82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BMASAVP1_0176 on replicon NC_008784
Organism: Burkholderia mallei SAVP1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009078  BURPS1106A_A1386  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1473  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0135539  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0689793  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1123  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.416759  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0453  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0341701  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0176  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370505  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2614  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0276643  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0038  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0048  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0059965  normal  0.349002 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0036  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.423302  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0038  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0035978  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0038  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.292986  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0037  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348473  normal  0.348376 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0022  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230202  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0055  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117277  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0046  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0046  tRNA-Cys  92.96 
 
 
71 bp  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0953188  normal  0.971333 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2765  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0332395  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1776  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00638418  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2828  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0221727  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2453  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.287104  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2880  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1743  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0319496  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Cys-2  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0528288  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2825  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0037  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.489649  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0060  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0916033  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0012  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.245718  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0038  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0020  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.26604  normal  0.28588 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0057  tRNA-Cys  85.92 
 
 
71 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.680669  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0019  tRNA-Cys  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.644685  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0016  tRNA-Cys  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.47627  normal  0.431701 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0024  tRNA-Cys  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.85349  decreased coverage  0.000572692 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  92.68 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  92.68 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0041  tRNA-Cys  86.67 
 
 
74 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0024  tRNA-Cys  83.78 
 
 
74 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0096  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00280984  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0099  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00219559  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0094  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242696  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0090  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0087  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0068  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000111443  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t042  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0101  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00407806  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0103  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00197165  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0070  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000013606  normal  0.202636 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0078  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0197112  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0051  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.046905  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0053  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.046905  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0057  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.118539  normal  0.121245 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t063  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000070127  hitchhiker  0.00000000885042 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0058  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.392765  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t034  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0086  tRNA-Sec  100 
 
 
96 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.622945 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0056  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.432315  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0065  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000190442  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0083  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000521603  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0093  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000115835  hitchhiker  0.00000126474 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0083  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000198028  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0097  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00055295  hitchhiker  0.00188437 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0071  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0114475  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0090  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00230411  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0080  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000246163  normal  0.0500468 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0062  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000588832  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0060  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000314996  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0043  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000926476  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0066  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000241588  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0062  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000739962  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0058  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0046  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000220142  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t02  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0068  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000602799  normal  0.450807 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0090  tRNA-Cys  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  0.0212765 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0007  tRNA-Cys  91.18 
 
 
71 bp  44.1  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000892535  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0050  tRNA-Cys  82.43 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000242266  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t072  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000613196  normal  0.0212572 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0039  tRNA-Cys  82.43 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.217901 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0037  tRNA-Cys  82.43 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.659023  normal  0.593785 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0047  tRNA-Cys  82.43 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.314349  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1384  tRNA-Cys  91.18 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0550643 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>