More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4342 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007959  Nham_4342  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  100 
 
 
211 aa  415  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1978  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  93.36 
 
 
211 aa  389  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1018  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  47.83 
 
 
210 aa  207  6e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.026532  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3192  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  47.6 
 
 
212 aa  200  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.164704  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0869  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  50.75 
 
 
211 aa  189  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2641  partition protein A  49.28 
 
 
212 aa  186  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1378  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  49.31 
 
 
211 aa  180  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.626674  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1680  hypothetical protein  49.31 
 
 
211 aa  180  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.679008  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0912  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  43.75 
 
 
216 aa  178  4.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3162  cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.38 
 
 
220 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00230734  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0005  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.38 
 
 
220 aa  139  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.22447  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3106  cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.38 
 
 
220 aa  139  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0528663  normal  0.2717 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5166  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.38 
 
 
220 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0700383  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4965  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.38 
 
 
220 aa  139  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00136484  normal  0.0483269 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.38 
 
 
220 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0144325  hitchhiker  0.00132675 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4543  cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.38 
 
 
220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000340311  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0183  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  39.07 
 
 
221 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.150447  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0129  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  39.42 
 
 
217 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2371  ParA family protein  36.45 
 
 
220 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00259605  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4151  cobyrinic acid ac-diamide synthase  38.32 
 
 
220 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.672437  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7011  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.92 
 
 
220 aa  134  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179321  hitchhiker  0.00594496 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3028  putative partition protein ParA  36.92 
 
 
220 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3289  ParA family protein  35.98 
 
 
220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000336314  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2114  ParA family protein  35.98 
 
 
220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0579771  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1422  ParA family protein  35.98 
 
 
220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000341933  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5343  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.85 
 
 
219 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1503  ParA family protein  35.98 
 
 
220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000197714  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1143  ParA family protein  35.98 
 
 
220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000661225  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3176  CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide-binding domain-containing protein  35.98 
 
 
220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00741579  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2409  CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide-binding domain-containing protein  35.98 
 
 
220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0281887  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5819  plasmid partitioning ATPase  37.85 
 
 
218 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0003  partition protein  37.09 
 
 
222 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000179256  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3896  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.09 
 
 
222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3783  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.09 
 
 
222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0208258  normal  0.232472 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2341  ParA family protein  34.91 
 
 
207 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4996  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.68 
 
 
209 aa  105  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16647  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3861  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.07 
 
 
214 aa  105  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5082  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.63 
 
 
227 aa  104  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.161986 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6457  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.47 
 
 
222 aa  102  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.839742 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1986  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.55 
 
 
212 aa  102  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399731  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4014  cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.76 
 
 
217 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.132805 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6193  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.77 
 
 
231 aa  99.8  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7737  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.77 
 
 
231 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6670  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.77 
 
 
231 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6160  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.58 
 
 
231 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.135361 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5826  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.77 
 
 
231 aa  99.8  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493371  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1508  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.13 
 
 
232 aa  99.8  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.11595  normal  0.281598 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5173  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.13 
 
 
232 aa  99.8  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0876458  normal 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4980  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.17 
 
 
209 aa  99.8  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.618219  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2485  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.9 
 
 
211 aa  99.4  3e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.833437 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5758  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.77 
 
 
231 aa  99  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.713323  normal  0.732786 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6002  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.77 
 
 
231 aa  99  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.743833 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2510  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.6 
 
 
207 aa  99  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.746062 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0457  cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.85 
 
 
212 aa  98.2  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.16 
 
 
217 aa  98.2  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0758055  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1203  cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.16 
 
 
217 aa  98.2  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2605  putative partition protein  36.02 
 
 
212 aa  97.8  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.331091  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0759  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.55 
 
 
212 aa  97.8  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.634853 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3433  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.49 
 
 
212 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1879  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.49 
 
 
212 aa  96.7  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3077  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.9 
 
 
217 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7732  putative plasmid partition protein  35.87 
 
 
220 aa  96.7  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2655  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.02 
 
 
212 aa  96.3  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.673188  normal  0.276632 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1264  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.07 
 
 
212 aa  96.3  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3185  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.96 
 
 
217 aa  96.3  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352981  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0014  ParaA family ATPase  36.15 
 
 
209 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.308628  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1486  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.02 
 
 
212 aa  95.9  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2336  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.7 
 
 
217 aa  95.9  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.759981  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0582  cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.63 
 
 
217 aa  95.9  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.11868  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2720  cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.49 
 
 
212 aa  95.5  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.757961  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2799  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.69 
 
 
212 aa  95.5  5e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.392004  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3023  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.49 
 
 
212 aa  95.5  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110709 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1289  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.55 
 
 
212 aa  95.5  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2932  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.49 
 
 
212 aa  95.1  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178089  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4167  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.6 
 
 
212 aa  95.1  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3730  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.55 
 
 
212 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2868  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.86 
 
 
212 aa  94.4  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0223269 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0687  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.07 
 
 
212 aa  94.4  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3818  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.53 
 
 
212 aa  94.4  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.772437  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1276  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.54 
 
 
223 aa  94  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0125  plasmid partition protein ParF  30.33 
 
 
206 aa  94  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.369409  normal  0.733147 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1305  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.54 
 
 
223 aa  94  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.153977  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1255  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.98 
 
 
212 aa  94.4  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.139665 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0522  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.15 
 
 
212 aa  94  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3524  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.51 
 
 
212 aa  94  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2621  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.02 
 
 
212 aa  94  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31100  putative plasmid partitioning protein  36.02 
 
 
212 aa  94  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139072  unclonable  1.33471e-22 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3315  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.73 
 
 
223 aa  94  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35970  ATPase, ParA type  35.55 
 
 
212 aa  92.8  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3304  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.86 
 
 
223 aa  92.8  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.740315  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7432  putative partition protein  34.13 
 
 
212 aa  91.7  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.529714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3014  cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.23 
 
 
217 aa  92  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1550  putative partition-related protein  34.55 
 
 
212 aa  90.5  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131235 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1875  ParA-like protein  34.55 
 
 
212 aa  90.5  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1526  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.39 
 
 
212 aa  89.7  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1536  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.81 
 
 
210 aa  89  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.116113  normal  0.228673 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0709  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.21 
 
 
217 aa  85.9  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2330  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.95 
 
 
212 aa  85.9  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2216  hypothetical protein  34.11 
 
 
211 aa  85.5  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4776  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.29 
 
 
209 aa  85.5  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.74468  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>