299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_R0010 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  88.46 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  88.16 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  88.16 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00016  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000202389  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00018  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000172255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00041  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000120834  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00042  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000123332  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0032  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0033  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0034  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000138641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0057  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0059  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  6.36722e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2560  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000861237  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2652  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000608087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0058  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5049  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000603353  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4656  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.90971e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0815  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000696983  normal  0.877811 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2554  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2967  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.52961e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4658  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.127679999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0911  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000875601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2650  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000507401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2674  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00824453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2559  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000360113  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0040  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.37515  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2651  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000523066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0788  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000010379  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0052  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.11446  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5051  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000673895  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5050  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5021  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0847  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2782  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000628066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0038  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.809609  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2608  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000643017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2555  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000393303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2966  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0053  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.294678  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2609  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000718351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2610  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000740519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4682  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.8092300000000003e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000578787  hitchhiker  0.00129397 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3635  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0038  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000627564  hitchhiker  0.00122334 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0059  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00482494  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0070  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000583072  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0039  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000567069  hitchhiker  0.00359795 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0072  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560906  normal  0.267671 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0060  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00525968  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2676  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00067711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0035  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.134174  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0767  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000989037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4683  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.66609e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4681  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.95676e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2780  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000064612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3636  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0054  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0769  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000076951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2781  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000634028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0849  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000146237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2556  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000389314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3634  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000679496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2837  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.88964e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0665  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000217876  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0584  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.67929e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0879  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000126601  normal  0.645347 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2561  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000777875  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2675  tRNA-Val  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000585827  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0039  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.552489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>