More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0788 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0788  ribosome recycling factor  100 
 
 		 189 aa  379  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.119602 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  70.27 
 
 		 186 aa  272  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  70.11 
 
 		 185 aa  268  5e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  67.03 
 
 		 186 aa  264  5e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  263  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  64.32 
 
 		 186 aa  263  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  66.49 
 
 		 186 aa  263  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  64.32 
 
 		 186 aa  262  3e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0660  ribosome recycling factor  67.93 
 
 		 185 aa  261  3e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  262  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  64.32 
 
 		 186 aa  262  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  262  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  262  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  65.95 
 
 		 186 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  63.78 
 
 		 186 aa  261  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  260  6.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  65.41 
 
 		 186 aa  260  6.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2175  ribosome recycling factor  64.67 
 
 		 185 aa  260  1e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356532  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  259  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  259  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  259  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  259  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  259  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  259  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  259  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1260  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 186 aa  258  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  66.3 
 
 		 185 aa  254  5e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5326  ribosome recycling factor  63.24 
 
 		 186 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0105729  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1745  ribosome recycling factor  65.76 
 
 		 198 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2692  ribosome recycling factor  62.16 
 
 		 186 aa  249  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  62.5 
 
 		 185 aa  248  3e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  62.5 
 
 		 185 aa  248  5e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1761  ribosome recycling factor  60.54 
 
 		 186 aa  244  8e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0665089 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  62.09 
 
 		 186 aa  243  9.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  63.19 
 
 		 186 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2847  ribosome recycling factor  62.16 
 
 		 186 aa  241  3.9999999999999997e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0570  ribosome recycling factor  61.96 
 
 		 185 aa  240  9e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  58.38 
 
 		 186 aa  239  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1451  ribosome recycling factor  64.67 
 
 		 185 aa  238  2.9999999999999997e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  62.96 
 
 		 185 aa  238  5.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1826  ribosome recycling factor  58.38 
 
 		 186 aa  235  3e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1976  ribosome recycling factor  60 
 
 		 186 aa  234  4e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0955011 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2602  ribosome recycling factor  54.5 
 
 		 189 aa  232  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1226  ribosome recycling factor  56.76 
 
 		 186 aa  230  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.125254  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2582  ribosome recycling factor  56.76 
 
 		 186 aa  230  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.336075  normal  0.0361828 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1992  ribosome recycling factor  57.3 
 
 		 186 aa  229  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1463  ribosome recycling factor  56.52 
 
 		 185 aa  228  4e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.318607  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17100  ribosome recycling factor  63.04 
 
 		 185 aa  228  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1441  ribosome recycling factor  56.22 
 
 		 186 aa  227  7e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1486  ribosome recycling factor  62.5 
 
 		 185 aa  226  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0107069  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1275  ribosome recycling factor  56.52 
 
 		 185 aa  225  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00110727  normal  0.535196 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  59.24 
 
 		 185 aa  224  5.0000000000000005e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1860  ribosome recycling factor  56.52 
 
 		 185 aa  224  8e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.747676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2594  ribosome recycling factor  56.45 
 
 		 187 aa  223  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00709219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1542  ribosome recycling factor  58.7 
 
 		 185 aa  223  2e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0566  ribosome recycling factor  60.33 
 
 		 185 aa  222  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.395524  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  57.61 
 
 		 185 aa  220  9e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1713  ribosome recycling factor  58.7 
 
 		 184 aa  219  9.999999999999999e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.634528  normal  0.959645 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2632  ribosome recycling factor  56.52 
 
 		 185 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000751677  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38960  ribosome recycling factor  60.87 
 
 		 185 aa  219  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1848  ribosome recycling factor  58.15 
 
 		 185 aa  218  3.9999999999999997e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000201497  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0811  ribosome recycling factor  54.35 
 
 		 187 aa  217  8.999999999999998e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.415251  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002749  ribosome recycling factor  57.07 
 
 		 185 aa  216  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000016264  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2812  ribosome recycling factor  55.98 
 
 		 185 aa  214  4e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1534  ribosome recycling factor  57.61 
 
 		 184 aa  214  5e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0202403 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2638  ribosome recycling factor  55.98 
 
 		 185 aa  214  5e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000456907  normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2705  ribosome recycling factor  55.98 
 
 		 185 aa  214  5e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000841959  hitchhiker  0.00246061 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1801  ribosome recycling factor  57.61 
 
 		 184 aa  214  5.9999999999999996e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0761482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1142  ribosome recycling factor  55.98 
 
 		 185 aa  213  9e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000869669  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3162  ribosome recycling factor  58.24 
 
 		 185 aa  213  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0860569  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  57.78 
 
 		 185 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 185 aa  213  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1632  ribosome recycling factor  55.43 
 
 		 185 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2899  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 185 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000932331  normal  0.103531 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1453  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 185 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000049819  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1484  ribosome recycling factor  54.35 
 
 		 185 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000709639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1448  ribosome recycling factor  54.35 
 
 		 185 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000214173  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1557  ribosome recycling factor  55.03 
 
 		 185 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135969  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2545  ribosome recycling factor  58.7 
 
 		 196 aa  212  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  51.09 
 
 		 185 aa  211  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  55.49 
 
 		 185 aa  211  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  52.75 
 
 		 185 aa  211  5.999999999999999e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1252  ribosome recycling factor  55.43 
 
 		 185 aa  211  7e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.538826  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2424  ribosome recycling factor  56.52 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00108894  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1351  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 185 aa  209  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000717676  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  56.04 
 
 		 185 aa  209  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3158  ribosome recycling factor  55.43 
 
 		 185 aa  209  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000691666  normal  0.144971 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0710  ribosome recycling factor  55.49 
 
 		 185 aa  209  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0332878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  52.17 
 
 		 185 aa  208  5e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000366075  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3278  ribosome recycling factor  55.43 
 
 		 185 aa  207  5e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000213543  hitchhiker  0.000283754 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3432  ribosome recycling factor  54.4 
 
 		 185 aa  207  7e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000874312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1069  ribosome recycling factor  54.4 
 
 		 185 aa  207  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00702897  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1016  ribosome recycling factor  54.4 
 
 		 185 aa  207  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000122168  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3357  ribosome recycling factor  55.56 
 
 		 185 aa  207  8e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.229017  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1447  ribosome recycling factor  56.76 
 
 		 186 aa  207  9e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.935266  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1163  ribosome recycling factor  56.76 
 
 		 186 aa  207  9e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1273  ribosome recycling factor  54.35 
 
 		 185 aa  206  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0235676  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01376  ribosome recycling factor  53.26 
 
 		 185 aa  206  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0186665  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3050  ribosome recycling factor  56.52 
 
 		 185 aa  204  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.672962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0257  ribosome recycling factor  53.85 
 
 		 185 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.585226 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>