23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0061 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0061  FRG domain protein  100 
 
 
267 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2466  hypothetical protein  40.59 
 
 
273 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.433684  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2223  hypothetical protein  26.54 
 
 
384 aa  65.5  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.826575  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0510  hypothetical protein  27.06 
 
 
301 aa  56.6  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.95152  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0332  FRG domain-containing protein  41.51 
 
 
224 aa  52  0.000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.820546 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1726  FRG domain protein  35.58 
 
 
380 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.344355  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4453  FRG domain-containing protein  31.31 
 
 
233 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00112115  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6907  FRG domain-containing protein  31.2 
 
 
298 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.723862  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4159  FRG domain protein  25.83 
 
 
275 aa  49.7  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2922  hypothetical protein  25.17 
 
 
261 aa  49.3  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2511  FRG domain protein  23.46 
 
 
262 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.674893 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3474  FRG domain-containing protein  33.33 
 
 
229 aa  48.1  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000141197  hitchhiker  0.00000902439 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1265  hypothetical protein  33 
 
 
165 aa  45.8  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0123  FRG domain-containing protein  26.19 
 
 
342 aa  45.4  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.370871  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0436  FRG domain protein  25.19 
 
 
265 aa  44.7  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3159  hypothetical protein  28.68 
 
 
270 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5068  FRG domain-containing protein  28.68 
 
 
270 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5209  hypothetical protein  28.68 
 
 
270 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0496803 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0610  FRG domain protein  25.36 
 
 
261 aa  44.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0661  hypothetical protein  27.07 
 
 
280 aa  44.3  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2571  hypothetical protein  25.16 
 
 
263 aa  44.3  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3768  FRG domain protein  46.15 
 
 
264 aa  43.9  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3852  FRG domain protein  46.15 
 
 
264 aa  43.9  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000680889 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>