260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3787 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3787  50S ribosomal protein L29  100 
 
 		 68 aa  134  5e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0936197  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0281  50S ribosomal protein L29  82.54 
 
 		 65 aa  107  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000262471  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0286  50S ribosomal protein L29  82.54 
 
 		 65 aa  107  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.676877  hitchhiker  0.0000000263435 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0346  50S ribosomal protein L29  82.54 
 
 		 65 aa  106  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.767822  decreased coverage  0.000256062 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0399  50S ribosomal protein L29  84.13 
 
 		 65 aa  105  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0264  50S ribosomal protein L29  87.93 
 
 		 69 aa  103  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.454424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0211  50S ribosomal protein L29  88.14 
 
 		 67 aa  103  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.22249 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1272  50S ribosomal protein L29  78.12 
 
 		 64 aa  102  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0366633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4905  ribosomal protein L29  76.12 
 
 		 83 aa  100  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0499084  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3435  50S ribosomal protein L29  77.05 
 
 		 66 aa  94.7  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.041073  normal  0.188661 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3991  50S ribosomal protein L29  67.21 
 
 		 65 aa  86.3  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000636565 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3011  50S ribosomal protein L29  67.74 
 
 		 64 aa  84  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000636591  normal  0.0461975 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2942  50S ribosomal protein L29  66.67 
 
 		 64 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000229225  hitchhiker  0.00000342543 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3289  50S ribosomal protein L29  66.67 
 
 		 64 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000215489  hitchhiker  0.00000182798 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3171  50S ribosomal protein L29  61.9 
 
 		 64 aa  77.8  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000183391  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3309  50S ribosomal protein L29  61.9 
 
 		 64 aa  77.8  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000526811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2832  50S ribosomal protein L29  61.67 
 
 		 65 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000129889  normal  0.463435 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3636  50S ribosomal protein L29  61.67 
 
 		 64 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000030517  decreased coverage  0.00000000000115697 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0322  50S ribosomal protein L29  61.67 
 
 		 64 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000137645  decreased coverage  0.00229804 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2624  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.319258  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3768  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000105209  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3060  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000156067  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3161  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000176836  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1932  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000362681  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3738  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000269759  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3796  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3486  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 64 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000914257  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0284  50S ribosomal protein L29  58.33 
 
 		 64 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000204837  normal  0.0231887 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3455  50S ribosomal protein L29  58.33 
 
 		 64 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000252439  decreased coverage  0.00364799 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0335  50S ribosomal protein L29  58.33 
 
 		 64 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000122941  normal  0.019257 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0257  50S ribosomal protein L29  58.33 
 
 		 64 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00213265  normal  0.0167068 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2751  50S ribosomal protein L29  58.33 
 
 		 64 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000361638  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0275  50S ribosomal protein L29  58.33 
 
 		 64 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000476905  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0356  50S ribosomal protein L29  58.33 
 
 		 64 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000200225  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0061  50S ribosomal protein L29  56.67 
 
 		 70 aa  65.9  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000925239  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3330  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 64 aa  65.1  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000258995  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0466  50S ribosomal protein L29  58.33 
 
 		 65 aa  65.1  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0413  50S ribosomal protein L29P  56.67 
 
 		 64 aa  63.2  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000118105  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001734  LSU ribosomal protein L29p (L35e)  53.97 
 
 		 63 aa  62.8  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0287  50S ribosomal protein L29P  48.53 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000866901  hitchhiker  0.00000164935 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0058  50S ribosomal protein L29  53.33 
 
 		 64 aa  61.6  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000783638  hitchhiker  2.2701500000000002e-18 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0727  ribosomal protein L29  55 
 
 		 63 aa  60.5  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000905771  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0327  50S ribosomal protein L29  56.67 
 
 		 64 aa  57.8  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.65874e-22  unclonable  0.0000000398692 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00453  50S ribosomal protein L29  52.38 
 
 		 63 aa  58.2  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.17025  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1277  ribosomal protein L29  50 
 
 		 63 aa  57.8  0.00000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0239  50S ribosomal protein L29  50.79 
 
 		 63 aa  57  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0207  50S ribosomal protein L29  50.79 
 
 		 63 aa  57  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000132572  unclonable  0.0000000000150964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0202  50S ribosomal protein L29  50.79 
 
 		 63 aa  57  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000242804  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0207  50S ribosomal protein L29  50.79 
 
 		 63 aa  57  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000114763  hitchhiker  0.00000000110485 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0221  50S ribosomal protein L29  50.79 
 
 		 63 aa  57  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000322056  unclonable  0.0000065932 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3751  50S ribosomal protein L29  50.79 
 
 		 63 aa  57  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2364  ribosomal protein L29  48.33 
 
 		 65 aa  57  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.649847  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0208  50S ribosomal protein L29  50.79 
 
 		 63 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000719733  unclonable  0.00000802476 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0293  50S ribosomal protein L29  51.67 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4268  ribosomal protein L29  53.33 
 
 		 63 aa  56.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000037065  unclonable  0.00000000000267825 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4048  50S ribosomal protein L29  50.79 
 
 		 63 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000921137  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0775  ribosomal protein L29  60.71 
 
 		 66 aa  57  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000265705  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0262  50S ribosomal protein L29  49.21 
 
 		 66 aa  56.2  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.582427  normal  0.636432 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0766  50S ribosomal protein L29  45.9 
 
 		 67 aa  57  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346597  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0204  50S ribosomal protein L29  50.79 
 
 		 63 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000392928  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4162  50S ribosomal protein L29  50.79 
 
 		 63 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240623  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0156  50S ribosomal protein L29  51.67 
 
 		 63 aa  55.8  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000636656  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2166  50S ribosomal protein L29  53.97 
 
 		 63 aa  55.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149227  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0166  50S ribosomal protein L29  50.79 
 
 		 63 aa  55.5  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000300233  hitchhiker  0.000293635 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0119  50S ribosomal protein L29  44.12 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.217136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0178  50S ribosomal protein L29  49.21 
 
 		 63 aa  55.1  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674798  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1553  50S ribosomal protein L29  45.31 
 
 		 68 aa  55.5  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3440  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.696272  normal  0.342905 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00738  50S ribosomal protein L29  53.97 
 
 		 63 aa  54.7  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0115  50S ribosomal protein L29  46.03 
 
 		 66 aa  54.3  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4309  50S ribosomal protein L29  49.21 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000213718  unclonable  0.0000000000409482 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0331  ribosomal protein L29  47.62 
 
 		 63 aa  53.9  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0000705173  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0413  ribosomal protein L29  47.62 
 
 		 63 aa  53.9  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0200811  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4682  50S ribosomal protein L29  49.21 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000146545  unclonable  0.0000000112365 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0303  ribosomal protein L29  46.67 
 
 		 62 aa  53.9  0.0000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00299137  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0331  ribosomal protein L29  45.76 
 
 		 65 aa  53.9  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000295668  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3659  50S ribosomal protein L29  44.62 
 
 		 69 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1372  50S ribosomal protein L29  43.75 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232248  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0192  50S ribosomal protein L29  49.21 
 
 		 63 aa  53.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000996098  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2526  50S ribosomal protein L29  49.15 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0328  50S ribosomal protein L29  52.38 
 
 		 63 aa  53.1  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000164942  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0767  ribosomal protein L29  47.76 
 
 		 92 aa  53.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.211892  normal  0.786467 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2849  50S ribosomal protein L29  47.54 
 
 		 64 aa  52.4  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.851445  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1188  50S ribosomal protein L29  47.76 
 
 		 66 aa  52.4  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.328591  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1225  50S ribosomal protein L29  47.76 
 
 		 66 aa  52.4  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0429  50S ribosomal protein L29P  55 
 
 		 63 aa  52.4  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.164508  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0335  50S ribosomal protein L29  44.62 
 
 		 65 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0449098  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0067  50S ribosomal protein L29  50.79 
 
 		 63 aa  52.4  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1964  50S ribosomal protein L29  47.62 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0409879  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0505  50S ribosomal protein L29  44.62 
 
 		 65 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0397339  hitchhiker  0.000000000219257 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3016  50S ribosomal protein L29  46.88 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011652  hitchhiker  0.00780318 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1724  50S ribosomal protein L29  50.91 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0845  50S ribosomal protein L29  49.12 
 
 		 63 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.318231  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3993  ribosomal protein L29  46.03 
 
 		 63 aa  52  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000756359  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0599  50S ribosomal protein L29  50.88 
 
 		 69 aa  51.6  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3176  50S ribosomal protein L29  43.08 
 
 		 69 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.909718 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08930  50S ribosomal protein L29  49.12 
 
 		 63 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0335078 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3814  ribosomal protein L29  46.03 
 
 		 63 aa  52  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000290872  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0850  50S ribosomal protein L29  49.25 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0369  50S ribosomal protein L29  50.91 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>