218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3119 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3119  50S ribosomal protein L32  100 
 
 		 61 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3825  50S ribosomal protein L32  98.36 
 
 		 61 aa  124  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.828831  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4153  50S ribosomal protein L32  98.36 
 
 		 61 aa  124  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.867327 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4342  50S ribosomal protein L32  96.72 
 
 		 61 aa  123  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3426  50S ribosomal protein L32  93.33 
 
 		 60 aa  119  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1775  50S ribosomal protein L32  93.22 
 
 		 59 aa  117  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1710  50S ribosomal protein L32  93.22 
 
 		 59 aa  117  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.142223  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0122  50S ribosomal protein L32  91.8 
 
 		 61 aa  116  7.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1128  ribosomal protein L32  93.22 
 
 		 59 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.798956  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5920  50S ribosomal protein L32  88.52 
 
 		 61 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5277  50S ribosomal protein L32  88.52 
 
 		 61 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.5638  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3111  50S ribosomal protein L32  85.25 
 
 		 61 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5115  50S ribosomal protein L32  88.33 
 
 		 62 aa  111  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.637 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3774  50S ribosomal protein L32  88.33 
 
 		 62 aa  111  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3664  50S ribosomal protein L32  88.33 
 
 		 62 aa  111  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.416645  normal  0.271996 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3466  50S ribosomal protein L32  88.33 
 
 		 62 aa  111  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0820  50S ribosomal protein L32  87.93 
 
 		 62 aa  110  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.177127 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0499  50S ribosomal protein L32  85 
 
 		 60 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00950666 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0425  50S ribosomal protein L32  86.21 
 
 		 63 aa  108  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.311335 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0527  50S ribosomal protein L32  81.67 
 
 		 60 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1411  50S ribosomal protein L32P  79.66 
 
 		 60 aa  104  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.361798  hitchhiker  0.00000964737 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0514  50S ribosomal protein L32  80 
 
 		 60 aa  103  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0311  50S ribosomal protein L32  80 
 
 		 60 aa  103  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.953611 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0497  50S ribosomal protein L32  77.05 
 
 		 61 aa  102  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0625  50S ribosomal protein L32  77.05 
 
 		 61 aa  102  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.19517  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1559  ribosomal protein L32  77.59 
 
 		 60 aa  100  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7619  50S ribosomal protein L32P  78.26 
 
 		 46 aa  82.8  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00560447  normal  0.375625 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2764  ribosomal protein L32  71.11 
 
 		 46 aa  75.5  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000122605 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1420  50S ribosomal protein L32  60.71 
 
 		 59 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.640468  normal  0.982205 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3291  50S ribosomal protein L32  60 
 
 		 67 aa  73.2  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.366938 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2368  50S ribosomal protein L32  60.71 
 
 		 59 aa  72.4  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0271  50S ribosomal protein L32  57.14 
 
 		 67 aa  69.3  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.750719  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3554  50S ribosomal protein L32  55.36 
 
 		 59 aa  67.8  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal  0.953551 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0633  ribosomal protein L32  54.55 
 
 		 63 aa  67  0.00000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0633  ribosomal protein L32  55.74 
 
 		 63 aa  67.4  0.00000000007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1665  50S ribosomal protein L32  54.1 
 
 		 61 aa  66.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0871064  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2129  ribosomal protein L32  58.62 
 
 		 59 aa  65.9  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120071  normal  0.0237649 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2467  ribosomal protein L32  52.73 
 
 		 61 aa  64.3  0.0000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000135728  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1786  50S ribosomal protein L32  52.54 
 
 		 67 aa  61.2  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.213514  normal  0.442946 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1669  ribosomal protein S32  50.85 
 
 		 65 aa  59.7  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.545135  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3254  ribosomal protein L32  54.1 
 
 		 60 aa  59.7  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000244715  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1913  50S ribosomal protein L32P  54.24 
 
 		 62 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3599  ribosomal protein L32  50 
 
 		 59 aa  58.5  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.590227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1718  50S ribosomal protein L32  50 
 
 		 68 aa  57.8  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220434  normal  0.0708692 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1237  50S ribosomal protein L32  53.7 
 
 		 59 aa  57.8  0.00000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.409262  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3078  50S ribosomal protein L32  50.82 
 
 		 60 aa  57.4  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0600  50S ribosomal protein L32  51.67 
 
 		 64 aa  56.6  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113317  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2614  50S ribosomal protein L32  49.09 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.417222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1585  50S ribosomal protein L32  51.67 
 
 		 64 aa  56.6  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0810373  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1272  50S ribosomal protein L32  49.09 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.165805 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1910  50S ribosomal protein L32  49.09 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3652  50S ribosomal protein L32  50.82 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1598  50S ribosomal protein L32P  52.73 
 
 		 56 aa  55.8  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.208872  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1859  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.898391  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5274  50S ribosomal protein L32  50.82 
 
 		 60 aa  55.5  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0868  50S ribosomal protein L32  47.54 
 
 		 64 aa  55.1  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0634  50S ribosomal protein L32  50.82 
 
 		 60 aa  55.1  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.307696  normal  0.0979505 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2635  50S ribosomal protein L32  50.82 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1181  50S ribosomal protein L32  50.82 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3282  50S ribosomal protein L32  50.82 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0613  50S ribosomal protein L32  50.82 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000739879 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0708  50S ribosomal protein L32  46.55 
 
 		 57 aa  54.3  0.0000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0117733  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1728  50S ribosomal protein L32  49.18 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1387  50S ribosomal protein L32  50.82 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1870  ribosomal protein L32  45.76 
 
 		 59 aa  53.9  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.819487  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1603  ribosomal protein L32  50.91 
 
 		 65 aa  53.5  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0931242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1574  50S ribosomal protein L32  54.55 
 
 		 55 aa  53.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000166965  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1682  50S ribosomal protein L32  54.55 
 
 		 55 aa  53.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000176962  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1425  50S ribosomal protein L32  47.46 
 
 		 59 aa  53.5  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.249628  normal  0.503054 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3503  50S ribosomal protein L32  54.55 
 
 		 55 aa  53.1  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000266571  hitchhiker  0.00520609 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0386  50S ribosomal protein L32  42.59 
 
 		 59 aa  52.4  0.000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0173336  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1902  50S ribosomal protein L32  54.55 
 
 		 55 aa  52.8  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000663482  hitchhiker  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2005  50S ribosomal protein L32  48.28 
 
 		 64 aa  52  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2988  ribosomal protein L32  48.15 
 
 		 61 aa  52  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000138033  normal  0.0167419 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0916  50S ribosomal protein L32  44.64 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2498  50S ribosomal protein L32  50 
 
 		 56 aa  52  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000463288  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1085  ribosomal protein L32  51.79 
 
 		 57 aa  51.6  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1604  50S ribosomal protein L32  54.39 
 
 		 57 aa  52  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000354666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0013  50S ribosomal protein L32  52.83 
 
 		 60 aa  51.2  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2507  50S ribosomal protein L32  54.55 
 
 		 56 aa  51.2  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000163859  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2812  50S ribosomal protein L32  54.55 
 
 		 56 aa  50.8  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.000000738596  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1509  50S ribosomal protein L32  50 
 
 		 59 aa  51.2  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0171128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2628  ribosomal protein L32  50 
 
 		 56 aa  51.2  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000100434  hitchhiker  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1873  50S ribosomal protein L32  42.37 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00104363  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0438  ribosomal protein L32  52.73 
 
 		 56 aa  50.8  0.000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02705  50S ribosomal protein L32  47.46 
 
 		 62 aa  50.8  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0743  ribosomal protein L32  46.3 
 
 		 63 aa  50.8  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1599  50S ribosomal protein L32  50 
 
 		 56 aa  50.8  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000342659  hitchhiker  0.00352794 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3110  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 60 aa  50.4  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0115825  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1152  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 		 60 aa  50.4  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0396  50S ribosomal protein L32  47.46 
 
 		 59 aa  50.4  0.000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2558  ribosomal protein L32  55.36 
 
 		 57 aa  50.4  0.000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  3.21504e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1025  50S ribosomal protein L32  41.38 
 
 		 62 aa  50.4  0.000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103246  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01093  hypothetical protein  55.36 
 
 		 57 aa  50.4  0.000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000104927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1211  50S ribosomal protein L32  55.36 
 
 		 57 aa  50.4  0.000009  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.3151100000000002e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02335  50S ribosomal protein L32  47.27 
 
 		 56 aa  50.4  0.000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000084206  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2235  50S ribosomal protein L32  55.36 
 
 		 57 aa  50.4  0.000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.5686e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2512  50S ribosomal protein L32  55.36 
 
 		 57 aa  50.4  0.000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454704  hitchhiker  0.0000514777 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2038  50S ribosomal protein L32  55.36 
 
 		 57 aa  50.4  0.000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000393303  hitchhiker  0.0000254001 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1468  50S ribosomal protein L32  55.36 
 
 		 57 aa  50.4  0.000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000009475  hitchhiker  0.0000000000113971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>