83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3058 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3058  chorismate lyase  100 
 
 		 220 aa  438  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0224011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2859  chorismate lyase  72.47 
 
 		 194 aa  255  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2614  Chorismate lyase  54.44 
 
 		 192 aa  171  9e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.815616 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2780  hypothetical protein  60.25 
 
 		 176 aa  169  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3024  Chorismate lyase  53.89 
 
 		 192 aa  169  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2612  chorismate lyase  41.01 
 
 		 180 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0464  chorismate lyase  43.35 
 
 		 187 aa  104  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3015  chorismate lyase  41.88 
 
 		 197 aa  102  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651165  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3252  chorismate lyase  40.57 
 
 		 176 aa  100  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000207582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0053  chorismate lyase  39.13 
 
 		 178 aa  94  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.147887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1221  Chorismate lyase  39.88 
 
 		 227 aa  87.4  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2382  chorismate lyase  39.13 
 
 		 197 aa  86.3  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3325  chorismate lyase  38.37 
 
 		 227 aa  85.5  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2262  chorismate lyase  38.51 
 
 		 197 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.252501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2367  chorismate lyase  35.52 
 
 		 198 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5685  chorismate lyase  37.5 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0933  chorismate lyase  38.12 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0823  Chorismate lyase  41.29 
 
 		 197 aa  83.2  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1319  chorismate lyase family protein  38.75 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0290  chorismate lyase family protein  38.75 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0858  chorismate lyase family protein  38.75 
 
 		 201 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1946  chorismate lyase family protein  38.75 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.201779  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1006  chorismate lyase family protein  38.75 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.998133  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1159  chorismate--pyruvate lyase  38.75 
 
 		 197 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1168  chorismate--pyruvate lyase  38.75 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00071  hypothetical chorismate pyruvate lyase  34.86 
 
 		 189 aa  81.3  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2346  chorismate lyase  34.97 
 
 		 198 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1734  chorismate lyase  34.97 
 
 		 198 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0956  chorismate lyase family protein  38.75 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102377  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3468  chorismate lyase  32.7 
 
 		 186 aa  77  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.959595 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2111  chorismate lyase  40 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.184267 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0066  chorismate lyase  35.67 
 
 		 192 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.540538  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0048  chorismate lyase  33.33 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0125  putative chorismate--pyruvate lyase  35 
 
 		 191 aa  74.3  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4229  chorismate lyase  33.33 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0130  chorismate lyase  33.33 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0125  chorismate lyase  33.33 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0129  Chorismate lyase  33.33 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2154  chorismate lyase  31.41 
 
 		 185 aa  72.4  0.000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4826  chorismate lyase  31.61 
 
 		 186 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0710  chorismate lyase  33.74 
 
 		 185 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00949148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2439  chorismate lyase  36.67 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147403 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4431  chorismate lyase  30.72 
 
 		 187 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000175928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5225  chorismate lyase  35.83 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.318873 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5317  chorismate lyase  35.83 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0226154 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0157  chorismate lyase  36.36 
 
 		 185 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.426591 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48500  Chorismate lyase  38.46 
 
 		 183 aa  68.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3743  chorismate lyase  32.48 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.219217  hitchhiker  0.000343394 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0126  chorismate lyase  34.57 
 
 		 186 aa  67  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0141  putative chorismate--pyruvate lyase  27.38 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.52164  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3623  putative chorismate--pyruvate lyase  34.78 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.146311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2049  chorismate--pyruvate lyase  27.38 
 
 		 185 aa  67  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0126  chorismate lyase  33.97 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000642839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5364  chorismate lyase  35.71 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327053 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6134  hypothetical protein  36.75 
 
 		 178 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0120  chorismate lyase  33.97 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126883 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0125  chorismate lyase  33.97 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.145702  decreased coverage  0.0000000241246 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3594  chorismate lyase  35.44 
 
 		 188 aa  64.3  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5603  chorismate lyase  35.93 
 
 		 183 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0966  chorismate lyase  40.51 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0938345  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0658  chorismate lyase  32.92 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70720  hypothetical protein  37.04 
 
 		 178 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0095  chorismate lyase  32.26 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.179441  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0131  chorismate pyruvate lyase  33.33 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1215  chorismate lyase superfamily protein  33.13 
 
 		 184 aa  62  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4398  chorismate lyase  31.71 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4410  chorismate lyase  35.58 
 
 		 183 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0608691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5475  chorismate-pyruvate lyase, putative  35.26 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1335  chorismate--pyruvate lyase, putative  36.08 
 
 		 162 aa  57.4  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4148  chorismate lyase  28.75 
 
 		 185 aa  56.2  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2420  chorismate--pyruvate lyase  29.71 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.27443  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5030  chorismate lyase  36.81 
 
 		 186 aa  52  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.328849 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0745  Chorismate lyase  33.75 
 
 		 194 aa  46.6  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00315898  hitchhiker  0.0000132402 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3251  chorismate lyase  34.19 
 
 		 183 aa  46.2  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0593  chorismate lyase family protein  33.75 
 
 		 170 aa  46.2  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0729  chorismate pyruvate lyase  28.19 
 
 		 177 aa  45.4  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2896  chorismate--pyruvate lyase  28.48 
 
 		 190 aa  45.4  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2084  chorismate lyase  27.37 
 
 		 169 aa  44.3  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.133367  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0510  chorismate pyruvate lyase  28.42 
 
 		 177 aa  43.1  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2851  chorismate lyase  36.67 
 
 		 105 aa  42  0.008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1768  hypothetical protein  36.67 
 
 		 105 aa  42  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1583  hypothetical protein  36.67 
 
 		 105 aa  42  0.008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.831424  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0390  hypothetical protein  36.67 
 
 		 105 aa  42  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>