30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0627 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0627  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  100 
 
 		 280 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.225445  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0850  hypothetical protein  50 
 
 		 275 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000173614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0551  hypothetical protein  33.94 
 
 		 257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.831394  decreased coverage  0.00317207 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2915  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 		 270 aa  125  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.418761 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3190  extracellular solute-binding protein  28.84 
 
 		 226 aa  104  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0211783 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3307  extracellular solute-binding protein  33.68 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3620  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.72 
 
 		 278 aa  95.9  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3196  hypothetical protein  29.17 
 
 		 322 aa  94.7  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.144092 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2979  extracellular solute-binding protein  30.33 
 
 		 285 aa  92  9e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03935  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  28.64 
 
 		 229 aa  91.7  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1044  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 		 286 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.523341 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3247  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 285 aa  89  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3328  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 286 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1807  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 		 260 aa  85.9  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0876  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 285 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3146  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1032  extracellular solute-binding protein family 3  27.83 
 
 		 285 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.267396 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1011  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 285 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4114  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  24.66 
 
 		 241 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3921  extracellular solute-binding protein family 3  24.66 
 
 		 241 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4021  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  24.66 
 
 		 241 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1591  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.43 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.115336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3998  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  24.22 
 
 		 241 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0704  putative amino acid-binding protein  25.23 
 
 		 257 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.440677  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2793  putative amino acid-binding protein  24.54 
 
 		 231 aa  68.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287982  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3920  putative amino acid-binding protein  24.89 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3276  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  21.1 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3588  hypothetical protein  25.49 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.623219  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1048  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  22.67 
 
 		 260 aa  48.9  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  20.14 
 
 		 2213 aa  43.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>