30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1715 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1715  transcriptional regulator protein-like protein  100 
 
 		 154 aa  299  8.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118442  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3120  putative transcriptional regulator  81 
 
 		 107 aa  173  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0075021  normal  0.180211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5059  putative transcriptional regulator  75.25 
 
 		 101 aa  168  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2492  putative transcriptional regulator  77.23 
 
 		 101 aa  166  9e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.298845  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3145  putative transcriptional regulator  77.23 
 
 		 101 aa  166  9e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2054  putative transcriptional regulator  73.08 
 
 		 105 aa  163  9e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.295818  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1388  putative transcriptional regulator  79.79 
 
 		 111 aa  160  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.682529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1972  putative transcriptional regulator  78.72 
 
 		 103 aa  159  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000001755  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1528  putative transcriptional regulator  75.73 
 
 		 107 aa  151  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1054  HxlR family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 129 aa  70.9  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2404  HxlR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 113 aa  66.2  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.598252  normal  0.595258 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0961  putative transcriptional regulator  40.7 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3596  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 112 aa  58.9  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219854  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6227  transcriptional regulator, HxlR family  43.37 
 
 		 107 aa  57.4  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56146  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1763  helix-turn-helix, HxlR type  34.83 
 
 		 113 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.168632  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2190  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 119 aa  55.5  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.000426745  normal  0.636756 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1315  HxlR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 163 aa  55.1  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.9488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1635  transcriptional regulator, HxlR family  28.3 
 
 		 119 aa  54.7  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.168086  normal  0.505832 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5094  HxlR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 115 aa  52.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.709504  normal  0.631599 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2241  HxlR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 119 aa  50.8  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.306938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3663  MarR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 118 aa  48.1  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.4155  decreased coverage  0.00589619 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1290  transcriptional regulator, HxlR family  38.27 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1522  hypothetical protein  27.62 
 
 		 126 aa  46.2  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.181711  normal  0.471635 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1483  HxlR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 118 aa  46.2  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3220  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 164 aa  45.4  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00911883  normal  0.552399 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1661  HxlR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 130 aa  43.5  0.001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7489  transcriptional regulator, HxlR family  34.94 
 
 		 100 aa  41.6  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4680  transcriptional regulator, HxlR family  26.5 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0170058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0271  transcriptional regulator, HxlR family  30.51 
 
 		 140 aa  40.8  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0280  HxlR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 116 aa  40.8  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.900551 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>