557 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  39.24 
 
 		 164 aa  44.3  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  35.11 
 
 		 241 aa  44.7  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0709  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  23.77 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5227  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.78 
 
 		 195 aa  44.7  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.11 
 
 		 241 aa  44.7  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3869  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.63 
 
 		 171 aa  44.3  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.499764  normal  0.600837 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4431  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.66 
 
 		 180 aa  44.7  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486198  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.9 
 
 		 230 aa  43.5  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1833  putative TRAP transporter  24.5 
 
 		 188 aa  43.5  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.860518 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2862  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.57 
 
 		 183 aa  43.5  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.779712  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  34.52 
 
 		 187 aa  43.1  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  26.13 
 
 		 224 aa  43.1  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0539  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  22.95 
 
 		 207 aa  43.1  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.92 
 
 		 170 aa  42.7  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3680  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30 
 
 		 192 aa  43.1  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340738  normal  0.343344 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3687  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.68 
 
 		 195 aa  42.7  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.22509 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2497  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.12 
 
 		 168 aa  42.7  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1686  TRAP transporter DctQ-like membrane protein  27.12 
 
 		 168 aa  42.7  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00716632  normal  0.0339689 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2400  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  27.12 
 
 		 168 aa  42.7  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000887899  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1470  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.74 
 
 		 187 aa  42.7  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.355581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1549  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component-like  32.93 
 
 		 174 aa  42  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.170274  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3644  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  40.91 
 
 		 620 aa  42  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.173742 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3446  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.15 
 
 		 171 aa  42  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.82702  normal  0.0799989 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0439  TRAP dicarboxylate transporter, fused DctM (12TM) and DctQ (4TM) subunits  35.05 
 
 		 628 aa  41.6  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5945  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.77 
 
 		 195 aa  41.6  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0274895  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1732  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  40.54 
 
 		 155 aa  41.6  0.009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00171017  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>