More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0029 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0042  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0046  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.22296 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0003  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0009  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0082  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0032  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.708843 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0020  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.380478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0026  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0011  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176599  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0011  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.434197 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0042  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0034  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0003  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.070805  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0040  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124514 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0019  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0010  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.177637  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0072  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.01367  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0034  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.697663 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0040  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0186421 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0027  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA18  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA10  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0013  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0027  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0021  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.905085  normal  0.99602 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0025  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.156326  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0041  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0636835  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0035  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0039  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4325  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00976587  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4349  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271842  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0045  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0019  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0041  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0004  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0052  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0059  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0065  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0038  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0050  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.326292 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0057  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0065  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.195359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0022  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0057  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00765372  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0019  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0047  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0027  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.285298  hitchhiker  0.00194962 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0037  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t29  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117493  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t31  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.109308  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0023  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0006  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0054  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0049  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA36  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA38  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.851121  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0053  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.4871  normal  0.314649 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0015    92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.348297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0061  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.055135 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0054  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0053  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0663368 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0020  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.844212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0063  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124606  normal  0.113199 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0010  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.021677 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0068  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0068  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102371  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0043  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.345633  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0081  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0015  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0004  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258987  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0072  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0018  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000251336  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0046  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0258027  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0051  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00326143  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0010  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0057492  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0025  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-7  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1191  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0467574  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0005  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00314904 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0005  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.352047  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0010  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.407573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2450  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2493  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2571  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2608  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0020  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0080  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0169  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0182  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0410  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1783  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>