112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0081 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0081  hypothetical protein  100 
 
 
109 aa  226  7e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0067  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  95.41 
 
 
131 aa  218  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4268  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  94.5 
 
 
131 aa  216  6e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0084  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  94.5 
 
 
131 aa  216  6e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0087  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  92.66 
 
 
131 aa  215  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0081  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  93.58 
 
 
131 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0084  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  86.24 
 
 
131 aa  202  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0088  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  85.32 
 
 
131 aa  199  9e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1052  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  85.32 
 
 
134 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0087  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  84.4 
 
 
131 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1576  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  80.37 
 
 
134 aa  189  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.899394  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1551  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  83.96 
 
 
147 aa  186  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000951  gfa-like protein  74.77 
 
 
131 aa  181  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06993  hypothetical protein  75.7 
 
 
131 aa  180  7e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1706  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  76.42 
 
 
130 aa  176  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3597  hypothetical protein  72.22 
 
 
137 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03248  hypothetical protein  69.44 
 
 
145 aa  170  6.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0922  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  65.42 
 
 
134 aa  164  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.446844 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1478  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  62.96 
 
 
137 aa  155  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2168  hypothetical protein  59.81 
 
 
118 aa  148  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.327259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0840  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  59.81 
 
 
118 aa  148  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  59.81 
 
 
145 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.857324 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0878  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  59.43 
 
 
146 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2040  hypothetical protein  57.55 
 
 
144 aa  142  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288241  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1962  hypothetical protein  57.55 
 
 
135 aa  142  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.421765  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1763  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  55.56 
 
 
149 aa  140  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0328446 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1513  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  55.56 
 
 
149 aa  140  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1823  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  55.56 
 
 
149 aa  140  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.921331  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  55.56 
 
 
149 aa  140  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00304839 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1760  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  54.63 
 
 
149 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.119906 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2117  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  54.72 
 
 
141 aa  138  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0449559  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2138  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  52.83 
 
 
141 aa  137  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0648  hypothetical protein  53.27 
 
 
151 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1425  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  55.66 
 
 
139 aa  131  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.324597  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1500  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  52.94 
 
 
136 aa  128  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.033811  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2003  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  49.06 
 
 
141 aa  121  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0568392 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1697  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  45.45 
 
 
128 aa  110  7.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.066667  normal  0.902632 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4603  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  56.79 
 
 
123 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1191  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  55.56 
 
 
123 aa  99.8  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.928225  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4872  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  42.31 
 
 
123 aa  97.4  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583204  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1607  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  43.27 
 
 
123 aa  94.4  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.363316  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1629  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.31 
 
 
123 aa  93.6  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1669  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  43.16 
 
 
123 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.540785  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1218  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  43.16 
 
 
123 aa  91.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.413916  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1697  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  43.16 
 
 
123 aa  91.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342973  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.45 
 
 
123 aa  91.3  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  0.189147 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1878  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  50 
 
 
98 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0419  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.22 
 
 
132 aa  75.5  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.820444  normal  0.478902 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1442  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.45 
 
 
131 aa  74.7  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3856  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.56 
 
 
131 aa  71.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.850718  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3804  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.56 
 
 
131 aa  71.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3356  hypothetical protein  37.25 
 
 
129 aa  69.3  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0217164  normal  0.0851639 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5593  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.36 
 
 
128 aa  67.8  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.876476  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5046  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.11 
 
 
124 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.14 
 
 
115 aa  61.6  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107279  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4549  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.16 
 
 
118 aa  60.5  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.357845  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1544  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.63 
 
 
390 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.170767 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1372  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.56 
 
 
133 aa  58.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.636035  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4109  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.78 
 
 
115 aa  59.3  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.055952  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2158  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.44 
 
 
116 aa  58.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0585647  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3235  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.78 
 
 
101 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.697265  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03740  hypothetical protein  32.67 
 
 
130 aa  57.8  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.183645  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2807  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.95 
 
 
116 aa  57.4  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0278877  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2052  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.34 
 
 
115 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.404123  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2663  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.34 
 
 
115 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.692714  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3297  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.63 
 
 
122 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5355  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.25 
 
 
115 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.922702  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5991  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.78 
 
 
115 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1419  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.88 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.903205  hitchhiker  0.000000225635 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2716  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.84 
 
 
115 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4837  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.87 
 
 
124 aa  54.7  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2692  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.48 
 
 
156 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3500  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.07 
 
 
115 aa  53.9  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.108548 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2588  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.72 
 
 
115 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5543  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.7 
 
 
117 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0635  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.91 
 
 
115 aa  53.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379764  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4402  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.07 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.302745  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3305  hypothetical protein  33.33 
 
 
115 aa  51.6  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0278022  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2253  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.99 
 
 
117 aa  51.6  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.233801  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2056  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.86 
 
 
116 aa  51.2  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.240914  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3630  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.87 
 
 
115 aa  50.1  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380567  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4074  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35 
 
 
115 aa  49.3  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1704  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.91 
 
 
119 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.27 
 
 
134 aa  48.1  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_9728  predicted protein  33.78 
 
 
130 aa  48.1  0.00004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2699  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40 
 
 
115 aa  47.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.176555  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0256  hypothetical protein  29.47 
 
 
115 aa  47.4  0.00006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920993  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2417  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.89 
 
 
115 aa  47.4  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2693  hypothetical protein  29.47 
 
 
115 aa  47.4  0.00006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2465  hypothetical protein  29.47 
 
 
115 aa  47.4  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0919  hypothetical protein  29.47 
 
 
207 aa  47  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2565  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.91 
 
 
119 aa  47  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2384  hypothetical protein  29.47 
 
 
212 aa  47  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3374  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.53 
 
 
122 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2164  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.74 
 
 
119 aa  46.6  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2193  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.39 
 
 
149 aa  46.6  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0753  hypothetical protein  29.47 
 
 
115 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.222044  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2821  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.79 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2957  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38 
 
 
115 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.383141  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1412  hypothetical protein  28.16 
 
 
141 aa  45.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.827617  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>