74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1388 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_1388  Ribulose-bisphosphate carboxylase  100 
 
 		 110 aa  235  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1690  ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit  99.09 
 
 		 110 aa  233  7e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3202  Ribulose-bisphosphate carboxylase  67.27 
 
 		 110 aa  169  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0716694  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2744  ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit  62.61 
 
 		 118 aa  166  9e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0120  Ribulose-bisphosphate carboxylase  62.73 
 
 		 112 aa  164  2.9999999999999998e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.655926  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1045  ribulose-bisphosphate carboxylase  60 
 
 		 119 aa  159  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.497714  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1500  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  59.48 
 
 		 118 aa  157  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149089  normal  0.0217112 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2661  Ribulose-bisphosphate carboxylase  56.03 
 
 		 118 aa  155  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3052  ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit  56.03 
 
 		 118 aa  155  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2837  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  60 
 
 		 118 aa  154  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2623  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  56.03 
 
 		 118 aa  153  7e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0921  Ribulose-bisphosphate carboxylase  61.47 
 
 		 110 aa  152  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4333  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  65.09 
 
 		 108 aa  151  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1986  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  63.89 
 
 		 108 aa  150  8e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2642  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  57.27 
 
 		 113 aa  149  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0859  Ribulose-bisphosphate carboxylase  60 
 
 		 110 aa  148  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0428  ribulose-bisphosphate carboxylase  58.93 
 
 		 116 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4064  hypothetical protein  58.04 
 
 		 117 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.273797 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1548  ribulose-bisphosphate carboxylase  58.04 
 
 		 120 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.325289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0551  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  55.05 
 
 		 113 aa  139  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05771  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  54.13 
 
 		 113 aa  139  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06071  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  55.05 
 
 		 113 aa  139  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06151  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  55.05 
 
 		 113 aa  139  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08091  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  53.21 
 
 		 113 aa  136  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1880  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  52.29 
 
 		 113 aa  136  8.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06051  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  52.29 
 
 		 113 aa  136  8.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.420174 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05531  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  52.29 
 
 		 113 aa  135  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0753  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  51.38 
 
 		 113 aa  135  2e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1613  ribulose-bisphosphate carboxylase  51.38 
 
 		 113 aa  135  3.0000000000000003e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.00704522  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0839  ribulose-bisphosphate carboxylase  50.91 
 
 		 114 aa  131  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1604  Ribulose-bisphosphate carboxylase  43.16 
 
 		 111 aa  100  8e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1630  Ribulose-bisphosphate carboxylase  43.16 
 
 		 111 aa  100  8e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.657757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3420  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.24 
 
 		 114 aa  95.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.701353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4408  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  37.89 
 
 		 111 aa  94  6e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2151  ribulose-bisphosphate carboxylase  37.11 
 
 		 109 aa  93.6  7e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3905  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  36.08 
 
 		 109 aa  93.6  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1365  Ribulose-bisphosphate carboxylase  37.11 
 
 		 111 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28400  predicted protein  38.26 
 
 		 169 aa  89.7  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_89572  predicted protein  38.26 
 
 		 177 aa  89  2e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_42060  predicted protein  38.26 
 
 		 134 aa  88.2  3e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1427  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  38.14 
 
 		 111 aa  86.7  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2783  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  34.41 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0825  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.38 
 
 		 142 aa  73.6  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1656  Ribulose-bisphosphate carboxylase  36.46 
 
 		 141 aa  72.8  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.892642  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1196  Ribulose-bisphosphate carboxylase  35.05 
 
 		 139 aa  70.5  0.000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0126915 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2452  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  33.33 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.208776 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1917  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.57 
 
 		 133 aa  70.1  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3254  hypothetical protein  33.33 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.792677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3750  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.63 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.516421  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4050  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  32.63 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.184894  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2928  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  31.63 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.738277 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0452  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  32.29 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.101113 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1700  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.58 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.211216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2711  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.9 
 
 		 129 aa  67  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.871841 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3925  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.58 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3721  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.29 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.174277  hitchhiker  0.00159436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1328  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.63 
 
 		 141 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292967  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6496  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.25 
 
 		 153 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0949292 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3031  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.21 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00369649  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3963  ribulose-bisphosphate carboxylase form I small subunit CbbS  32.1 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.946832  normal  0.145811 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1748  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.1 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2940  ribulose-bisphosphate carboxylase  28.42 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1281  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  28.42 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.580875  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0685  ribulose-bisphosphate carboxylase  26.8 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.290426  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0332  ribulose-bisphosphate carboxylase  26.8 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000025723  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6396  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  28.42 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0957132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1479  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  29.47 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.537433 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1862  carbonate dehydratase  40.91 
 
 		 552 aa  48.9  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.512714  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1423  carbonate dehydratase  35.62 
 
 		 539 aa  45.4  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0536708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1624  Carbonate dehydratase  34.78 
 
 		 666 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1599  Carbonate dehydratase  34.78 
 
 		 666 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1615  Carbonate dehydratase  38.46 
 
 		 650 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4469  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  38.46 
 
 		 556 aa  41.2  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.97747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3849  carbonate dehydratase  32.05 
 
 		 672 aa  40.8  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.226074  normal  0.037707 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>