12 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3056 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3056  alpha-2 type XI collagen  100 
 
 		 165 aa  325  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.245138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3800  hypothetical protein  38.67 
 
 		 173 aa  82  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.472138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5139  hypothetical protein  38.16 
 
 		 173 aa  65.1  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.977257 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2137  putative transmembrane protein  36.75 
 
 		 170 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00280947 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2889  hypothetical protein  39.22 
 
 		 181 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0074  hypothetical protein  31.08 
 
 		 159 aa  55.5  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.863966  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4533  hypothetical protein  35.58 
 
 		 165 aa  52.4  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.129236 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02704  hypothetical protein  32.52 
 
 		 222 aa  47.4  0.00009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.55674  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1105  hypothetical protein  25.85 
 
 		 162 aa  45.1  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2814  hypothetical protein  27.52 
 
 		 168 aa  44.7  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2769  hypothetical protein  24.1 
 
 		 161 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2915  hypothetical protein  25 
 
 		 161 aa  42  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>