49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3944 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3944  PilT protein  100 
 
 		 123 aa  251  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00101332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1445  PilT protein-like  76.23 
 
 		 133 aa  191  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4620  PilT protein domain protein  72.13 
 
 		 134 aa  184  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1171  PilT domain-containing protein  47.66 
 
 		 131 aa  88.6  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6313  PilT protein domain protein  41.8 
 
 		 128 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0313  PilT protein domain protein  42.5 
 
 		 129 aa  85.9  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.179857 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4577  PilT protein-like  39.02 
 
 		 128 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10620  hypothetical protein  44.44 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00795839  normal  0.407097 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02550  hypothetical protein  34.62 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22620  hypothetical protein  34.21 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0633  PilT domain-containing protein  37.39 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4476  PilT domain-containing protein  37.61 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.187501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8285  PilT protein domain protein  35.77 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.394847  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12772  hypothetical protein  33.06 
 
 		 131 aa  60.1  0.000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10635  hypothetical protein  37.4 
 
 		 131 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000236971  normal  0.294663 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4793  PilT domain-containing protein  29.82 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0079864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3454  PilT domain-containing protein  33.61 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2424  PilT protein domain protein  40.68 
 
 		 132 aa  57.4  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.108034 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4819  PilT domain-containing protein  35.65 
 
 		 128 aa  57  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1344  PilT protein-like  37.7 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12013  hypothetical protein  34.45 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4797  PilT domain-containing protein  37.5 
 
 		 128 aa  55.1  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.165987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1130  PilT domain-containing protein  33.33 
 
 		 133 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.276422 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3708  PilT domain-containing protein  25.2 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.122475 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0004  PilT domain-containing protein  33.98 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.162666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3268  PilT domain-containing protein  33.64 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.207381  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3511  PilT domain-containing protein  33.64 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.729818  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4706  PilT domain-containing protein  32.46 
 
 		 127 aa  52.4  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.2127  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0221  PilT domain-containing protein  32.46 
 
 		 126 aa  51.6  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0052  PilT protein domain protein  38.71 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0945  PilT domain-containing protein  34.55 
 
 		 130 aa  51.2  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5554  PilT protein domain protein  31.58 
 
 		 133 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.49737  normal  0.0291692 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2859  PilT domain-containing protein  38.37 
 
 		 136 aa  50.4  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.528221 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0702  PilT protein domain protein  32.73 
 
 		 137 aa  50.1  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1871  PilT domain-containing protein  32.79 
 
 		 131 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.520995  normal  0.175197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1406  PilT protein domain protein  29.51 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.116397 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0291  hypothetical protein  28.07 
 
 		 131 aa  48.9  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4668  PilT domain-containing protein  33.03 
 
 		 130 aa  48.1  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.52306 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5903  PilT domain-containing protein  31.36 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5502  PilT protein-like protein  31.36 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.835237 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4717  PilT domain-containing protein  33.91 
 
 		 134 aa  47.4  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9882  hypothetical protein  31.15 
 
 		 144 aa  47  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3171  PilT domain-containing protein  29.82 
 
 		 127 aa  46.2  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.231716  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0705  PilT protein domain protein  32.48 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.274401  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0736  PilT domain-containing protein  28.85 
 
 		 126 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.395482  normal  0.855639 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1379  PilT protein domain protein  29.81 
 
 		 133 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.293782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2603  PilT protein domain protein  31.53 
 
 		 127 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0526832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4432  hypothetical protein  40.32 
 
 		 87 aa  41.2  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.818322  normal  0.675394 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4325  PilT protein-like  28.35 
 
 		 134 aa  40.4  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.287543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>