173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2013 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2013  urease, gamma subunit  100 
 
 		 100 aa  199  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3056  urease subunit gamma  82 
 
 		 100 aa  170  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.23215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3312  urease subunit gamma  82 
 
 		 100 aa  170  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2681  urease, gamma subunit  85 
 
 		 100 aa  169  9e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.399817  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1025  urease, gamma subunit  82 
 
 		 100 aa  168  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.452528 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2388  urease subunit gamma  81 
 
 		 100 aa  168  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.989941  normal  0.233519 
 
 
-
 
NC_004310  BR0268  urease subunit gamma  82 
 
 		 100 aa  167  4e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0282  urease subunit gamma  82 
 
 		 100 aa  167  5e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113858  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3485  urease subunit gamma  80 
 
 		 100 aa  167  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0332  urease subunit gamma  82 
 
 		 100 aa  166  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.474292  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4185  urease subunit gamma  81 
 
 		 100 aa  166  8e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3307  urease, gamma subunit  82 
 
 		 206 aa  166  9e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0704884  normal  0.481457 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1800  urease subunit gamma  79 
 
 		 100 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.271905 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3504  urease subunit gamma  75 
 
 		 100 aa  161  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.94879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1706  urease, gamma subunit  76 
 
 		 100 aa  159  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513247 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0387  urease subunit gamma  78 
 
 		 100 aa  157  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2369  urease subunit gamma  75 
 
 		 100 aa  156  9e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.437343 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3696  urease, gamma subunit  75 
 
 		 100 aa  156  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0985  urease subunit gamma  75 
 
 		 100 aa  156  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.187458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3208  urease, gamma subunit  79 
 
 		 206 aa  154  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1745  urease, gamma subunit  73 
 
 		 100 aa  154  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.430274  normal  0.727576 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0309  urease subunit gamma  74 
 
 		 100 aa  153  8e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.510674  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2863  urease, gamma subunit  77 
 
 		 206 aa  153  8e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.428533  normal  0.126627 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1954  urease subunit gamma  74 
 
 		 100 aa  153  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0398  urease, gamma subunit  78 
 
 		 206 aa  152  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3019  urease, gamma subunit  78 
 
 		 206 aa  152  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0792777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3244  urease, gamma subunit  78 
 
 		 206 aa  152  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.502966 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4155  urease, gamma subunit  76 
 
 		 206 aa  151  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.877974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1211  urease, gamma subunit  73 
 
 		 103 aa  150  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2213  urease, gamma subunit  77 
 
 		 206 aa  149  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0025871 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2773  urease, gamma subunit  70 
 
 		 101 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64350  urease subunit gamma  70.71 
 
 		 100 aa  143  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.17742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5586  urease subunit gamma  70.71 
 
 		 100 aa  143  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.240856  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0695  urease subunit gamma  69.7 
 
 		 100 aa  142  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4432  urease subunit gamma  68.69 
 
 		 100 aa  142  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.988903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3464  urease subunit gamma  70.71 
 
 		 100 aa  142  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000536162  normal  0.177811 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4224  urease, gamma subunit  69 
 
 		 100 aa  141  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0781796  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0584  urease subunit gamma  68.69 
 
 		 100 aa  141  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0508  urease, gamma subunit  70.71 
 
 		 100 aa  141  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4891  urease, gamma subunit  67.68 
 
 		 100 aa  140  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0958  urease subunit gamma  70.71 
 
 		 100 aa  140  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215977  normal  0.0675214 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0992  urease subunit gamma  69.7 
 
 		 100 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214684  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09900  urease subunit gamma  65.66 
 
 		 100 aa  138  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.587773  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1196  urease, gamma subunit  66.67 
 
 		 100 aa  137  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433818  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1079  urease, gamma subunit  67.68 
 
 		 100 aa  137  3.9999999999999997e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3621  urease subunit gamma  65 
 
 		 100 aa  137  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.706201 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1769  urease subunit gamma  68.69 
 
 		 100 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1352  urease subunit gamma  68.69 
 
 		 100 aa  137  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2035  urease subunit gamma  67.68 
 
 		 100 aa  137  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.16208  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29791  urease subunit gamma  63 
 
 		 100 aa  137  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0669  urease  68.69 
 
 		 100 aa  137  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.161058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0182  urease subunit gamma  67 
 
 		 100 aa  137  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4240  urease subunit gamma  68.69 
 
 		 100 aa  136  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2255  urease subunit gamma  62 
 
 		 100 aa  135  1e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4411  urease, gamma subunit  65 
 
 		 112 aa  135  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2307  urease, gamma subunit  67.68 
 
 		 100 aa  135  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08931  urease subunit gamma  60 
 
 		 100 aa  135  2e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.132639  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08911  urease subunit gamma  61 
 
 		 100 aa  135  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.81237  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0390  urease subunit gamma  64 
 
 		 100 aa  135  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00887  urease subunit gamma  63.64 
 
 		 100 aa  135  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2992  urease subunit gamma  63.64 
 
 		 100 aa  134  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2271  urease subunit gamma  63 
 
 		 100 aa  134  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.178249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1864  urease subunit gamma  66.67 
 
 		 100 aa  134  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.846387  normal  0.436059 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2187  urease subunit gamma  66.67 
 
 		 100 aa  134  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0696523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7012  urease gamma subunit  74.42 
 
 		 86 aa  134  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451916  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0954  urease subunit gamma  66 
 
 		 100 aa  134  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2625  urease subunit gamma  62 
 
 		 100 aa  134  4e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.7363  normal  0.529146 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0746  urease, gamma subunit  61.62 
 
 		 108 aa  134  4e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3937  urease subunit gamma  68.69 
 
 		 100 aa  134  5e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0323  urease subunit gamma  61 
 
 		 100 aa  134  6.0000000000000005e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000292656  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0834  urease subunit gamma  59 
 
 		 100 aa  133  8e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1185  urease, gamma subunit  67.68 
 
 		 100 aa  132  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0977  urease subunit gamma  65.66 
 
 		 100 aa  133  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1729  urease, gamma subunit  64.65 
 
 		 100 aa  132  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19241  urease subunit gamma  64 
 
 		 100 aa  132  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.473665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1321  urease subunit gamma  70.71 
 
 		 100 aa  132  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1053  urease subunit gamma  63.64 
 
 		 100 aa  131  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2882  urease  65.66 
 
 		 100 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3399  urease subunit gamma  65.66 
 
 		 100 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.279985  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3526  urease, gamma subunit  66.67 
 
 		 100 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.37751  normal  0.241646 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2443  urease, gamma subunit  66.67 
 
 		 100 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.972396  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3664  urease, gamma subunit  63 
 
 		 100 aa  131  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1239  urease, gamma subunit  65.66 
 
 		 100 aa  131  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3084  urease subunit gamma  63.64 
 
 		 100 aa  130  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.901362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2258  urease subunit gamma  64.65 
 
 		 100 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.551581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2488  urease subunit gamma  64.65 
 
 		 100 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1429  urease, gamma subunit region  63.64 
 
 		 100 aa  130  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3692  urease subunit gamma  63.64 
 
 		 100 aa  130  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.557003 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0241  urease subunit gamma  61 
 
 		 100 aa  130  6.999999999999999e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2454  urease, gamma subunit  63 
 
 		 100 aa  130  6.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0930  urease subunit gamma  63.64 
 
 		 100 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2182  urease subunit gamma  63.64 
 
 		 100 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.901072  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4008  urease subunit gamma  63.64 
 
 		 100 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.721691  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1498  urease subunit gamma  62.63 
 
 		 100 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.791581  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0781  urease subunit gamma  63.64 
 
 		 100 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0902  urease subunit gamma  63.64 
 
 		 100 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0872  urease subunit gamma  62.63 
 
 		 100 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0725  urease subunit gamma  63.64 
 
 		 100 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2415  urease subunit gamma  70.71 
 
 		 100 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0792  urease subunit gamma  63.64 
 
 		 100 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>