54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1384 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1384  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0550643 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0007  tRNA-Cys  98.59 
 
 		 71 bp  133  6e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000892535  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0034  tRNA-Cys  90.2 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000888056 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0036  tRNA-Cys  90.2 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.381254  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0035  tRNA-Cys  90.2 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0037  tRNA-Cys  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.489649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0037  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348473  normal  0.348376 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0038  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.292986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0038  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0048  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0059965  normal  0.349002 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1776  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00638418  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2825  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2765  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0332395  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2828  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0221727  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2453  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.287104  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0036  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.423302  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Cys-2  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0528288  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0038  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0035978  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0022  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230202  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2880  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0046  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0953188  normal  0.971333 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0055  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1743  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0319496  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0042  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.532077  normal  0.0630788 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15500  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0031  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.931849  normal  0.0536152 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0029  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980526 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10760  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0456446  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13880  tRNA-Cys  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0819816  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0046  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16740  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.186273  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0018  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0023  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.125865  normal  0.298031 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0030  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000324699 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0024  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500819  normal  0.307833 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16770  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.196388  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0035  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0037171  hitchhiker  0.000312186 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1123  tRNA-Cys  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.416759  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1386  tRNA-Cys  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1473  tRNA-Cys  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0135539  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0453  tRNA-Cys  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0341701  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0176  tRNA-Cys  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370505  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  96.15 
 
 		 462 bp  44.1  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2614  tRNA-Cys  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0276643  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0031  tRNA-Cys  100 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0689793  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>