264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0916 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0916  50S ribosomal protein L32  100 
 
 		 68 aa  140  8e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1859  50S ribosomal protein L32  80.88 
 
 		 68 aa  121  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.898391  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1718  50S ribosomal protein L32  77.94 
 
 		 68 aa  117  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220434  normal  0.0708692 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1786  50S ribosomal protein L32  72.06 
 
 		 67 aa  110  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.213514  normal  0.442946 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1910  50S ribosomal protein L32  73.53 
 
 		 68 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2614  50S ribosomal protein L32  72.06 
 
 		 68 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.417222  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1272  50S ribosomal protein L32  72.06 
 
 		 68 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.165805 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1665  50S ribosomal protein L32  61.4 
 
 		 61 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0871064  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1904  50S ribosomal protein L32  58.33 
 
 		 61 aa  77.4  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0519443  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1579  50S ribosomal protein L32  58.33 
 
 		 61 aa  77.4  0.00000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.146664  normal  0.0105145 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3291  50S ribosomal protein L32  54.84 
 
 		 67 aa  77  0.00000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.366938 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0271  50S ribosomal protein L32  55.74 
 
 		 67 aa  74.3  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.750719  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2368  50S ribosomal protein L32  58.93 
 
 		 59 aa  74.3  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3554  50S ribosomal protein L32  58.93 
 
 		 59 aa  72.4  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal  0.953551 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1420  50S ribosomal protein L32  51.79 
 
 		 59 aa  67.4  0.00000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.640468  normal  0.982205 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1873  50S ribosomal protein L32  49.18 
 
 		 60 aa  67  0.00000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00104363  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0386  50S ribosomal protein L32  53.7 
 
 		 59 aa  65.5  0.0000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0173336  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1941  50S ribosomal protein L32  48.33 
 
 		 61 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000297405  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1229  50S ribosomal protein L32  50.91 
 
 		 59 aa  63.9  0.0000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000037109  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl396  50S ribosomal protein L32  50.85 
 
 		 59 aa  63.5  0.0000000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00156688  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1740  50S ribosomal protein L32  49.09 
 
 		 61 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000325807  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1611  50S ribosomal protein L32  52.54 
 
 		 60 aa  61.6  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0069978  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1369  50S ribosomal protein L32  45 
 
 		 60 aa  62  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00758434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1152  50S ribosomal protein L32  45.9 
 
 		 60 aa  61.6  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3110  50S ribosomal protein L32  45.9 
 
 		 60 aa  61.6  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0115825  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0013  50S ribosomal protein L32  48.15 
 
 		 60 aa  61.2  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1329  ribosomal protein L32  50.91 
 
 		 61 aa  61.2  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000000150645  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1434  50S ribosomal protein L32  50.91 
 
 		 58 aa  60.1  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740742  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1599  50S ribosomal protein L32  47.54 
 
 		 60 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.919739  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10230  ribosomal protein L32  45.61 
 
 		 57 aa  60.1  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000453136  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1340  ribosomal protein L32  44.64 
 
 		 58 aa  59.3  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.5028  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1597  50S ribosomal protein L32  45.9 
 
 		 60 aa  58.5  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000469826  normal  0.427035 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0718  50S ribosomal protein L32  42.11 
 
 		 57 aa  58.2  0.00000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000204019  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3824  50S ribosomal protein L32  45.76 
 
 		 59 aa  58.2  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000535994  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2988  ribosomal protein L32  47.46 
 
 		 61 aa  58.2  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000138033  normal  0.0167419 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2559  ribosomal protein L32  49.06 
 
 		 60 aa  58.2  0.00000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0233  50S ribosomal protein L32  44.83 
 
 		 60 aa  57.4  0.00000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000487517  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1848  50S ribosomal protein L32  46.67 
 
 		 59 aa  57  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1187  50S ribosomal protein L32  42.11 
 
 		 57 aa  57  0.00000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000373536  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1870  ribosomal protein L32  48.33 
 
 		 59 aa  57  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.819487  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1209  50S ribosomal protein L32  42.11 
 
 		 57 aa  57  0.00000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000286453  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1603  ribosomal protein L32  40.91 
 
 		 65 aa  55.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0931242  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1025  50S ribosomal protein L32  46.03 
 
 		 62 aa  55.5  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103246  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1006  50S ribosomal protein L32  45.45 
 
 		 57 aa  55.5  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2613  ribosomal protein L32  40.68 
 
 		 74 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.737881 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1804  ribosomal protein L32  42.37 
 
 		 65 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1355  LSU ribosomal protein L32P  45.45 
 
 		 57 aa  54.7  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130715  normal  0.0921955 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05660  LSU ribosomal protein L32P  42.37 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00609202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0667  50S ribosomal protein L32  51.85 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.728717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02335  50S ribosomal protein L32  44.64 
 
 		 56 aa  53.9  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000084206  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1411  50S ribosomal protein L32P  45 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.361798  hitchhiker  0.00000964737 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1625a  50S ribosomal protein L32  44.26 
 
 		 61 aa  53.5  0.0000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.100343  normal  0.018062 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0743  ribosomal protein L32  39.29 
 
 		 63 aa  53.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0657  ribosomal protein L32  44.26 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1103  ribosomal protein L32  38.71 
 
 		 63 aa  53.1  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000214959  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3103  50S ribosomal protein L32  50 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0113399 
 
 
-
 
NC_004310  BR1775  50S ribosomal protein L32  47.27 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1174  ribosomal protein L32  38.18 
 
 		 57 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000264274  normal  0.0273197 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0514  50S ribosomal protein L32  42.37 
 
 		 60 aa  52  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1626  50S ribosomal protein L32  45 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.904867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0311  50S ribosomal protein L32  42.37 
 
 		 60 aa  52  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1364  ribosomal protein L32  39.29 
 
 		 59 aa  52.4  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000136875  normal  0.339824 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0940  ribosomal protein L32  36.67 
 
 		 63 aa  52.4  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000379015  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3426  50S ribosomal protein L32  47.27 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1710  50S ribosomal protein L32  47.27 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.142223  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5277  50S ribosomal protein L32  43.33 
 
 		 61 aa  52  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.5638  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5920  50S ribosomal protein L32  43.33 
 
 		 61 aa  52  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3774  50S ribosomal protein L32  45.45 
 
 		 62 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1669  ribosomal protein S32  45 
 
 		 65 aa  51.6  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.545135  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3664  50S ribosomal protein L32  45.45 
 
 		 62 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.416645  normal  0.271996 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3466  50S ribosomal protein L32  45.45 
 
 		 62 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3119  50S ribosomal protein L32  44.64 
 
 		 61 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2129  ribosomal protein L32  41.67 
 
 		 59 aa  52  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120071  normal  0.0237649 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5115  50S ribosomal protein L32  45.45 
 
 		 62 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.637 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4153  50S ribosomal protein L32  44.64 
 
 		 61 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.867327 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1643  50S ribosomal protein L32P  49.15 
 
 		 59 aa  52  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3825  50S ribosomal protein L32  44.64 
 
 		 61 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.828831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0340  50S ribosomal protein L32  44.44 
 
 		 57 aa  52  0.000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1128  ribosomal protein L32  45.45 
 
 		 59 aa  51.6  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.798956  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3969  50S ribosomal protein L32  38.6 
 
 		 57 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00129021  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3774  50S ribosomal protein L32  38.6 
 
 		 57 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000267221  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3665  50S ribosomal protein L32  38.6 
 
 		 57 aa  51.2  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.37288e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3682  50S ribosomal protein L32  38.6 
 
 		 57 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000568057  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3750  50S ribosomal protein L32  38.6 
 
 		 57 aa  51.2  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162679  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4062  50S ribosomal protein L32  38.6 
 
 		 57 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000151561  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3938  50S ribosomal protein L32  38.6 
 
 		 57 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3976  50S ribosomal protein L32  38.6 
 
 		 57 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000135237  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1217  50S ribosomal protein L32  38.6 
 
 		 57 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4024  50S ribosomal protein L32  38.6 
 
 		 57 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000551113  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2573  50S ribosomal protein L32  38.6 
 
 		 57 aa  51.2  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000210481  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2005  50S ribosomal protein L32  44.64 
 
 		 64 aa  50.8  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1259  50S ribosomal protein L32  40.35 
 
 		 58 aa  50.8  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000000760142  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4342  50S ribosomal protein L32  42.86 
 
 		 61 aa  50.8  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0499  50S ribosomal protein L32  40.68 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00950666 
 
 
-
 
NC_002620  TC0195  50S ribosomal protein L32  44.64 
 
 		 59 aa  50.8  0.000007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.223455  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1808  ribosomal protein L32  45.61 
 
 		 62 aa  50.4  0.000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.253284  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf408  ribosomal protein L32  42.11 
 
 		 65 aa  50.4  0.000007  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1878  50S ribosomal protein L32  40 
 
 		 58 aa  50.4  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3692  ribosomal protein L32  40 
 
 		 64 aa  50.4  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0656  ribosomal protein L32  46.43 
 
 		 59 aa  50.4  0.000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>