69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2642 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2642  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  100 
 
 		 113 aa  238  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2623  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  63.48 
 
 		 118 aa  163  5.9999999999999996e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2837  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  59.32 
 
 		 118 aa  155  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2661  Ribulose-bisphosphate carboxylase  55.65 
 
 		 118 aa  152  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3052  ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit  55.65 
 
 		 118 aa  152  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1690  ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit  58.18 
 
 		 110 aa  152  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0120  Ribulose-bisphosphate carboxylase  58.93 
 
 		 112 aa  149  1e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.655926  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1388  Ribulose-bisphosphate carboxylase  57.27 
 
 		 110 aa  149  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2744  ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit  53.91 
 
 		 118 aa  149  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1045  ribulose-bisphosphate carboxylase  57.39 
 
 		 119 aa  148  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.497714  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1500  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  54.78 
 
 		 118 aa  148  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149089  normal  0.0217112 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4064  hypothetical protein  58.25 
 
 		 117 aa  147  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.273797 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3202  Ribulose-bisphosphate carboxylase  56.36 
 
 		 110 aa  144  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0716694  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4333  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  60 
 
 		 108 aa  143  6e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1548  ribulose-bisphosphate carboxylase  59.6 
 
 		 120 aa  140  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.325289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0859  Ribulose-bisphosphate carboxylase  56.36 
 
 		 110 aa  140  7e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0428  ribulose-bisphosphate carboxylase  57 
 
 		 116 aa  139  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08091  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  57.29 
 
 		 113 aa  137  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1986  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  57.14 
 
 		 108 aa  137  7e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06051  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  56.25 
 
 		 113 aa  136  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.420174 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1880  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  56.25 
 
 		 113 aa  136  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0551  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  57.29 
 
 		 113 aa  135  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06071  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  57.29 
 
 		 113 aa  135  1e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06151  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  57.29 
 
 		 113 aa  135  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05531  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  56.25 
 
 		 113 aa  135  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05771  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  57.29 
 
 		 113 aa  134  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0921  Ribulose-bisphosphate carboxylase  52.25 
 
 		 110 aa  133  7.000000000000001e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0753  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  53.12 
 
 		 113 aa  132  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1613  ribulose-bisphosphate carboxylase  53.12 
 
 		 113 aa  132  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.00704522  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0839  ribulose-bisphosphate carboxylase  51.02 
 
 		 114 aa  120  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3905  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  43.56 
 
 		 109 aa  107  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4408  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  40.78 
 
 		 111 aa  100  5e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1604  Ribulose-bisphosphate carboxylase  40.78 
 
 		 111 aa  99.8  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1630  Ribulose-bisphosphate carboxylase  40.78 
 
 		 111 aa  99.8  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.657757  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2151  ribulose-bisphosphate carboxylase  39.6 
 
 		 109 aa  98.6  3e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1365  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.35 
 
 		 111 aa  94.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3420  Ribulose-bisphosphate carboxylase  38.46 
 
 		 114 aa  92  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.701353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1427  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  39.39 
 
 		 111 aa  88.2  4e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_89572  predicted protein  29.27 
 
 		 177 aa  83.6  8e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28400  predicted protein  29.82 
 
 		 169 aa  81.3  0.000000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_42060  predicted protein  29.91 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2452  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  33.33 
 
 		 142 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.208776 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1917  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.29 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1656  Ribulose-bisphosphate carboxylase  35.42 
 
 		 141 aa  71.2  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.892642  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2928  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  34.38 
 
 		 141 aa  70.9  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.738277 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1196  Ribulose-bisphosphate carboxylase  35.05 
 
 		 139 aa  70.5  0.000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0126915 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3254  hypothetical protein  31.63 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.792677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2940  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.47 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1281  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  29.47 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.580875  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0825  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.29 
 
 		 142 aa  68.2  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2711  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.47 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.871841 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3925  ribulose-bisphosphate carboxylase  28.42 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6496  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.25 
 
 		 153 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0949292 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3750  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.58 
 
 		 141 aa  65.5  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.516421  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4050  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  31.58 
 
 		 141 aa  65.5  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.184894  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0452  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  31.25 
 
 		 139 aa  65.1  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.101113 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1700  ribulose-bisphosphate carboxylase  28.42 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.211216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3031  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.57 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00369649  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0685  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.47 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.290426  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2783  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  25.74 
 
 		 139 aa  61.2  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6396  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  30.21 
 
 		 139 aa  60.8  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0957132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3721  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.17 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.174277  hitchhiker  0.00159436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1328  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.47 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292967  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0332  ribulose-bisphosphate carboxylase  26.32 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000025723  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1748  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.12 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3963  ribulose-bisphosphate carboxylase form I small subunit CbbS  27.08 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.946832  normal  0.145811 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1479  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  26.8 
 
 		 147 aa  52.8  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.537433 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1624  Carbonate dehydratase  33.33 
 
 		 666 aa  40.8  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1599  Carbonate dehydratase  33.33 
 
 		 666 aa  40.8  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>